Лекция_6_БИ_М_2014
.pdf
Гомологи, ортологи, паралоги.
Поиск гомологичных последовательностей
Осваиваем программу
BLAST
Гомология
Крыло птицы |
Крыло летучей мыши |
рука человека
Определения:
гомологичными в биологии называют сопоставимые части сравниваемых биологических объектов.
гомологичными в биоинформатике называют последовательности, которые произошли от общего предка
гомология и аналогия
Последовательности могут быть похожими из-за конвергентной эволюции
Гомология (общий предок) против аналогии (конвергентная эволюция)
крыло птицы |
крыло бабочки |
|
крыло летучей мыши |
крыло мухи |
Гомологи
Ортологи Паралоги Ксенологи ?
(W.M.Fitch, Syst.Zool.19,99(1970)
Ортологи — последовательности, возникшие из одного общего предшественника в процессе видообразования. Ортологи, как правило, имеют одну и ту же функцию
Паралоги — последовательности, возникшие из одного общего предшественника в результате дупликации одного гена в одном организме. Паралоги, как правило, имеют разные функции.
Определение: гомология
Гомологичными называют
сопоставимые части сравниваемых биологических объектов
Гомология в геномике
Сходство последовательностей,
связанное с происхождением от общего
предка. ala gly glu asp asp glu asp gly ala glu asp glu
Определение: два типа гомологии
Ортологи
Гомологичные последовательности в разных видах организмов, которые произошли от общего предкового гена в процессе эволюции.
Паралоги
Гомологичные последовательности в геноме одного вида, возникшие в процессе дупликации.
Паралоги: Члены семейства белков (генов) в одном организме. Филогенетическое дерево паралогов глобинов человека.
Ортологи: Члены семейства белков (генов) в различных организмах. Филогенетическое дерево ортологов бета-глобинов.
www.bioinfbook.org (document 3.1)
Определения: homology, identity, similarity
Homology
Сходство последовательностей, связанное с происхождением от общего предка. Не существует degree of homology:
последовательности либо homologs либо нет!
Для оценки степени гомологии используют:
Identity (тождество, идентичность)
The extent to which two (nucleotide or amino acid) sequences are invariant
(Степень инвариантности (неизменности) двух (нуклеотидная или аминокислотная) последовательностей)
Similarity (подобие)
The extent to which protein sequences are related. It is based upon identity plus conservation. (Степень родства двух (нуклеотидная или аминокислотная) последовательностей. Родство основано на инвариантности и консервативности)