Лекция_4_БИ_М_2014

Матрицы сравнения белков

Семейство матриц, которые отражают вероятность замены одной аминокислоты на другую во время эволюции.

матрицы замен

Матрица замен может трактоваться как то, что каждая аминокислота является немножко другой аминокислотой.

Парное выравнивание

•Матрицы для оценки – PAM и BLOSUM

Матрицы

замен

PAM матрица

•Point Accepted Mutation

•PAM единицы отображают эволюционную дистанцию.

•1 PAM единица – вероятность 1 точечной мутации на 100 аминокислот.

•Умножение PAM 1 на себя даёт более высокие

матрицы, применимые для сравнения белков, удалённых эволюционно.

PAM матрица

•PAM матрица базируется на последовательностях с 85% идентичности.

Ублизких белков функции не должны сильно различаться

Серия матриц PAM

• Эволюционный процесс можно представить как Марковский процесс. Если в начальный момент времени t=0 в некоторой позиции был остаток α, то через время t в этой позиции с некоторой вероятностью будет остаток β.

Серия матриц PAM

PAM1 mutation probability matrix

Original amino acid

Каждый элемент матрицы – вероятность того, что исходная аминокислота будет заменена другой

PAM 250