История обнаружения останков Алексея и Марии.
Оставался незакрытым вопрос об останках двух ненайденных тел. Также в плен Ганиной ямы попал и Александр Авдонин. В 1998-99 гг. усилиями Фонда «Обретение» шли раскопки на Глиняной площадке останков двух необнаруженных тел. Удалось найти пуговицы, ключки от одежды, кусок железного сита для просеивания грунта (очевидно от экспедиции Соколова), части золотых украшений, бусины из топаза, стреляные гильзы для винтовки, пули из револьвера Нагана, скотские кости. Позже началось строительство монастыря и археологические изыскания были прекращены.
Параллельно в течении ряда лет шли археологические работы на Поросенковом логу вокруг основного захоронения. К 2007-му году они были приостановлены как в силу отсутствия реальных результатов, так и по причине недостаточного финансирования.
Тем не менее, новую энергию в поиски вдохнуло несколько человек. Екатеринбургские краеведы - Николай Борисович Неуймин, Виталий Васильевич Шитов провели новое тщательное изучение материалов Юровского, наложили на данные результаты своих полевых выходов (и здравого смысла) и пришли к выводу, что костровище с останками тел необходимо искать не в плотную к Основному захоронению, но на определенном отдалении. Место должно быть более сухим, находиться выше и в пределах зрительного контакта с теми, кто работал, выкапывая основную яму. Своими идеями они «заразили» Андрея Евгеньевича Григорьева заместителя генерального директора НПЦ по охране и использованию памятников культуры и истории Свердловской области, которому удалось найти небольшие деньги для продолжения финансирования.
Возникал вопрос о рабочей силе новых поисков. 2 июня 2007 г. Григорьев обратился к членам Екатеринбургского Военно-исторического клуба «Горный щит» с предложением по выходным участвовать в поисках на территории Поросенкова Лога. Тогда же записалось несколько добровольцев. С середины июня начались регулярные поиски по выходным. Основной состав исследователей состоял из поисковиков.
29 июля 2007 года, в очередное воскресенье Леонид Григорьевич Вохмяков, поисковик с многолетним стажем (в общей сложности поднял останки 44-х бойцов РККА, 2-х солдат вермахта) обнаруживает костровище и обожженные человеческие кости. Сразу же были приглашены Авдонин и Старший научный сотрудник УрО РАН Евгений Анатольевич Курлаев. Здесь же был составлен протокол об обнаружении останков.
Раскопки начались с 31 июля и продолжались до 6 августа; проводились под руководством Сергея Николаевич Погорелова (Заместитель начальника отдела по археологическим исследованиям НПЦ по охране и использованию памятников культуры и истории СО), при участии антрополога - старшего научного сотрудника Института истории и археологии УрО РАН Дмитрия Ражева, сотрудника Института экологии растений и животных Николая Ерохина, членов фонда «Обретение», студентов археологов, и конечно – членов клуба «Горный щит». Сразу же была поставлена в известность о находках Екатеринбуржская епархия; ее представители также присутствовали при раскопках.
Были обнаружены сильно поврежденные (рубленные и обожженные) крупные фрагменты человеческих костей, много мелкой кальцинированной кости, несколько зубов, пистолетные пули, фрагменты керамики, гвозди, кусочек ткани, остатки от расчески.
После раскопок также была проведена медико-антропологическая, баллистическая, генетическая экспертиза, подтвердившая принадлежность и этих останков Цесаревичу Алексею и Великой княжне Марии. Первыми ДНК выделили наши – екатеринбуржские исследователи из Областной лаборатории, созданной Николаем Ивановичем Неволиным – главным судмедэкспертом Свердловской области, трагически погибшим 29 марта 2009 года. И сам Неволин и лаборатория внесли огромный вклад в изучение останков царской семьи.
Летом 2009 года состоялись новые раскопки на Поросенковом Логу, которые дополнили картину новыми данными: найдены осколки керамики, лопата. Возможно, работы будут продолжаться, если не брать в расчет последние тревожные сведения о создании элитного кладбища на Логу, при котором весь культурный слой мемориала – и прах убитой семьи будет уничтожен.