Лекция_4_БИ_М_2014

Profile vs. Consensus

Данный MSA будет иметь одинаковый consensus

A A C

T T

G C

A A C T T G T

A

A

G

T

C

G

T

A

A

C

T

T

G

T

C

A

C

T

T

C

T

A

A

C

T

T

C

T

A A C T T G T

Profile vs. Consensus

Но разный профиль

A A C T T G C

A A G T C G T

C A C T T C T

	1	2	3	4	5	6
A	0.66	1	0	0	.	.
T	0	0	0	1	.	.
C	0.33	0	0.66	0	.	.
G	0	0	0.33	0	.	.

A A C T T G T

A A C T T G T

A A C T T C T

	1	2	3	4	5	6
A	1	1	0	0	.	.
T	0	0	0	1	.	.
C	0	0	1	0	.	.
G	0	0	0	0	.	.

edu/

Sequence logos графическое представление результатов множественного выравнивани аминокислотных или нуклеотидных последовательностей.

Каждый logo состоит из набора символов, один столбик для

каждой позиции в последовательности.

Общая высота указывает на консервативность этой

последовательности, а высота каждой буквы в столбце – относительную частоту, с которой аминокислота или

нуклеотид встречается в этой позиции.

Т.е. logo дает визуальное представление о консервативности

последовательности.

Спираль-поворот-спираль мотив CAP семейства ДНК-связывающих белков. CAP (Catabolite Activator Protein) регулирует транскрипцию, связываясь с более, чем 100 регионами в геноме E. coli.

Остатки 1-7 формируют первую спираль, 8-11 – поворот и 12-20 формируют ДНК-узнающую спираль.

Глицин в положении 9, вероятно, критичен в формировании поворота. Позиции 4, 8, 10, 15 и 19 частично или полностью спрятаны, поскольку образованы гидрофобными аминокислотами (окрашены в черный цвет).

Позиции 11-14, 17 и 20 непосредственно взаимодействуют с пара нуклеотидов И являются ключевыми для специфического связывания белка.

Данные этого logo построены за счет анализа 100 последовательностей полного выравнивания белков этого семейства (Accession number PF00325).

Консенсусная последовательность промотора

Области сплайсинга эукариотических пре-мРНК

•Некоторые индивидуальные аминокислотные остатки могут выявлять высокую консервативность Пример: цистеин, образующий дисульфидный мостик

•Могут быть консервативные мотивы,

Пример: трансмембранный домен области связывания ионов металлов

•Консервативная вторичная структура Пример: Альфа-спираль

Петли, участвующие в связывании субстратов

•Могут присутствовать вставки и делеции Пример: различие в размерах петель – разные субстраты

Цистеин

Области связывания ионов (консервативные гистидины)