КНОРРЕ_3227
.pdf60 |
Глава 2. Биоорганическая химия нуклеотидов и нуклеиновых кислот |
ношению к основаниям. Константы скорости отрыва атомов Н не сильно от личаются для различных положений: отщепление от атомов С-Г и С-2’ со ставляет приблизительно по 25 %, от атомов С-3’ и С-4’ - по 20 %, а от атома С-5’ - 10 % от общей константы. Схема превращений остатка дезоксирибозы при отрыве атома Н от различных положений рибозы в анаэробных условиях и в присутствии Ог приведена на рис. 16.
к' ° у у в
R"0
R"0
* ° у у в
R"0 '
C1'
в
R '0-vO v !
-Te ,-V |
OH -BH |
H |
R„0 |
R-°YyB
R"0
R"0
R- ° w
H20
В -e>H+ R"0 OH
R"0
r,° Y /b
R"0
R'OXr
R"0
R"0
R'O-л ЛЭН
OH- R'O
> 0
R"0 H
-BH,
|
|
|
|
|
|
-CO? |
R"0 |
0 2 |
| R'O-y„0V /B |
|
_RO ^R,° " V 0 4 / B |
R 0 |
|
|
|
|||||
|
|
|
|
- r o ; - o 2 |
> — ( . |
R"0 О |
|
|
R"0 0 0 |
’ |
|
R"0 О |
|
|
|
|
°Т^н |
Рис. 16. Схема превращений дезоксирибозного фрагмента в молекуле ДНК при действии радикалов -ОН в отсутствие и в присутствии 0 2: В - гетероциклическое основание, R ’ R ”- полирибонуклеотидные цепи с 5’ и 3’-конца атакуемого остатка дезоксирибозы, Red - восстановитель. (Продолжение на стр. 61-62)
§ 2.3. Реакции по углеводным остаткам |
61 |
нг0 | R'OY y В _ к' ° > ° у В _
|
-е",-Н+ |
К - ! |
-R"OH |
)— ' |
-вн, R'OH |
||
r' ° Y |
Y b |
R"0 |
он |
|
НО |
|
|
|
|
|
|
|
|
||
R"0 |
’ |
|
|
|
|
|
|
|
R' |
° |
Y |
/ ^ |
R'° Y |
/ — |
° T Y ^ |
|
|
R'OOO' |
R"0 O'-он |
H O ^R" |
|||
|
R'O—v Л |
.B |
|
|
|
R'0~v°vB |
R,° |
R'O—ч |
— |
R'O |
||
-R"OH |
o ^ u /^ o |
J = \ |
||||
Н0Л - / « г |
° ‘ |
|
|
|
||
-e.-H R"0 |
R"0 |
|
|
|
|
|
R ' ° Y yB- |
R'O-л A |
/B |
R'0^ ° - ^ B |
|||
R"0 |
||||||
|
|
.Л " |
у |
s . |
||
R"0 |
R"0 |
|
HO-O Ov ^ |
-R”OH |
||
|
|
T |
|
|||
|
|
|
|
OR" |
||
TO> ° Y |
b_ - > |
o h . |
V ^ B |
|
||
|
|
|
О |
|
|
62 |
Глава 2. Биоорганическая химия нуклеотидов и нуклеиновых кислот |
ОН
R'O
R
R"0 |
R"0 |
R"0 |
H20
-R’0H ,-H C 02H
R"0 R"0
Рис. 16. Окончание
Образовавшиеся свободные радикалы претерпевают различные превра щения в зависимости от положения атома Н и наличия или отсутствия ки слорода. В некоторых случаях у полинуклеотидов процесс сопровождается разрывом межнуклеотидных связей.
§ 2.4. Реакции по остаткам фосфорной кислоты
Большое число задач биоорганической химии требует проведения реак ций по фосфоэфирным связям и остаткам фосфорной кислоты. Среди них можно выделить три основные группы. Во-первых, в ряде случаев представ ляют интерес различные производные и аналоги нуклеотидов и нуклеиновых кислот по остаткам фосфорной кислоты. Во-вторых, реакции по остаткам фосфорной кислоты являются неотъемлемым элементом при образовании новых межнуклеотидных связей при химическом синтезе олигонуклеотидов
инуклеиновых кислот. Эти реакции будут рассмотрены в главе 5, посвящен ной химическому синтезу олигонуклеотидов и нуклеиновых кислот. В-третьих, существует широкий спектр задач, требующих расщепления фосфодиэфирных связей. Этот вопрос будет рассмотрен в следующем разделе данной главы.
Разнообразные применения находят фосфамидные производные моно-
иолигонуклеотидов. Число способов получения фосфамидов довольно вели ко, и здесь будут изложены лишь отдельные наиболее широко используемые подходы. Фактически все они основаны на превращении остатка фосфорной кислоты в реакционноспособное производное, которое реагирует с амином с уменьшением свободной энергии. Такое превращение, как правило, квали-
§ 2.4. Реакции по остаткам фосфорной кислоты |
63 |
фицируют как активацию фосфатного остатка. Один из первых успешных методов основан на активации фосфатного остатка дифенилфосфохлоридом. При этом образуется тризамещенный пирофосфат:
0 |
O-Ph |
0 |
O-Ph |
|
1 . |
I |
1 |
I |
Cl |
R0-P-0 + |
Cl—Р = 0 |
RO-P-O—P= 0 |
||
|
O-Ph |
О |
O-Ph |
|
В соответствии с известной для смешанных ангидридов закономерно стью, согласно которой реакции проходят так, чтобы уходящей группой был анион более сильной кислоты, образовавшиеся пирофосфаты при реакции с нуклеофилами дают производные монозамещенного фосфата.
0 |
O-Ph |
O' |
O-Ph |
1 |
I |
I |
I |
RO-P-O—Р = 0 + NH2-X |
RO-P- -N H -X + |
" 0 -P = 0 |
|
II |
I |
|
I |
О |
O-Ph |
|
O-Ph |
Образование фосфамида в этом случае сопровождается превращением связи Р-Cl дифенилфосфохлорида в фосфоангидридную связь тризамещенного пирофосфата, которое и обуславливает сопряжение двух процессов.
Значительное число работ по фосфорилированию выполнено с использо ванием соответствующих фосфоимидазолидов, у которых остаток имидазола способен протонироваться в слабокислой среде, что существенно повышает электрофильность атома Р. Наиболее удобным способом введения остатка имидазола по фосфорильной группе является применение для этой цели карбодиимидов. Механизм их действия будет детально рассмотрен в § 10.3.
Удобным для образования фосфамидов оказалось использование для ак тивации фосфата реакции последнего с хлорангидридом 2,4,6-триметил- бензойной кислоты (мезитоилхлоридом MsCl). В случае олигодезоксирибонуклеотида в реакцию с MsCl вступают не только концевая фосфатная груп па, но и межнуклеотидные фосфаты, однако образуемые ими смешанные ан гидриды неустойчивы в воде и практически мгновенно гидролизуются, по этому при действии на образовавшийся продукт аминов получаются амиды только по концевому фосфату.
Но при действии того же мезитоилхлорида на олигорибонуклеотиды об разующиеся смешанные ангидриды по межнуклеотидным фосфатам могут атаковать близко расположенную 2’-ОН-группу с образованием циклофос фатной группы. Последняя при действии воды может дальше гидролизовать ся по любой из трех фосфоэфирных связей (рис. 17).
Гидролиз по связям, формирующим циклическую структуру, приводит либо к регенерации исходной 3’-5’-фосфодиэфирной связи, либо к образова
64 |
Глава 2. Биоорганическая химия нуклеотидов и нуклеиновых кислот |
нию 2’,5’-изомера. Гидролиз связи между атомом фосфора циклической структуры и 5’-атомом О соседнего нуклеотидного остатка приводит к раз рыву полинуклеотидной цепи. В связи с этим для получения производных олигорибонуклеотидов данный метод неприемлем.
W 'CH ^o^ Pi
0 он
0-Р1=0
9
^СН2
'Лллсн 2
но о0
0 - Р1= 0
9
сн ,
изомеризация межнуклеотидной связи
ЛЛ/'СН2
cr
о' он
HO-MsO-P=0
I
9
^ с н 2
/W'CH2
+ MsOH
О. О
(3)
I
(2) 9сн,
(2)
'Лл/'СН В/
р : НОСН,
V0
о" ^ о
разрыв цепи
ООН
0 - Р = 0
\
о
^СНг
регенерация исходного соединения
Рис. 17. Действие мезитоилхлорида на фосфоэфирную связь, образованную 3’- нуклеотидным остатком. Ms - 2,4,6-триизопропилфенил
Реакции по межнуклеотидным фосфатам можно избежать при использо вании метода окислительно-восстановительного фосфорширования, который был предложен Мукаяма. Согласно этому методу образование активного фосфорилирующего производного проводится сопряженно с окислением трифенилфосфина дипиридилдисульфидом. Предполагается, что реакция протекает по схеме, представленной на рис. 18.
§ 2.4. Реакции по остаткам фосфорной кислоты |
65 |
Рис. 18. Окислительно-восстановительное фосфорилирование по Мукаяма. Nu - нуклеофил
Использование этой системы позволило получать эффективные фосфорилирующие производные, в которых с атомом Р связаны остаток N-метил- имидазола (а), 1^,М-диметиламинопиридина (б) или N-окси-и-диметил- аминопиридина (в):
а |
б |
в |
Несмотря на высокую фосфорилирующую активность, соответствующие производные олигонуклеотидов достаточно устойчивы в водных растворах и могут использоваться в качестве реагентов для фосфорилирования в водной среде.
Важной особенностью этого метода активации фосфата является неспо собность в присутствии сильных аминов реагировать со вторичными фосфа тами, т. е. возможность получать монозамещенную концевую фосфатную группу в присутствии таких аминов. Это, в частности, открывает возмож ность получать производные по концевому остатку фосфорной кислоты в случае рибоолигонуклеотидов. В отсутствие сильных аминов, по-видимому, может происходить фосфорилирование межнуклеотидных фосфатов олигорибонуклеотидов, что неизбежно будет сопровождаться теми же побочными
66 |
Глава 2. Биоорганическая химия нуклеотидов и нуклеиновых кислот |
процессами, которые уже были рассмотрены выше на примере реакций олигорибонуклеотидов с хлорангидридом мезитиленкарбоновой кислоты.
Относительно недавно В. С. Богачевым был предложен эффективный ме тод активации концевого фосфата с помощью трифторуксусного ангидрида. В реакции с тимидинмонофосфатом образуется смешанный ангидрид между остатком фосфорной кислоты и трифторацетильным остатком
P-Thd +(CF3C0)20 -> CF3COOP-Thd,
который легко реагирует с нуклеофильными агентами. В настоящее время наиболее широкое использование нашла реакция этого смешанного ангид рида с неорганическим пирофосфатом, приводящая к образованию нуклео- зид-5 ’-трифосфата.
§ 2.5. Расщепление фосфодиэфирных связей в нуклеиновых кислотах
Для расщепления полинуклеотидных цепей используются как фермента тивные, так и химические методы.
Ферменты, катализирующие гидролиз межнуклеотидных связей, называ ются нуклеазами. Если они катализируют гидролиз связей внутри полинуклеотидной цепи, то их называют эндонуклеазами. Ферменты, катализирую щие отщепление концевых мононуклеотидов, называют экзонуклеазами. Эн донуклеазы, способные гидролизовать межнуклеотидные связи только в полидезоксирибоолигонуклеотидах, называются ДНКазами. Среди них наибо лее детально изучена панкреатическая дезоксирибонуклеаза {ДНКаза), выде ляемая из поджелудочной железы. Она катализирует разрыв связей с образо ванием З’-ОН-группы на одном из образовавшихся фрагментов и 5’-фосфата на другом.
Широко представлены в природе эндонуклеазы, специфичные к РНК (РНКазы). Для РНКаз характерна специфичность к природе оснований у нук леотида при расщепляемой связи. Например, наиболее детально изученная панкреатическая РНКаза специфично расщепляет З’-ОН-связи, образуемые пиримидиновыми нуклеотидами.
Экзонуклеазы обычно способны отщеплять мононуклеотиды как от поли- рибо-, так и полидезоксирибонуклеотидов. Среди этих экзонуклеаз широко используется фосфодиэстераза змеиного яда, катализирующая отщепление 5’-нуклеотидов с З’-конца цепи, и фосфодиэстераза селезенки, катализи рующая отщепление 3’-нуклеотидов от 5’-конца.
Перечисленные ферментативные методы неспецифичны к нуклеотидной последовательности в области расщепляемой связи. Наряду с этим были об наружены и нашли широкое применение ферменты, катализирующие специ фическое расщепление ДНК при определенных нуклеотидных последова тельностях и получившие название эндонуклеаз рестрикции. В связи с ог
§ 2.5. Расщепление фосфодиэфирных связей в нуклеиновых кислотах |
67 |
ромной ролью, которую сыграли эти ферменты при решении проблемы секвенирования ДНК, они будут рассмотрены в гл. 4, посвященной установле нию первичной структуры нуклеиновых кислот.
Межнуклеотидные связи в полидезоксирибонуклеотидах довольно проч ны, и химические реакции, непосредственно приводящие к их разрушению, сопровождаются превращениями нуклеозидного фрагмента, в первую оче редь расщеплением гликозидных связей. В то же время возможно селектив ное расщепление этих связей по точкам, содержащим АП-сайты. Такие сайты могут также образовываться при действии специальных ферментов, гликозидаз, катализирующих гидролиз гликозидных связей и играющих важную роль при ликвидации повреждений в ДНК (ферменты репарации). В § 2.2 показа но, что такие сайты образуются при протонировании пуриновых нуклеоти дов, при их алкилировании и при действии гидразина на пиримидиновые нуклеотиды. Схема расщепления полидезоксирибонуклеотидной цепи по АПсайтам приведена на рис. 19.
+
+ В'-Н
+
+ В'-Н
Рис. 19. Схема расщепления полидезоксирибонуклеотидной цепи по АП-сайту
В отличие от ДНК, непосредственное химическое расщепление РНК и полирибонуклеотидов происходит в достаточно мягких щелочных условиях в результате внутримолекулярного фосфорилирования 2’-ОН-группы с обра зованием циклического 2’,3’-фосфата на 3’-конце. Аналогичное расщепление может происходить и при некоторых других химических воздействиях на фосфодиэфирную связь в полирибонуклеотидах. Интересные приложения нашло расщепление межрибонуклеотидных связей алкилированием N-нитро- зоалкилмочевиной. Реакция идет, по-видимому, через промежуточное обра зование диазопроизводного, которое, как описано в § 2.2 для диазометана, является алкилирующим реагентом (рис. 20).
68 |
Глава 2. Биоорганическая химия нуклеотидов и нуклеиновых кислот |
Основными точками апкилирования являются межнуклеотидные фосфа ты. Это приводит к образованию соответствующих фосфотриэфиров. По следние существенно менее устойчивы к действию щелочей, чем фосфодиэфиры, и при обработке их щелочью происходит гидролиз по одной из связей P-О. Частично это приводит к регенерации фосфодиэфирной группы, а час тично - к расщеплению в этой точке межнуклеотидной связи, как показано на приведенной схеме рис. 20.
О — |
II |
2 |
|
HjN— С—ОН |
+ [нх—N = N — о ] |
|
У |
+ ОН |
|||||
хн |
N— с — NH, |
|
|
|
||
|
|
|
|
/ |
\ |
|
|
|
|
|
|
||
|
|
|
|
|
X — NHN |
+ ОН |
RO— Р— OR' |
+ |
X — N=N |
|
|
|
|
|
II |
|
|
|
|
|
|
О |
|
|
ОХН |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
RO— Р— OR’ |
+ N2 |
|
|
|
ОХН |
|
|
<j)XH |
|
|
|
I |
_ |
|
ROH + О — Р— OR' |
|
|
RO— Р— О + R'OH |
|
||||
|
|
|
|
0 |
|
II |
|
|
|
|
|
О |
1
RO— Р— OR' +ХОН
II
О
ХН = СН3(С2Н5)
R и R' - фрагменты РНК по разные стороны от точки алкилирования
Рис. 20. Расщепление межнуклеотидных связей алкилированием
Расщепление по межнуклеотидным связям необходимо при решении ши рокого спектра задач. Использование эндо- и экзонуклеаз является основным промышленным методом получения мономеров - нуклеотидов и нуклеозидов из природных нуклеиновых кислот. Получение их путем органического син теза, в принципе возможного, было бы громоздким многостадийным процес сом. Расщепление нуклеиновых кислот по определенным точкам специфич ными нуклеазами является необходимым этапом в разнообразных исследова ниях нуклеиновых кислот, в частности, при некоторых методах установления первичной структуры нуклеиновых кислот.
Глава 3. Первичная структура нуклеиновых кислот
§ 3.1. Общие принципы установления первичной структуры биополимеров
Нуклеиновые кислоты и белки являются нерегулярными линейными по лимерами, построенными в случае нуклеиновых кислот из четырех, а в слу чае белков - из 21 типа мономеров, причем порядок чередования мономеров в цепи существенно определяет биологическую значимость полимера. По этому установление первичной структуры (секвенирование от англ. sequence - последовательность) биополимеров является одной из важнейших задач биоорганической химии биополимеров. Очевидно, что идеальный вариант уста новления первичной структуры состоял бы в последовательном отщеплении от одного из концов полимера по одному остатку мономера с идентификаци ей каждого отщепленного остатка. Подходы к такому определению последо вательности нуклеотидов в ДНК находятся в стадии интенсивной разработки. Предполагается, что закрепленная на определенном носителе молекула нук леиновой кислоты подвергается действию экзонуклеазы, а каждый последо вательно отщепляемый нуклеотид идентифицируется по спектру, поскольку спектры различных мономеров различаются. Как правило, для идентифика ции планируется использование спектров флуоресценции, что обеспечивает наиболее высокую чувствительность.
Едва ли среди проблем, стоявших перед биоорганической химией, можно назвать такую, которая по скорости и масштабам взлета могла бы быть соиз мерима с проблемой установления первичной структуры нуклеиновых ки слот. Действительно, крупным успехом середины 60-х годов было установ ление первичных структур нескольких транспортных РНК размером менее сотни нуклеотидов. А в 2003 году успешно завершилось установление первой полной структуры генома человека. Это было достигнуто работой большой группы ученых, и стоимость работы составила один миллиард долларов. В настоящее время уже активно разворачивается работа по созданию мето дов, которые дали бы возможность устанавливать структуру генома опреде ленного человека за считанные недели с затратами в несколько тысяч долла ров. Фактически речь идет о возможности получения «геномного паспорта» для любого индивидуума.
Поскольку представленный выше идеальный вариант определения пер вичной структуры пока еще отсутствует, неизбежным этапом определения первичной структуры биополимеров является их расщепление на фрагменты, которые могут быть секвенированы доступными на сегодня методами. Вто рым этапом является само секвенирование каждого из полученных фрагмен-