Regulatory domains
(regulatory landscapes, regulatory archipelagos)
minimal promoter
reporter gene
-1 Mb |
enhancer |
+1 Mb |
|
activation by enhancer
In most cases regulatory contacts TAD occur within TADs
уществует иерархия контактных доменов (на картах об этом свидетельст аличие нескольких уровней «вложенных» доменов)
ногие контактные домены являются петлями, в основании которых наход айты связывания инсуляторного белка CTCF
DNA loops
|
contact maps |
|
configurations of genomic domain |
||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Compartments TADs loop domains
Loops are formed between enhancers and promoters (~30% loops)
E-E and P-P loops
Loops possess regulatory functions
Порядок, возникающий из беспорядка
Активный А-компартмент Неактивный В-
А |
C |
B |
|
хроматина |
|||
|
|
Топологически-ассоциированные |
|
|
домены (TADs), являющиеся |
|
|
одновременно регуляторными |
хроматиновая |
|
доменами генома |
||
фибрилла |
||
|
Why TADs are separated ?
100 Kb = 500 nucleosomes
|
insulators |
|
|
|
|
enhancer-blocking assay |
|
|
gene A |
gene B |
|
transcribed |
non-transcribed |
|
Pol2 |
enh ins |
|
linear
pseudo-linear
?
?
3D
Cell, 2014: CTCF-dependent loops in the human genome
Loop bases contain convergent
CTCF binding motifs
Complex loop structures