Облачный Cloud BioLinux
Есть множество способов предоставления вычислительных ресурсов и ресурсов хранения данных для ресурсоемкого перемалывания данных их молотилок, обрабатывающих данных, и с помощью сервиса Cloud BioLinux облачные технологий направляются для анализа генома. В результате у нас появляется еще один тип облаков. У нас есть IaaS, т. е. Infrastructure as a Service — сервис инфраструктур. PaaS является Platform as a Service, т.е. сервисом платформ, и SaaS, Software as a Service — сервис программного обеспечения. Canonical предоставляет нам MaaS, Metal as a Service — железо и аппаратное обеспечение в качестве сервиса, и Джон Бекон (Jono Bacon) придумал ему ответвление Heavy Metal as a Service — сервис ХевиМеталл (конечно, шутка, но, возможно, хорошая). Облачный BioLinux можно назвать сервис науки - Science as a Service, Scaas.
Облачный BioLinux является бесплатным проектом, созданным сообществом и работающим на локальном компьютере или в сервисе Amazon Web Services (AWS). Предлагается несколько различных образов для установки: для VirtualBox, образ для Eucalyptus, инструментарий командной строки для AWS, и рабочий стол FreeNX в качестве полной настольной системы BioLinux (рис.2).
Рис.2: Облачный рабочий стол BioLinux
В руководстве пользователя, которое может оказаться полезным, дается несколько хороших советов по работе с сервисом Amazon EC2, имеющим гибкую ценовую политику, которая может кусаться в случае, если вы не понимаете, как она работает. С вас взымается плата до тех пор, пока работает ваш экземпляр сервиса, который может работать и после того, как вы выйдите из системы. Для того, чтобы остановить счетчик, вы должны остановить свой экземпляр сервиса. После завершения работы сервиса исчезает все - системное программное обеспечение и данные. Другая маленькая ловушка заключается в том, что если у вас почасовая оплата и вы запустили свой экземпляр сервиса с 8:55 и по 9:05, то вы получите счет за два часа. Мораль: расценки EC2 описаны хорошо и есть ряд параметром, поэтому убедитесь, что вам известно, что вы используете.
Техасский компьютерный центр передовых исследований
Системы высокопроизводительные вычислений High Performance Computing (HPC) Systems при Университете штата Техас в Остине имеют два из самых крупнейших в мире кластеров Linux. (Самые большие, вероятно, Google и Facebook). В одном кластере используется аппаратура Sun Constellation, а в другой кластер представляет собой конгломерат серверов PowerEdge от Dell. Оба кластера являются блейд-системами.
Кластер фирмы Sun называется Ranger, замечательное миролюбивое имя для компьютера, похожего на мамонта. В нем 3936 узлов, 62 976 ядер, 123 ТБ памяти и его производительность 579,4 терафлопа в секунду. Это 579400000000000 операций в секунду. Бьюсь об заклад, что на нем Tux Racer летает быстрее мухи. Операционная система - CentOS Linux.
Название системы Dell - Lonestar. Она немного слабее, чем система Ranger: 22 656 ядер, 44 ТБ памяти и производительность только 302 терафлопа в секунду. В обоих кластерах есть сеть über InfiniBand и используется высокопроизводительная распараллеливаемая распределенная файловая система Lustre. Везде в гигантских системах используется файловая система Lustre: в крупных центрах обработки данных, суперкомпьютерах и у провайдеров интернет-услуг. Lustre — еще одно достижении инженерии фирмы Sun Microsystems.
90% ресурсов систем Ranger и Lonestar предназначены для консорциума Extreme Science and Engineering Discovery Environment (XSEDE). Этот консорциум объединяет 16 суперкомпьютеров и мощных систем визуализации и анализа данных, расположенных в США и предназначенных для поддержки научных исследований. Они объединены сетью XSEDENet с пропускной способностью 10 Гбит/сек.