Авдеева, Сидоров. ChemOffice (2012)_copy
.pdfЧтобы ввести гетероатом следует использовать следу-
ющий прием: из набора инструментов выбрать инструмент задания типа атомов и щелкнуть по атому, в поло-
жение которого вводится гетероатом (шаг 5). Появится ячейка с мигающим курсором для ввода текста, в которую нужно ввести символ гетероатома (в данном случае O ),
после чего нажать клавишу Enter. В результате атом уг-
лерода будет заменен гетероатомом (шаг 6). При этом ав-
томатически могут возникнуть изменения в других частях модели, например, изменится количество и расположение атомов водорода в соответствии со свойствами новой мо-
лекулы.
Дальнейшее редактирование модели молекулярной структуры может проводиться добавлением новых связей взамен выбранных атомов водорода, изменением геометрии модели, путем перетаскивания мышью выбранных атомов,
созданием циклов, путем переноса и последующего наложе-
ния нужных атомов углерода, образующих цикл, изменением типа связи. Для того, чтобы изменить тип связи, нужно щелкнуть на кнопке на панели инструментов, соответству-
ющей нужному типу связи, и с нажатой клавишей мыши со-
единить чертой два выбранных атома углерода.
Шаг 1. |
Шаг 2. |
21
Шаг 3. |
Шаг 4. |
Шаг 5. |
Шаг 6. |
Программа допускает различные способы визуализации трехмерной модели (смотри пункт меню View/Model Display
Mode/. . .).
Модель молекулы может иметь следующие представле-
ния:
22
Ball @ Stick |
Wire Frame |
Sticks |
Cilindrical Bonds |
Spase Filling
Создав модель молекулярного соединения, можно при-
ступать к проведению расчетов.
Программа Chem3D предоставляет возможность прово-
дить квантово – механические расчеты (оптимизация структуры, расчет и прогнозирование физико – химических свойств и т.д.) молекул различными способами: эмпириче-
скими (MM1, Gamess, Gaussian), полуэмпирическими
(MOPAC), а также методом молекулярной механики.
23
Литература
1.Соловьев М.Е., Соловьев М.М. Компьютерная химия М. СОЛОН-Пресс, 2005., серия «Библиотека студента».
2.Бакулев В.А., Моржерин Ю.Ю., Субботина Ю.О. Кван- тово-химические расчеты органических молекул, Уральский государственный технический университет, Екатеринбург 2005.
3.Справка программы ChemOffice Ultra 9.0.
24
Содержание |
|
|
|
ChemOffice Ultra 9.0 CambridgeSoft Corporation........................................... |
3 |
||
Введение...................................................................................................................................... |
|
3 |
|
1. Визуализация пространственной структуры молекул ................................. |
5 |
||
2. Редактирование структурных химических формул в программе |
|
||
ChemDraw...................................................................................................................................... |
|
5 |
|
2.1 |
Графический интерфейс программы |
ChemDraw Ultra 9.0 ................. |
5 |
2.2 |
Обзор важнейших элементов главной панели............................................ |
7 |
|
2.3 |
Обзор важнейших элементов контрольной панели.................................. |
8 |
|
2.4 |
Основные пункты главного меню................................................................... |
|
10 |
3. Визуализация молекулярных структур с использованием программы |
|||
Chem3D. ...................................................................................................................................... |
|
12 |
|
3.1 |
Графический интерфейс программы |
Chem3D Ultra 9.0.................... |
12 |
3.2 |
Основные функции Главного меню и Главной панели......................... |
13 |
|
3.3 |
Контрольная панель .............................................................................................. |
|
18 |
3.4 |
Редактирование и анализ геометрии трехмерных моделей |
|
|
молекул .................................................................................................................................. |
|
19 |
|
3.4.1 Использование двумерной модели, созданной в редакторе ChemDrraw .............. |
19 |
||
3.4.2 Построение модели по брутто-формуле соединения, |
|
||
записанной в рабочем поле окна ....................................................................... |
|
19 |
|
3.4.3 Непосредственное редактирование с использованием кнопок |
|||
на панели инструментов .......................................................................................... |
|
20 |
|
Литература ............................................................................................................................... |
|
24 |
|
Содержание ............................................................................................................................... |
|
25 |
25
Авдеева Л.В., Сидоров В.В.
Методические указания
по изучению программного комплекса ChemOffice
Подписано в печать ___________ |
Формат 60х90/16 |
Объем _ 1,5 _ уч.п.л. |
Тираж 100 экз. |
Заказ № _______
Отдел оперативной полиграфии РГУ нефти и газа им. И.М. Губкина 119991, Москва, ГСП-1, Ленинский проспект, 65
26