Добавил:
Опубликованный материал нарушает ваши авторские права? Сообщите нам.
Вуз: Предмет: Файл:
2 КУРС (БИОХИМИЯ) / Конспект лекций биохимия.pdf
Скачиваний:
293
Добавлен:
18.01.2018
Размер:
9.67 Mб
Скачать

Электронный

учебно-методический комплекс

БИОХИМИЯ

И МОЛЕКУЛЯРНАЯ

БИОЛОГИЯ

Учебная программа дисциплины

Конспект лекций

Лабораторный практикум

Методические указания по самостоятельной работе

Банк тестовых заданий в системе UniTest

Красноярск ИПК СФУ

2008

УДК 577.1 ББК 28.072

Б63

Авторы:

Н. М. Титова, А. А. Савченко, Т. Н. Замай, Г. И. Боровкова, Т. Н. Субботина, Е. В. Инжеваткин

Электронный учебно-методический комплекс по дисциплине «Биохимия и молекулярная биология» подготовлен в рамках инновационной образовательной программы «Создание и развитие Департамента физико-химической биологии и фундаментальной экологии», реализованной в ФГОУ ВПО СФУ в 2007 г.

Рецензенты:

Красноярский краевой фонд науки; Экспертная комиссия СФУ по подготовке учебно-методических комплексов дисциплин

Б63

Биохимия и молекулярная биология. Версия 1.0

[Электронный ресурс] :

 

конспект лекций / Н. М. Титова, А. А. Савченко, Т. Н. Замай и др. – Электрон.

 

дан. (10 Мб). – Красноярск : ИПК СФУ, 2008. – (Биохимия и молекулярная

 

биология : УМКД

№ 175-2007 / рук.

творч. коллектива Н. М. Титова). –

 

1 электрон. опт. диск (DVD). – Систем. требования : Intel Pentium (или анало-

 

гичный процессор других производителей) 1 ГГц ; 512 Мб оперативной памя-

 

ти ; 10 Мб свободного дискового пространства ; привод DVD ; операционная

 

система Microsoft

Windows 2000 SP 4 /

XP SP 2 /

Vista (32 бит) ; Adobe

Reader 7.0 (или аналогичный продукт для чтения файлов формата pdf). ISBN 978-5-7638-0882-7 (комплекса)

ISBN 978-5-7638-1433-0 (конспекта лекций)

Номер гос. регистрации в ФГУП НТЦ «Информрегистр» 0320802400 от 21.11.2008 г. (комплекса)

Настоящее издание является частью электронного учебно-методического комплекса по дисциплине «Биохимия и молекулярная биология», включающего учебную программу, лабораторный практикум, методические указания к самостоятельной работе, контрольно-измерительные материалы «Биохимия и молекулярная биология. Банк тестовых заданий», наглядное пособие «Биохимия и молекулярная биология. Презентационные материалы».

Изложены современные представления о структуре и функциях белков, нуклеиновых кислот, углеводов и липидов, путях биосинтеза и распада этих биополимеров, механизме ферментативного катализа, его регуляции. Даны сведения о важнейших группах ферментов и коферментов, их структуре, участии окислительных ферментов в осуществлении процессов тканевого дыхания, его энергетической эффективности. Особое внимание уделено структуре и механизму действия на обмен веществ витаминов.

Предназначен для студентов направления подготовки бакалавров 020200.62 «Биология» укрупненной группы 020000 «Естественные науки».

© Сибирский федеральный университет, 2008

Рекомендовано к изданию Инновационно-методическим управлением СФУ

Редактор В. Р. Наумова

Разработка и оформление электронного образовательного ресурса: Центр технологий электронного обучения информационно-аналитического департамента СФУ; лаборатория по разработке мультимедийных электронных образовательных ресурсов при КрЦНИТ

Содержимое ресурса охраняется законом об авторском праве. Несанкционированное копирование и использование данного продукта запрещается. Встречающиеся названия программного обеспечения, изделий, устройств или систем могут являться зарегистрированными товарными знаками тех или иных фирм.

Подп. к использованию 22.09.2008 Объем 10 Мб

Красноярск: СФУ, 660041, Красноярск, пр. Свободный, 79

Оглавление

 

Введение....................................................................

9

Модуль I. Статическая биохимия ..........................

11

Лекция 1 Строение, свойства, биологическая роль моно – и олигосахаридов11

Классификация углеводов..........................................................................................

11

Моносахариды.............................................................................................................

12

Стереоизомерия моносахаридов...............................................................................

15

Представители моносахаридов.................................................................................

16

Олигосахариды............................................................................................................

18

Отдельные представители дисахаридов..................................................................

20

Лекция 2 Строение, свойства, биологическая роль гомо –

 

и гетерополисахаридов...............................................................................................

21

Отдельные представители полисахаридов..............................................................

24

Лекция 3 Строение, свойства, биологическая роль простых липидов............

26

Классификация............................................................................................................

26

Воски............................................................................................................................

28

Нейтральные жиры (триацилглицеролы, триглицериды)........................................

29

Стероиды.....................................................................................................................

30

Желчные кислоты.......................................................................................................

32

Лекция 4 Строение, свойства, биологическая роль сложных липидов............

33

Лекция 5 Аминокислотный состав белков..............................................................

40

Белки и их функции.....................................................................................................

40

Элементарный состав белков....................................................................................

42

Методы выделения и очистки белков.......................................................................

42

Аминокислотный состав белков.................................................................................

44

Химические свойства аминокислот...........................................................................

45

Классификация аминокислот, заменимые и незаменимые аминокислоты...........

47

Лекция 6 Уровни структурной организации белков...............................................

50

Структурная организация белков..............................................................................

50

Первичная структура белка: методы исследования. Структурные особенности

 

пептидной связи..........................................................................................................

51

Номенклатура пептидов и полипептидов. Природные пептиды: глутатион,

 

карнозин, ансерин, грамицидин S, окситоцин, энкефалины...................................

52

Вторичная структура белков: α-спираль, ее основные характеристики, β-

 

структура, β-изгиб. Роль водородных связей в формировании вторичной

 

структуры. Сверхвторичные (надвторичные) структуры белка..............................

55

Третичная структура белков. Типы нековалентных связей, стабилизирующих

 

третичную структуру. Роль S-S-мостиков в формировании третичной структуры

некоторых белков........................................................................................................

58

Четвертичная структура белков. Количество и типы субъединиц. заимодействия

между субъединицами, стабилизирующие четвертичную структуру.

 

Функциональное значение четвертичной структуры белков...................................

60

Биохимия и молекулярная биология. Конспект лекций

-3-

ОГЛАВЛЕНИЕ

 

Лекция 7 Физико-химические свойства белков......................................................

62

Ионизация, гидратация, растворимость, осмотические и онкотические свойства,

оптические свойства...................................................................................................

62

Молекулярная масса и размеры белков. Методы определения молекулярной

 

массы белков. Необходимость применения комплекса методов для точной оценки

молекулярной массы белков......................................................................................

64

Денатурация белков....................................................................................................

67

Лекция 8 Классификация белков. простые и сложные белки.............................

68

Принципы классификации белков.............................................................................

68

Фибриллярные белки..................................................................................................

68

Глобулярные белки.....................................................................................................

70

Сложные белки............................................................................................................

70

Лекция 9 Сложные белки ............................................................................................

79

Гликопротеины............................................................................................................

79

Фосфопротеины..........................................................................................................

83

Липопротеины..............................................................................................................

83

Металлопротеины.......................................................................................................

85

Лекция 10 Строение, свойства, биологическая роль нуклеотидов....................

87

Циклические нуклеотиды............................................................................................

92

Лекция 11 Строение, свойства, биологическая роль нуклеиновых кислот......

93

Транспортные РНК....................................................................................................

101

Матричные РНК.........................................................................................................

102

Рибосомальные РНК.................................................................................................

103

Лекция 12 Витамины – биологическая роль, классификация.

 

Водорастворимые витамины..................................................................................

105

Витамин В1 (тиамин) .................................................................................................

107

Витамин В2 (рибофлавин) ........................................................................................

108

Витамин В3 (РР, никотиновая кислота, никотинамид) ...........................................

109

Витамин В5 (пантотеновая кислота) ........................................................................

110

Витамин В6 (пиридоксин, пиридоксаль, пиридоксамин).........................................

111

Витамин В9 (фолиевая кислота) ..............................................................................

112

Витамин В12 (кобалами) ............................................................................................

113

Витамин Н (биотин)...................................................................................................

114

Витамин С (аскорбиновая кислота) .........................................................................

115

Витамин Р (рутин) .....................................................................................................

116

Лекция 13 Жирорастворимые витамины...............................................................

117

Витамин А (ретинол) .................................................................................................

117

Витамин D (кальциферол)........................................................................................

119

Витамин Е (токоферол) ............................................................................................

121

Витамин К (нафтохинон)...........................................................................................

122

Лекция 14 Ферменты – строение: свойства, механизм действия.....................

123

Понятие о ферментах. Сущность явлений ферментативного катализа..............

123

Структурная организация ферментов.....................................................................

125

Изоферменты: биологическая роль........................................................................

135

Механизм действия ферментов...............................................................................

138

Биохимия и молекулярная биология. Конспект лекций

-4-

ОГЛАВЛЕНИЕ

 

Специфичность действия ферментов.....................................................................

141

Стационарная кинетика ферментативных реакций...............................................

144

Единицы ферментов.................................................................................................

152

Лекция 15 Регуляция ферментативной активности. Классификация

 

ферментов....................................................................................................................

154

Активирование и ингибирование ферментов.........................................................

154

Активаторы ферментов............................................................................................

154

Ингибиторы ферментов............................................................................................

154

Регуляция каталитичекой активности ферментов.................................................

160

Классификация и номенклатура ферментов..........................................................

166

Ферменты в клинической диагностике. Энзимопатии............................................

169

Модуль II. Динамическая биохимия ...................

170

Лекция 16 Обмен веществ и энергии в живых системах. Расщепление

 

углеводов в пищеварительном тракте...................................................................

170

Понятие метаболизма. Центральные и специальные метаболические пути.....

170

Катаболические, анаболические, амфиболические пути......................................

172

Метаболизм углеводов.............................................................................................

175

Расщепление углеводов в пищеварительном тракте............................................

176

Всасывание моносахаридов в тонком кишечнике и их дальнейший транспорт.

Глюкозные транспортеры.........................................................................................

181

Лекция 17 Анаэробный катаболизм углеводов....................................................

185

Анаэробное окисление глюкозы. Гликолиз. Внутриклеточная локализация

 

процесса.....................................................................................................................

185

Отдельные реакции гликолиза, их термодинамические характеристики.

 

Образование 2,3-дифосфоглицерата в шунте Рапопорта-Люберинга................

187

Расщепление гликогена (гликогенолиз). Строение, механизм действия и

 

регуляция гликогенфосфорилазы...........................................................................

194

Спиртовое и молочнокислое брожение ..................................................................

199

Лекция 18 Аэробный катаболизм углеводов (часть 1)....................................

200

Аэробный метаболизм пирувата. Митохондрии: структура и энергетические

 

функции......................................................................................................................

200

Окислительное декарбоксилирование пирувата. Строение мультиферментного

пируватдегидрогеназного комплекса. Суммарное уравнение и энергетический

баланс окислительного декарбоксилирования пирувата. Регуляция активности

пируватдегидрогеназного комплекса: ковалентная модификация,

 

аллостерический механизм......................................................................................

201

Цикл лимонной кислоты. Отдельные реакции цикла, их термодинамическая

 

характеристики. Суммарное уравнение окисления ацетил-CоА в цикле Кребса202

Лекция 19 Аэробный катаболизм углеводов (часть 2)....................................

207

Регуляция цикла Кребса на уровне цитратсинтазы, изоцитратдегидрогеназы и α-

кетоглутаратдегидрогеназного комплекса..............................................................

207

Амфиболическое значение цикла Кребса. Необходимость анаплеротических

путей, пополняющих запас компонентов, участвующих в цикле.........................

209

Биохимия и молекулярная биология. Конспект лекций

-5-

ОГЛАВЛЕНИЕ

 

Зависимое от АТP и биотина карбоксилирование пирувата: анаплеротический

 

путь синтеза оксалоацетата.....................................................................................

212

Пентозофосфатный путь (гексозомонофосфатный шунт) ....................................

214

Отдельные реакции ПФП, их термодинамические характеристики. Суммарное

уравнение пентозофосфатного пути. Регуляция пентозофосфатного пути на

 

уровне глюкозо-6-фосфатдегидрогеназы...............................................................

215

Участки перекреста ПФП с гликолизом...................................................................

218

Циклический характер ПФП .....................................................................................

219

Лекция 20 Биосинтез углеводов..............................................................................

220

Глюконеогенез...........................................................................................................

222

Лекция 21 Расщепление пищевых и тканевых липидов.....................................

226

Катаболизм липидов.................................................................................................

228

Всасывание продуктов расщепления липидов.......................................................

231

Транспорт липидов ...................................................................................................

233

Метаболизм глицерола.............................................................................................

234

Лекция 22 Катаболизм жирных кислот...................................................................

234

Активация жирной кислоты......................................................................................

235

Транспорт ацил-СоА в митохондрии.......................................................................

236

β-окисление жирных кислот.....................................................................................

237

Катаболизм ненасыщенных жирных кислот...........................................................

240

Катаболизм жирных кислот с нечетным числом атомов углерода.......................

241

Образование кетоновых тел (кетогенез).................................................................

242

Кетоновые тела как источники энергии...................................................................

244

Глиоксилатный цикл..................................................................................................

245

Лекция 23 Биосинтез жирных кислот и триацилглицеролов.............................

247

Строение синтазы жирных кислот...........................................................................

247

Механизм синтеза жирных кислот...........................................................................

250

Транспорт ацетил-СоА из митохондрий в цитозоль..............................................

250

Образование малонил-СоА......................................................................................

251

Наращивание (элонгация) углеродной цепи жирной кислоты..............................

253

Синтез других предельных и непредельных ЖК....................................................

255

Биосинтез триацилглицеролов................................................................................

258

Лекция 24 Биосинтез холестерола и желчных кислот........................................

260

Биосинтез холестерола............................................................................................

260

Регуляция биосинтеза ХС........................................................................................

265

Биосинтез желчных кислот.......................................................................................

266

Лекция 25 Биологическое окисление......................................................................

268

Роль высокоэнергетических фосфатов в биоэнергетике. Биологическая роль

 

АТР. Свободная энергия гидролиза АТФ и других органических фосфатов......

268

Биологическое окисление. Ферменты, участвующие в биологическом

 

окислении...................................................................................................................

269

Свободное окисление и его биологическая роль. Цитохром Р-450 ....................

272

Лекция 26 Субстратное и окислительное фосфорилировние. Дыхательная

 

цепь...............................................................................................................................

273

Биохимия и молекулярная биология. Конспект лекций

-6-

ОГЛАВЛЕНИЕ

 

Окисление, сопряжённое с фосфорилированием АDР. Окислительно-

 

восстановительные потенциалы дыхательных переносчиков. Субстратное

 

фосфорилирование на примере реакций, катализируемых глицеральдегид-3-

фосфатдегидрогеназой и енолазой. Понятие энергетического заряда клетки

. .. 273

Цепь переноса электронов и протонов внутренней мембраны митохондрий

 

(дыхательная цепь, редокс-цепь). Компоненты дыхательной цепи:

 

флавопротеины, железосерные белки, коэнзим Q, цитохромы в, с1, с, аа3.

 

Топография дыхательных переносчиков в редокс-цепи.......................................

277

Энергетическое значение ступенчатого транспорта электронов от окисляемых

субстратов к молекулярному кислороду. Окислительное фосфорилирование в

дыхательной цепи.....................................................................................................

283

Организация компонентов дыхательной цепи в виде четырех комплексов: NADH-

дегидрогеназы, сукцинатдегидрогеназы, цитохромов вс1, цитохромоксидазы.

Роль коэнзима Q и цитохрома с в интеграции комплексов. Коллекторная функция

NAD+ и коэнзима Q в дыхательной цепи. Коэффициент окислительного

 

фосфорилирования Р/О, Р/2е..................................................................................

285

Локализация пунктов сопряжения окисления и фосфорилирования в дыхательной

цепи на основании редокс-потенциалов, действия специфических ингибиторов

(ротенон, амитал, антимицин А, цианид, СО, NaN3) ..............................................

289

Полные и редуцированные дыхательные цепи.....................................................

290

Лекция 27 Механизмы образования и использования АТР в живых

 

системах.......................................................................................................................

291

Представления о механизмах сопряжения окисления и фосфорилирования в

дыхательной цепи. Хемиосмотическая теория Митчелла. Электрохимический

протонный градиент как форма запасания энергии...............................................

291

Строение АТP-синтазного комплекса. Механизм образования АТP. Обратимость

реакции, катализируемой АТP-синтазой. Разобщение транспорта электронов и

синтеза АТP; действие 2,4-динитрофенола...........................................................

292

Механизм образования АТP.....................................................................................

295

Окисление цитоплазматического NADH в дыхательной цепи.

 

Глицеролфосфатный и малат-аспартатный челночные механизм......................

296

Лекция 28 Интеграция клеточного метаболизма..................................................

298

Основные аспекты регуляции метаболизма ..........................................................

300

Регуляция на уровне транскрипции.........................................................................

301

Аллостерическая регуляция активности ферментов.............................................

301

Ковалентная модификация ферментов..................................................................

302

Гормональная регуляция..........................................................................................

303

Посттранскрипционная и посттрансляционная модификация макромолекул.....

304

Изменение концентрации метаболитов..................................................................

304

Мембранная регуляция ............................................................................................

305

Модуль III. Молекулярная биология....................

307

Лекция 29 Репликация ДНК.......................................................................................

307

Точность репликации................................................................................................

314

Репликация ДНК у эукариот.....................................................................................

315

Биохимия и молекулярная биология. Конспект лекций

-7-

ОГЛАВЛЕНИЕ

 

Репаративный синтез ДНК.......................................................................................

316

Лекция 30 Транскрипция (биосинтез РНК) .............................................................

317

Транскрипция у прокариот........................................................................................

319

Инициация транскрипции.........................................................................................

320

Элонгация транскрипции..........................................................................................

322

Терминация транскрипции.......................................................................................

323

Транскрипция у эукариот..........................................................................................

324

Процессинг первичных транскриптов РНК..............................................................

325

Регуляция генной экспрессии на уровне транскрипции.........................................

327

Механизм индукции на примере Lac-оперона........................................................

329

Катаболитная репрессия..........................................................................................

330

Лекция 31 Трансляция (биосинтез белка) ..............................................................

331

Система активации и транспорта аминокислот в рибосомы.................................

332

Роль тРНК в трансляции .........................................................................................

333

Аминоацил-тРНК-синтетазы ....................................................................................

333

Белоксинтезирующая система клетки.....................................................................

334

Инициация трансляции.............................................................................................

335

Элонгация трансляции .............................................................................................

338

Терминация трансляции...........................................................................................

341

Эффективность трансляции.....................................................................................

342

Точность белкового синтеза.....................................................................................

342

Энергетические затраты на трансляцию................................................................

342

Посттрансляционные модификации полипептидной цепи....................................

342

Библиографический список................................

345

Основная литература.................................................................................................

345

Дополнительная литература....................................................................................

346

Биохимия и молекулярная биология. Конспект лекций

-8-