Лекция_2_БИ_М_2014

Основы биоинформатики

Д.б.н. Голденкова-Павлова Ирина Васильевна

[e-mail]

Биоинформатика: как она возникла?

В конце 1970-х годов был изобретён относительно быстрый и дешёвый метод экспериментального определения последовательности оснований в ДНК

(Метод Ф. Сэнгера, Ф. Максама и В. Гильберта)

...TGCCACAAATCAC...

выделение секвенирование

Организм

ДНК «в пробирке»

Последовательность

В 1978 г. было опубликовано 200 статей, описывающих

секвенированные нуклеотидных последовательности

gatcctccatatacaacggtatctccacctcaggtttagatctcaacaacggaaccattg ccgacatgagacagttaggtatcgtcgagagttacaagctaaaacgagcagtagtcagct ctgcatctgaagccgctgaagttctactaagggtggataacatcatccgtgcaagaccaa gaaccgccaatagacaacatatgtaacatatttaggatatacctcgaaaataataaaccg ccacactgtcattattataattagaaacagaacgcaaaaattatccactatataattcaa agacgcgaaaaaaaaagaacaacgcgtcatagaacttttggcaattcgcgtcacaaataa attttggcaacttatgtttcctcttcgagcagtactcgagccctgtctcaagaatgtaat aatacccatcgtaggtatggttaaagatagcatctccacaacctcaaagctccttgccga gagtcgccctcctttgtcgagtaattttcacttttcatatgagaacttattttcttattc tttactctcacatcctgtagtgattgacactgcaacagccaccatcactagaagaacaga acaattacttaatagaaaaattatatcttcctcgaaacgatttcctgcttccaacatcta cgtatatcaagaagcattcacttaccatgacacagcttcagatttcattattgctgacag ctactatatcactactccatctagtagtggccacgccctatgaggcatatcctatcggaa aacaataccccccagtggcaagagtcaatgaatcgtttacatttcaaatttccaatgata cctataaatcgtctgtagacaagacagctcaaataacatacaattgcttcgacttaccga gctggctttcgtttgactctagttctagaacgttctcaggtgaaccttcttctgacttac tatctgatgcgaacaccacgttgtatttcaatgtaatactcgagggtacggactctgccg acagcacgtctttgaacaatacataccaatttgttgttacaaaccgtccatccatctcgc tatcgtcagatttcaatctattggcgttgttaaaaaactatggttatactaacggcaaaa acgctctgaaactagatcctaatgaagtcttcaacgtgacttttgaccgttcaatgttca ctaacgaagaatccattgtgtcgtattacggacgttctcagttgtataatgcgccgttac ccaattggctgttcttcgattctggcgagttgaagtttactgggacggcaccggtgataa actcggcgattgctccagaaacaagctacagttttgtcatcatcgctacagacattgaag gattttctgccgttgaggtagaattcgaattagtcatcggggctcaccagttaactacct ctattcaaaatagtttgataatcaacgttactgacacaggtaacgtttcatatgacttac ctctaaactatgtttatctcgatgacgatcctatttcttctgataaattgggttctataa

Важное событие в развитии биоинформатики

Для хранения все возрастающей информации о последовательностях ДНК в 1982 году был основан

GenBank

GenBank — хранилище последовательностей нуклеиновых кислот в

виде компьютерных файлов

Важный этап развития биоинформатики

1996 год: сформулированы

«Бермудские принципы» (названы по месту проведения конференции)

Все данные, даже по небольшим участкам геномов, должны помещаться в банки данных и быть доступны для всех желающих.

Объекты исследований биоинформатики

-ДНК – последовательность нуклеотидов,

-РНК,

-Белки – последовательность аминокислот

What is Bio-Informatics ?

Компьютерные методы для понимания биологических данных

Данные, получаемые лабораториями и хранимые в базах данных

Новые знания

Bio-Informatics

Алгоритмы и методы

Goal: Возможность открытия новых биологических акономерностей и создание глобальных перспектив для наук о жизни

Исходя из этого…

§Экспериментаторы работают на биоинформатиковJ

§Но и биоинформатика может дать многое экспериментатору, нужно только…

§Быть любознательным и не бояться нового…J

Биоинформатика для экспериментаторов

-Источники информации и базы данных в Интернете

-Возможность поиска нужной информации

-Возможность анализа полученных экспериментальных данных