ПРАКТИКУМ Гентех в мед ЛЕЧ 4 02 24

41

Обнаруженные генетические варианты требуют подтверждения альтернативным методом секвенирования первого поколения (по Сэнгеру).

Наличие патогенных и вероятно патогенных вариантов в определённом гене не всегда приводит к развитию клинической формы заболевания и НЕ ЯВЛЯЕТСЯ ДИАГНОЗОМ.

Обнаруженные генетические варианты имеют значение при прогнозировании рисков у потомства.

Учитывая аутосомно-рецессивный тип наследования обнаруженных заболеваний, рекомендуется:

	обследование	репродуктивного партнёра на этапе планирования беременности,
	обследование	ближайших биологических родственников (детей, братьев, се-

стёр).

При выявлении генетических вариантов, ассоциированных с риском развития заболевания с аутосомно-доминантным типом наследования, рекомендуется обращение к лечащему врачу при появлении симптомов, указанных в описании клинической картины заболевания в «Индивидуальной Генетической Карте».

ИНТЕРПРЕТАЦИЯ У ФИО был проведен поиск патогенных мутаций, ассоциированных с наследствен-

ными заболеваниями.

Выявлен ранее описанный вариант нуклеотидной последовательности во 2 экзоне гена HFE (chr6:26090951, rs1799945) в гетерозиготном состоянии, приводящий замене аминокислоты p.H63D (NM_000410.4). Вариант описан как мутация, которая в гомозиготной или в компаунд-гетерозиготной форме с другими мутациями приводит к развитию наследственного гемохроматоза (OMIM: 235200) основными симптомами которого являются сильная утомляемость, снижение половой функции, потеря массы тела, тяжесть и боль в правом подреберье, болезненность суставов, бронзовая окраска кожи лица, шеи, рук, половых органов, подмышек, выпадение волос на голове. Частота варианта в контрольной выборке ExAC составляет 0.101647.

Результат требует проверки альтернативными методами (секвенирование по Сенгеру) и тщательного сопоставления с клиническими признаками.

Других значимых изменений, соответствующих критериям поиска, не обнаружено.

4.8. Изучить заключение и записать интерпретацию результата.

Заключение 1.

Персональные данные

Фамилия

Имя

Отчество

Дата рождения

Пол

								мужской
Данные об образце						Данные об исследовании
Биоматериал	Дата взятия				№ образца	№ заказа		№ iGC
	биоматериала				"Genesis"	"Genesis"
Кровь венозная
				Результаты исследования
					Клиническая генетика
По результатам полного секвенирования экзома выявлены патогенные / вероят-
но патогенные генетические варианты в следующих генах:
Ген		Экзон		Референсная последовательность				Глубина прочтения
NTHL1		2			NM_002528.7			236

42

	rs	Положение	Генотип	Зиготность	Замена ами-	Частота	Патогенность
		(GRCh37/hg19)			нокислоты	аллеля	аллеля
	rs150766139	chr16:2046238	G>A	гетерозигота	p.Gln82Ter	1.532e-3	Патогенный

Выявленный генетический вариант ассоциирован с развитием таких наследственных заболеваний как

	Название							MIM		Тип наследования
семейный аденоматозный полипоз 3 типа							616415				AR
Заключение 2.
Персональные данные
Фамилия	Имя		Отчество			Дата рождения					Пол
											мужской
Данные об образце					Данные об исследовании
Биоматериал	Дата взятия		№ образца		№ заказа				№ iGC
	биоматериала		"Genesis"		"Genesis"
Кровь венозная

Результаты исследования Клиническая генетика

По результатам полного секвенирования экзома выявлены патогенные / вероятно патогенные генетические варианты в следующих генах:

Ген		Экзон			Референсная последовательность			Глубина прочтения
HADHA		15			NM_000182.5				119
rs	Положение			Генотип		Зиготность	Замена амино-	Частота		Патогенность
	(GRCh37/hg19)						кислоты	аллеля		аллеля
rs137852769	chr2:26195184				C>G	гетерозигота	p.Glu510Gln	1.203e-3		Патогенный

Выявленный генетический вариант ассоциирован с развитием наследственных заболеваний:

	Название	MIM	Тип наследо-
			вания
	дефицит LCHAD	609016	AR
	Дефицит митохондриального трифункционального	609015	AR
	белка 1 типа

43

ЗАНЯТИЕ № 5 Тема: Программы и методы пренатального генетического скрининга

беременных. Преимплантационная генетическая диагностика.

Цель занятия: Углубление компетенций программ и методов пренатального генетического скрининга. Сформировать компетенции преимплантационной генетической диагностики.

Вопросы для самоподготовки:

1.История развития методов пренатальной диагностики.

2.Задачи пренатальной диагностики врожденных и наследственных заболеваний.

3.Принципы организации скрининга 1 триместра беременности на анеуплоидии плода (ультразвуковые и биохимические маркеры хромосомной патологии плода).

4.Принципы организации скрининга 2 триместра беременности на анеуплоидии плода (ультразвуковые маркеры хромосомной патологии плода).

5.Инвазивные методы пренатальной диагностики. Показания для проведения пренатальной инвазивной диагностики.

6.Неинвазивное пренатальное тестирование. Виды, задачи, показания.

7.Пренатальная диагностика моногенных заболеваний и врожденных пороков развития мультифакториального генеза.

8.Преимплантационная генетическая диагностика наследственных болезней. Виды, показания для проведения.

9.Этические, правовые и социальные проблемы медицинской генетики.

ДОЛЖЕН ЗНАТЬ:

1.Принципы организации медико-генетической службы в России и оказание медикогенетической помощи населению.

2.Принципы и методы пренатальной диагностики наследственных и врождённых заболеваний 1 и 2 триместра беременности; показания, сроки проведения, противопоказания.

3.Виды и методы преимплантационной генетической диагностики наследственных заболеваний человека.

4.Медико-психологические и этические особенности медико-генетического консультирования.

5.Правовое регулирование в сфере пренатального, преимплантационной генетической диагностики. Этические аспекты.

ДОЛЖЕН УМЕТЬ:

1.Направлять пациентов на медико-генетическое консультирование.

2.Обеспечить необходимую документацию для проведения медико-генетической консультации.

ВНЕАУДИТОРНАЯ САМОСТОЯТЕЛЬНАЯ РАБОТА

1.Самостоятельная работа с дополнительными источниками литературы.

2.Реферативное сообщение.

3.Переписать в тетрадь и заполнить таблицу (таб.15) основных характеристик инвазивных методов пренатальной диагностики

44

Таблица 15

Основные характеристики инвазивных методов пренатальной диагностики

	Метод	Способ выполнения	Эффективность	Срок
			получения материала	проведения
	Трансцервикальная
	биопсия (или
	аспирация) хориона
	Трансабдоминальная
	аспирация хориона
	(или плаценты)
	Ранний амниоцентез
	Амниоцентез
	Кордоцентез

4.Преимплантационна генетическая диагностика.

4.1. В тетраде под соответствующими числами подписать этапы проведения ПГД.

Рисунок 3

Этапы проведения ПГД

1	2	3	4	5
	4.2.Изучить определение, терминологию,		цели и объекты ПГТ-А, возможности и огра-
	ничения анализа. Записать в тетрадь определение ПГТ.
ПРАКТИЧЕСКАЯ РАБОТА:
1.	Решение ситуационных задач.
	Самостоятельно интерпретировать результаты пренатального УЗИ и
	биохимического скрининга	1 и 2 триместра. Результаты записать в тетрадь

2.Изучить использование неинвазивного пренатального теста в профилактике наследственных болезней.

2.1. Записать определение НИПТ в тетрадь.

2.2. Изучить показания и противопоказания к проведению НИПТ, таблицу записать в тетрадь

		Таблица 15
Показания и противопоказания проведения НИПТ
Показания		Противопоказания
возраст женщины более 35 лет		гемотрансфузии (в течение последнихтрёх м есяцев),
		трансплантации;
повышенный риск хромосомной патологии,		наличие онкологического заболевания;
установленный по результатам		срок беременности менее 10 недель на момент взятия
биохимического, ультразвукового или		крови для исследования;
комбинированного скрининга.		беременность тремя и более плодами;
диагностированная хромосомная патология		редукция одного эмбриона из двойни («синдром
плода/ребёнка в предыдущихбеременностях;		исчезающего близнеца»);

	45
наличие у одного из родителей носительства	хромосомная патология беременной(установленная
сбалансированной транслокациии других	ранее).
геномныханомалий;	Кроме того, точность НИПТ будет понижена при:
• предупреждение наследственныхзаболева-	повышении индекса массы тела пациентки (свыше 30
ний, сцепленныхс полом, посредством опре-	кг/м2);
деления половыххромосом (ХХ/ХY) эмбри-	беременности, наступившей в результате ЭКО с ис-
она;	пользованием донорской яйцеклетки и при суррогат-
• НИПТ может быть выполнен без медицин-	ном материнстве;
ских показаний, по желанию беременной	беременности двойней.
женщины.

2.3. Решение ситуационных задач. Изучить заключение по результатам НИПТ.

Пример 1.

Заключение: низкий риск анеупоидий.

Пример 2.

46

Заключение: высокий риск трисомии 15 хромосомы.

Пример 3.

Заключение: высокий риск трисомии Х.

47

2.4.Решение ситуационных задач: самостоятельно интерпретировать результаты неинвазивного пренатального теста, заключение записать в тетрадь.

Пример 1.

Пример 2.

3. Изучить использование геномных исследований в репродуктологии.

48

3.1. Разобрать цель, виды, возможности и ограничения исследований.

Цель: увеличение результативности программ ВРТ за счёт отбора и переноса эм-

	брионов с наибольшим имплантационным				потенциалом.
	Объект: клетки трофэктодермы.
										Таблица 16
	Виды предимплантанционного генетического исслеования
	Новое название			PGT-A			PGT-SR			PGT-M
	Старое название				PGS					PGD
	Патологии	Анеуплоидии несбалан-					Сбалансированные			Моногенные
		сированные аберрации:					аберрации: инверсии и			болезни
			делеции и дупликации				транслокации
	Методы		NGS (Whole Genome)				FISH			NGS (Target)
				CGH			CarioTyping			PCR
										Таблица 17
				Возможности и ограничения исследований
	Возможности						Ограничения
	Выявляется:				Не выявляется:
	Триплоидия (при наличии Y-хромосомы)				Химеризм
	Анеуплоидии (все хромосомы)				Полиплоидии (в отсутствие Y-хромосомы)
	Аберрации (> 48 Mbp) (делеции, дупликации;				Аберрации (< 48 Mbp; сбалансированные транслока-
	несбалансированные транслокации)					ции и инверсии)
					Мутации (в отдельных генах)
				При определённых условиях: мозаицизм
	3.2 Изучить примеры результатов ПГТ-А
	№ образца трофодермы			ISCN			Клиническая интерпретация			Перенос эмбрионов
	1			seq (1-22)x2,(Х,У)х1			норма			рекомендован
	2			seq (1-22,Х)x2			норма			рекомендован
	3			seq (16,15)x1			Анеуплоидный эмбрион			не рекомедован

Пример 1.

Заключение: множественные структурные аномалии, эмбрион НЕ РЕКОМЕНДОВАН к переносу.

Пример 2.

Заключение: моносомии по 15 и 18 паре хромосом, эмбрион НЕ РЕКОМЕНДОВАН к переносу.

Пример 3.

49

Заключение: аномалий количества хромосом не выявлено, эмбрион РЕКОМЕНДОВАН к переносу.

3.3.	Рассмотреть примеры результатов ПГТ-А, переписать таблицу в тетрадь,
дать заключение.
					Таблица 18
		Результаты ПГТ-А
№ образца		ISCN		Клиническая	Перенос
трофодермы				интерпретация	эмбоионов
1		seq (1-22,Х)x2
2		seq (16)x1
3		mos seq (10)x1/ (1-22)х2,(Х,У)х1
4		seq (1-22)x2,(Х,У)х1
5		seq (3,12)x3, (22)х1
6		seq (1-22)x3,(Х)х1,(У)х2
7		seq (1-22)x3,(Х)х2,(У)х1
8		seq (4q27q35.2)x1,	(12)х1
9		seq (22)x3
10		mos seq (1-22)x1,(Х,У)сх

Пример 4.

Пример 5.

50

ЗАНЯТИЕ № 6 ТЕМА: Генетика мультифакториальных заболеваний человека.

Генотерапия и генно-клеточная терапия моногенных болезней и онкологических заболеваний.

Цель занятия: определить роль наследственных и средовых факторов в проявлении болезней с наследственным предрасположением; разобрать общие принципы к дифференциальной диагностике мультифакториальных заболеваний (МФЗ).

Вопросы для самоподготовки:

1.Роль наследственных и средовых факторов в проявлении болезней с наследственным предрасположением.

2.Понятие о генах предрасположенности и реализации их в процессе онтогенеза.

3.Формирование генных сетей при некоторых наиболее часто встречающихся МФЗ (бронхиальной астмы, тромбофилии).

4.Индивидуальные геномы и персонализированная медицина.

5.История генной терапии.

6.Принципы генной терапии.

7.Геномное редактирование, методы.

8.Генотерапия при моногенных заболеваниях (СМА, миодистрофия Дюшенна, наследственный транститерин-опосредованный амилоидоз, наследственные заболевания глаз).

9.Генотерапия при онкологических заболеваниях (меланома и др.)

10.Генно-клеточная терапия наследственных болезней.

ДОЛЖЕН ЗНАТЬ:

1.Роль наследственных и средовых факторов в проявлении болезней с наследственным предрасположением.

2.Понятие о генах предрасположенности и реализации их в процессе онтогенеза.

3.Принципы и методы генотерапии моногенных заболеваний, онкологических заболеваний.

4.Принципы и методы генно-клеточной терапии наследственных болезней.

ДОЛЖЕН УМЕТЬ:

1.Понимать необходимость назначения лекарственных препаратов для лечения больных с некоторыми моногенными заболеваниями.

2.Определять персонализированное эффективное лекарственное средство для конкретного пациента в зависимости от результатов молекулярно-генетического тестирования

3.Использовать результаты генотипирования индивида в алгоритме персонифицированной профилактики МФЗ.

ВНЕАУДИТОРНАЯ САМОСТОЯТЕЛЬНАЯ РАБОТА:

1.Самостоятельная работа с дополнительными источниками литературы.

2.Реферативное сообщение.

3.Ознакомление с работой онлайн-калькулятора для расчета индивидуальной дозы варфарина с учетом результатов генотипирования https://www.mdapp.co/warfarin- dosing-calculator-223/.