Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «УРАЛЬСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ УНИВЕРСИТЕТ» Министерства здравоохранения Российской Федерации
Молекулярно-генетические методы диагностики инфекционных заболеваний: ДНК Биочипы
(Гибридизация)
Выполнил: Нагиев Анар ОС-208
Что это такое?
•ДНК-микрочип— технология, используемая в молекулярной биологии и медицине. ДНК-микрочип представляет собой множество небольших одноцепочечных молекул
— ДНК зондов, которые ковалентно пришиты к твёрдому основанию. Каждый такой зонд имеет строго определённую последовательность нуклеотидов и место на микрочипе. Одинаковые зонды располагаются вместе, образуя сайт микрочипа. Между сайтом и последовательностью ДНК зонда есть взаимно-однозначное соответствие.
Историческая
справка
•Технология ДНК-микрочипов берёт начало от Саузерн-блоттинга— методики, в которой фрагментированную ДНК переносят на подходящий носитель и затем с помощью зонда с известной нуклеотидной последовательностью определяют содержание целевой последовательности в образце. Впервые набор различных ДНК, объединённых в чип, был использован в 1987 году для определения особенностей регуляции экспрессии генов интерферонами. Ранние ДНК- микрочипы были сделаны путём «раскапывания» микроколичеств кДНК на фильтроваль ную бумагу. Использование
миниатюрных чипов для определения особенностей экспрессии генов было осуществлено в 1995 году и полный эукариотический геном был размещён на микрочипе в 1997 году.
Геном мыши (справа) и человека (слева) на ДНК-микрочипах
• ДНК биочипы (гибридизация)
Что делает? определяют наличие специфических участков ДНК или РНК в образце (*мы должны заранее знать, на что мы будем образец исследовать, так как мы ищем заранее известный участок генома)
• |
Основная суть молекулярно- |
генетических методов: мы не |
|
В чем суть? |
пытаемся найти самого |
специфичный для него участок |
|
|
возбудителя, мы ищем |
|
генома, который у возбудителя |
|
есть, а у остальных нет (если |
|
нашли, то тут был возбудитель) |
Длина
участков
ДНК
В случае биочипов обычно 18- 24 нуклеотидов
Принцип метода ДНК Биочипов (весь метод описан на листочке)
Пример Биочипа после проведения исследования
- Иногда используется для диагностики инфекционных заболеваний (Например, определение чувствительности Mycobacterium tuberculosis к изониазиду и рифампицину)
-В основном применяются для изучения экспрессии микробных генов
Пример:
•1) Берем двух пациентов с Хеликобактером ( у одного вызывает клинику, у другого нет)
•2) Выделяем всю РНК в 2 случаях
•3) Посадить разные фрюаристентные метки (у первого красный, у второго зеленый)
•4) Смешиваем в одном образце
•5) Окунули Биочип
•6) Смотрим, какие лунки горят
•7) Делаем выводы