- •Элементы окна HyperChem
- •Работа 1. Основные способы создания и редактирования молекул в HyperChem
- •1.Создание Атомов
- •2. Создание связей
- •3. Изменение порядка связи
- •4. Создание ароматических колец
- •5. Маркировка Атомов
- •6. Изменение отдельных атомов
- •7. Создание 3d структуры молекулы
- •8. Изменение изображения молекулярной системы
- •9. Выбор Атомов
- •10. Выбор групп атомов
- •11. Чтобы выбрать вторую группу атомов:
- •12. Отменить выбора атомов:
- •13. Удаление Атомов
- •Трансляция, вращение, и масштабирование молекул. Измерение структурных свойств молекулы.
- •2. Применение диалогового окна Translate:
- •3. Масштабирование молекулы
- •1. Использование инструмента (кнопки) Изменения масштаба изображения
- •4. Центрирование молекулы
- •5. Xy Вращение
- •7. Измерение Длин Связей
- •8. Измерение Углов Связи
- •9. Измерение торсионных углов вращения
- •10. Измерение расстояния между валентно-несвязанными атомами
- •11. Водородные связи
Работа 1. Основные способы создания и редактирования молекул в HyperChem
1.Создание Атомов
Для того чтобы нарисовать атом:
Откройте диалоговое окно Element Table. Для этого выберите команду Default Element из меню Build, или дважды щелкните мышью по кнопке Drawing ..
Появляется диалоговое окно Element Table (Таблицы элементов):
Диалоговое окно Таблицы элементов позволяет Вам выбрать элемент из периодической таблицы. При нажатии на кнопку Properties...(Свойства), появится окно, показывающее физические свойства выбранного элемента.
Выполните далее следующие действия:
Если функции Allow Arbitrary Valens или Explicit hydrogen’s включены (отмечены ), щелкните мышью на этих опциях, чтобы их отключить.
Выберите Carbon в таблице элементов, затем закройте диалоговое окно Element Table.
Диалоговое окно исчезает и по умолчанию будет установлен элемент углерод.
Примечание: Вы можете оставить диалоговое окно Default Element открытым и переместить его так, что Вы сможете видеть рабочую область HyperChem. Это полезно, когда Вы хотите сделать многоатомную молекулу.
Произведите L-click на кнопке Drawing и переместите курсор на рабочую область. Курсор принимает форму, изображенную на кнопке Drawing, показывающую, что Вы находитесь в режиме рисования.
Произведите L-click в рабочей области окна HyperChem. Появляется небольшой круг, представляя несвязанный углеродный атом.
Создайте еще несколько атомов в различных точках рабочей области окна HyperChem. Ваша рабочая область должна выглядеть приблизительно так, как на рисунке 1.1
2. Создание связей
Чтобы дорисовать связи поместите курсор на первом нарисованном атоме. Нажмите и удерживайте левую кнопку мыши. Тащите ее (L-drag) от одного нарисованного атома до другого.
Рис.1.1.
Упражнение.
Создайте молекулу 1-гидрокси-3-фенил-2-пропена.
1. Используя приемы, описанные выше, нарисуйте молекулу так, как на рис. 1.2 (Шаг 1).
2. Прежде, чем Вы модифицируете эту схему, сохраните вашу работу. В HyperChem отсутствует операция «Отменить», поэтому, предварительно сохранив рисунок, Вам не придется перерисовывать его, если Вы сделаете ошибку при модификации схемы.
Чтобы сохранить вашу работу выберите Save (Сохранить) в меню Файл. Поскольку Вы сохраняете эту схему впервые, HyperChem отображает диалоговое окно Save File (Сохранение Файла). Укажите директорию для сохранения файла, введите имя файла и убедитесь, что файл будет сохранен с расширением .hin.
3. Изменение порядка связи
Для структуры, которую Вы формируете, Вам нужно увеличить порядок связи.
Чтобы изменить порядок связи:
Переместите указатель мыши на середину третьей связи слева и произведите L-click. Порядок связи возрастает от одинарной до двойной. Произведите L-click по связи снова. Двойная связь возрастает до тройной связи. Произведите R-click по связи. R-click уменьшает порядок связи. Произведите R-click по связи снова. Это действие возвращает одинарную связь.
Таким образом, построение молекулы с одной двойной связью требует от вас осуществления L-click в середине связи снова (Шаг 2, рис.1.2).