Таксоны, применяемые в бактериологии:

Домен (Domain) — группа рангом выше царства, объединяющая разные организмы, обладающие определенным набором общих черт.

Царство (Kindom) — совокупность типов бактерий.

Тип (Phylum) — совокупность классов бактерий.

Класс (Class) — совокупность порядков бактерий.

Порядок (Order) — совокупность семейств бактерий.

Семейство (Family) — совокупность взаимосвязанных родов бактерий, базируется на основе типового рода.

Род (genus) — совокупность близкородственных видов, базируется на основе типового вида.

Вид (species) — основной таксон в классификации бактерий — эволюционно сложившаяся совокупность особей, имеющих экологическое единство и близкий генотип, который в стандартных условиях проявляется сходными морфологическими, физиологическими, биохимическими признаками и антигенной структурой. Критерий репродуктивной изоляции у некоторых бактерий не является строгим, всегда выражен лишь до уровня семейств, возможен обмен генетическим материалом между близкородственными родами (например, Salmonella, Shigella, Escherichia) и приобретение бактериями новых свойств (например, изменение спектра чувствительности к антибиотикам).

Подвиды (внутривидовые категории) — совокупность популяций определенного вида, отличающихся рядом признаков, не препятствующих объединению в вид.

Подвидовые таксоны:

Вариант (вар) — совокупность популяций микроорганизмов определенного вида, отличающихся по свойствам. Различают морфо-, гено-, ферменто-, серо-, био- (резистенс-, фаго-), эковары.

Штамм (нем. stammen — происходить, ствол, основа) — чистая культура микроорганизмов, выделенная из одного определенного источника (организма, окружающей среды). Другими словами, штамм — конкретный образец (изолят) данного вида.

Чистая культура — совокупность микроорганизмов одного вида или варианта, полученная из одного образца и содержащаяся в определенном объеме среды (напр., в пробирке). Выделение чистых культур бактерий необходимо для их идентификации.

После идентификации и определения свойств чистая культура становится штаммом. Разные штаммы одного и того же вида бактерий мо­гут отличаться друг от друга по ряду свойств (например, по чувствительности к антибиотикам, способности к образованию токсинов, ферментов). Штаммы имеют различия по месту выделения и времени выделения. При описании нового штамма один образец культуры в жизнеспособном состоянии должен быть сдан в официально признанную коллекцию культур.

Клон (греч. Klon — росток) — генетически однородная чистая культура микроорганизмов, полученная из одной материнской клетки.

Номенклатура бактерий — название бактерий в соответствии с международными правилами (табл. 2). Наименование бактерий регламенти­руется Международным кодексом номенклатуры бактерий, разработанным Международным комитетом систематической бактериологии, ко­торый осуществляет контроль за его соблюдением.

Все таксоны до вида определяются одним словом.У видов бактерий бинарная номенклатура, т. е. название вида состоит из двух слов: родовое (первое, пишется с прописной буквы) и видовое (второе, пишется со строчной буквы): Staphylococcus aureus, Escherichia coli. При повторном написании родовое название сокращается до начальной буквы: S. aureus, E. coli.

Пер­воначальное правило, согласно которому в родовом названии должны быть отражены морфологические признаки, а в видовом — физиологические, в связи с крупными новыми открытиями перестало соблюдаться. Сегодня родовые названия могут отражать экологические, физиологические (Nitrosomonas, Azotobacter), биохимические (Haemophilus, Chromobacterium) особенности микроорганизмов либо их патогенность (Pneumococcus).

У подвидов бактерий триарная номенклатура (род, вид, название подвида): Klebsiella pneumonia subspecies rhinoscleromatis.

Таблица 2