- •Эволюция и экология бактериофагов.
- •Бактериофаги – это один из наиболее распространённых типов биологических объектов на Земле;
- •Бактериофаги в сконцентрированной морской воде. Эпифлюоресцентная микроскопия.
- •OMV на клетках Seratia marcescens
- •Оценка продукции вирусных частиц
- •Wiggins & Alexander 1985
- •Адсорбция фагов имеет кинетику второго порядка:
- •Похожие на рост бляшек процессы на разрастании цианобактерий в колонке Виноградского в течение
- •Waller et al. 2014. ISME J
- •Manrique et al, PNAS 2016
- •Yutin et al., Nat. Microbiol. 2017
- •Minot et al. 2012, PNA
- •Barr et al. PNAS, 2013
- •Nguyen et al. 201
- •Целлюлолитическое микробное сообщество кишечника лошади
- •IS1 – профили аутоштаммов колиформных бактерий, полученных из 2 образцов фекалий лошадей
- •Fuseloviridae
- •phiX174 gpF
- •Сходство фолдов белков, выполняющих сходную функцию у различных фагов позволяет считать происхождение хвостатых
- •Durand et al. Nature 2015
- •Модели коэволюции системы фаг-бактерия по типу арм-реслинга (а) или флуктуирующей динамики (b). Buckling
- •Scanlan et al
- •элементов), либо части генов (обычно кодирующие белковые домены), которые могут быть переданы в
- •Морон?
- •Механизм хоминга на основе мегануклеаз
- •Сравнение генетических карт фагов G7C и N4
- •Организация генов адгезинов у бактериофагов G7C и ALT.
- •“All world’s phage”
- •Fuck trees!!!!
- •Marvich and Hatfull,
- •Кор – области генома у Т4- подобных фагов включают гены морфогенеза (кроме фибрилл
- •Гены фибриллярных белков адсорбционного аппарата, а также некоторые иные занимают промежуточное положение. У
- •Фибритин фага Т4
- •Группа Т4-подобных
- •В группе бактериофагов, родственных Т-чётным, происходят сравнительно частые модульные замены С-концевой области фибритина
- •Типы С-концевых доменов фибритинов, известные на 2012 г
Эволюция и экология бактериофагов.
Бактериофаги – это один из наиболее распространённых типов биологических объектов на Земле;
В большинстве водных и, вероятно, наземных экосистем численность фаговых частиц первышает численность бактерий в 2-10 раз
В Биосфере планеты насчитывается приблизительно 1031 фаговых частиц. Их совокупная длина
составляет ок. 1024 м rgh O., K.Y. Borsheim, G. Bratbak, and M. Heidal, 1989.
или около 108
gh abundance of viruses found in aquatic environments. Nature, 340, 467-468
световых лет!
Бактериофаги в сконцентрированной морской воде. Эпифлюоресцентная микроскопия.
Окраска флюоресцентным красителем, связывающимся с ДНК.
Weinbauer 2004 FEMS Microb Rev. 28, 127-181
OMV на клетках Seratia marcescens
Оценка продукции вирусных частиц
FIC ~ 7.11 FVIC
VMB -~ (FIC + 0.6FIC 2) / (1 - 1.2FIC)
Продукция вирусов (VP) соответственно рассчитывается как:
VP ~ VMB x BP x N,
Где FIC – частота инфицированных клеток; FVIC
–частота видимо инфицированных клеток, VMB
–вирус-индуцированная смертность бактериопланктона, BP – продуктивность бактерий, N – среднее число вирусных частиц, высвобождаемых при лизисе 1 клетки.
Wiggins & Alexander 1985
Адсорбция фагов имеет кинетику второго порядка:
-dP/dt = K[B][P] |
К(мл/мин) = Bt ln(P0/P) |
Откуда , если В>>P0
t(Ra) = ln Ra/BK, где Ra = P0/P
Таким образом, время адсорбции половины фага при типичном значении K = 2x10-9 мл/мин, составит:
3,5 мин при B = 108 кл/мл, но уже 350 мин при В = 106 кл/мл (!).
Однако, для удвоения числа фаговых частиц достаточно адсорбировать P0/q, где q – урожай фага на 1 инфицированную клетку в данных
условиях. При типичном урожае 50 частиц на клетку (с учётом гибели части инфицированных клеток до лизиса) необходима адсорбция около 2% частиц, т.е Rads = 1,02
t(1,02) = 10 мин при B = 106 кл/мл и 1000 мин, при B= 104 кл.мл
Если время полураспада фаговых частиц в данной системе меньше, чем t(1,02)+tL, где tL – длина латентного периода, фаг будет размножаться
Похожие на рост бляшек процессы на разрастании цианобактерий в колонке Виноградского в течение 53 ней
Esteban et al. 2015 PlosOne
2011