1. Задержка в перечислении ндфл.

Задержка с перечислением НДФЛ говорит о ненадлежащем исполнении обязанности налогового агента. Подобные нарушения, в частности, признали судьи ФАС Поволжского округа в Постановлении от 11 октября 2006 г. N А12-33216/05-С3. Есть и другие судебные решения в пользу налоговых органов, выносящие решения о штрафах налоговых агентов за несвоевременный расчет с бюджетом (Постановление ФАС Волго-Вятского округа от 18 апреля 2005 г. N А43-4707/2003-31-182). При этом существует и прямо противоположная позиция, которая представлена, например, в Постановлениях ФАС Восточно-Сибирского округа от 1 июля 2008 г. N А33-9185/07-Ф02-2808/08 по делу N А33-9185/07, ФАС Уральского округа от 11 марта 2008 г. N Ф09-1210/08-С2 по делу N А76-8227/07. Она основана на том, что ст. 123 Кодекса предусматривает ответственность за невыполнение налоговым агентом обязанности по удержанию и (или) перечислению налогов, а отнюдь не за нарушение сроков по уплате налога. Иначе говоря, если организация перечислила НДФЛ в бюджет, то она по факту исполнила свою обязанность. Следовательно, состав правонарушения по ст. 123 Кодекса попросту отсутствует.

2. Вынужденный прогул.

Минфин России в своем письме от 17 сентября 2009 г. N 03-04-06-01/236 поясняет особенности исполнения организацией обязанностей налогового агента при выплате дохода в виде заработной платы за время вынужденного прогула, взысканной с организации на основании решения суда.

В письме отмечается, что в этом случае организация, производящая выплаты работнику в виде заработной платы за время вынужденного прогула, подлежащей налогообложению НДФЛ, признается налоговым агентом, который обязан удержать начисленную сумму налога непосредственно из доходов налогоплательщика при их фактической выплате.

3. Налоговые вычеты больше доходов.

В ситуации, когда сумма налоговых вычетов в целом за год оказывается больше суммы доходов за тот же налоговый период, налоговая база принимается равной нулю, но разница между данными величинами на следующий год уже не переносится.

Подобную точку зрения Минфин высказывал и ранее, в частности в письме от 22 января 2007 г. N 03-04-06-01/12. Однако, как ни парадоксально, судьи с подобной позицией соглашаются далеко не всегда. Примером тому могут служить Постановления ФАС Восточно-Сибирского округа от 9 апреля 2007 г. N А19-19632/06-Ф02-1816/07, от 28 февраля 2007 г. N А69-2980/05-2(11)-Ф02-724/07 по делу N А69-2980/05-2(11), ФАС Волго-Вятского округа от 29 января 2007 г. N А31-11712/2005-19.

4. Уплата ндфл обособленными подразделениями.

Особенности уплаты НДФЛ обособленными подразделениями состоят в следующем. Пунктом 7 ст. 226 Налогового кодекса на налоговых агентов, имеющих обособленные подразделения, возлагается обязанность перечисления исчисленных и удержанных сумм НДФЛ как по своему местонахождению, так и по местонахождению каждого обособленного подразделения, независимо от того, выделено или не выделено подразделение на отдельный баланс.

Сумма НДФЛ, подлежащая уплате в бюджет по местонахождению обособленного подразделения, определяется исходя из суммы дохода, подлежащей налогообложению, начисляемого и выплачиваемого работникам этих обособленных подразделений.

Вышеизложенный порядок применяется независимо от того, когда созданы структурные подразделения организации.

На основании вышеизложенного исчисленный и удержанный НДФЛ с доходов работников структурных подразделений подлежит перечислению в бюджет по местонахождению этого структурного подразделения.