Лекция_4_БИ_М_2014

Попарное

выравнивание

последовательностей

www.oddee.com/

Парное выравнивание – методы сравнения

•Глобальное выравнивание – находит лучшее решение для целых последовательностей.

•Локальное выравнивание – находит похожие районы в двух последовательностях.

Глобальное	Локальное
_____ _______	__	____
__ ____ ____	__	____

Сколько существует выравниваний для одной последовательности по отношению к другой последовательности?

Парное выравнивание

Человеческий гемоглобин (HH):

VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGYEG

Миоглобин кашалота (SWM):

VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHG

Парное выравнивание - идентичность

(HH)VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGYEG

|||

| | || |

|

(SWM) VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHG

Процент идентичности: 36.000 (| only) (9 букв из 25 идентичны)

Парное выравнивание - похожесть

(HH)VLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGYEG

||| .

| | || |

|

(SWM) VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHG

Процент похожести: 40.000 (| и .) (9 букв идентичны и 1 сходная замена, и того 10 из 25 сходно)

Процент идентичности: 36.000 ( только |)

•Идентичность: подсчитывается количество совпадений и делится на длину выравниваемого региона

•Similarity (похожесть) : Менее формализованная величина

Как рассчитывают похожесть?

Система оценки - белки

Category	Amino Acid
Кислоты\амиды	Asp (D) Glu(E) Asn (N) Gln (Q)
Основания	His (H) Lys (K) Arg (R)
Ароматические	Phe (F) Tyr (Y) Trp (W)
Гидрофильные	Ala (A) Cys (C) Gly (G) Pro (P) Ser (S) Thr (T)
Гидрофобные	Ile (I) Leu (L) Met (M) Val (V)

Система оценки - белки

Похожесть: Положительная оценка для выравниваемых аминокислот из одной и той же группы.

Подмена задачи и обобщение

•Новая задача: написать одну последовательность под другой так, чтобы максимизировать сходство

Парное выравнивание – вставка промежутков (gaps)

(HH)VLSPADKTNVKAAWGKVGAH-AGYEG

½½½ .

½

½ ½½ ½ ½½ ½

(SWM) VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGH-G

•	Gap Weight:	4
•	Gaps:	2

•Процент похожести: 54.167 (11 букв идентичны и 1 сходная замена, итого 12 из 25)

•Процент идентичности: 45.833 (11 букв из 25 идентичны)