katlinskyj_biotehnology
.pdfутверждать, что в фрагменте х именно один из таких генов. Если, колония на индикаторной среде с лактозой выросла бесцветная, значит на искусственной питательной среде, данный промотор не работал и ген во фрагменте х не экспрессировался. Вероятно, что он нужен только при развитии инфекционного процесса и принадлежит к генам вирулентности. В случае же колоний красного цвета экспрессируется ген, кодирующий образование фермента, расщепляющего лактозу; при этом меняется цвет индикатора и колония окрашивается. Отсюда можно сделать вывод о том, что в данном фрагменте х содержится (вместе с промотором) ген, принадлежащий к house keeping gens, т.е. он экспрессируется всегда: и в организме животного и на искусственной питательной среде. Такой ген в данной случае не представляет интереса. Его можно обнаружить более традиционным путем ( для подбора в последующем ингибиторов кодируемого им продукта).
Авторы рассмотренного метода (метода IVET) приводят результаты конкретной серии своих экспериментов, в соответствии с которой, на 212.000 колоний красного цвета пришлось только около 2600 колоний неокрашенных. Из клеток E.coli, образовавших эти, последнего типа колонии, было затем выделено около ста генов, принадлежащих к "скрытым" генам салмонеллы (ivi генам). Из них около пятидесяти были новыми, т.е. ранее не описанными, и их продукты представляли интерес как потенциальные таргеты для отбора антимикробных агентов.
Метод IVET не является единственным путем идентификации ivi генов у патогенных микроорганизмов. Разрабатываются и другие подходы, например, с использованием направленного мутагенеза.
Интерес к ivi генам обусловлен не только тем, что они (их продукты) практически не использованы как таргеты, но и тем, что здесь следует надеяться на высокую избирательность действия (безопасность) создаваемых лекарственных средств. В месте с тем необходимо отметить, что в настоящее время геномика уже позволяет дифференцировать гены патогенных микроорганизмов по многим показателям и это, в свою очередь, позволяет вести скрининг антимикробных агентов все более целенаправленно. В качестве примера можно привести результаты, полученные при изучении представителей рода Chlamydia ( внутриклеточных паразитов с относительно небольшим геномом - порядка одного миллиона пар нуклеотидов), которые вызывают инфекции бронхолегочного и мочеполового трактов. Прежде всего гены этого прокариота были разделены на house keeping gens и ivi гены. Далее, была выявлена группа генов, влияющих на апоптоз клетки - хозяина. Далее, были
149
идентифицированы гены, дублирующие систему жизнеобеспечения паразита. При этом было показано, что ряд этих генов близок по степени гомологии генам высших растений и приблизительно 27 % из них уникальны для рода Chlamydia.
Классификации различных генов становятся все более многочисленными и разнообразными, а, следовательно, и таргетный скрининг, начинающийся с генов, в идеале должен вести к все более четким результатам, то есть антимикробным агентам с четко определенными свойствами.
150