Краткое описание powder cell

В практикуме имеются DOS и Windows версии программы (директории pc18d и pcw10 соответственно). Руководство и HELP доступны только на немецком языке. Нижеприведенная инструкция достаточна для выполнения лабораторных работ практикума.

Входные данные могут быть неформатированными. Единственное требование - после 4-й колонки могут вводиться только цифры. Пустые строки не разрешены, однако могут быть введены комментарии после последнего значения для RGNR. В большинстве примеров (*.cel) факторы занятости позиции и изотропные температурные факторы не включены (эти две величины задаются после трех координат).

Пример входного файла с данными о структуре (кубическая элементарная ячейка, параметры ячейки: a=b=c = 5 Å, ===90^o, атом кислорода с координатами [[0,0,0]] и температурным фактором 0.4, атом азота с координатами [[0.5,0.5,0.5]] и температурным фактором 0.3, атом водорода с координатами [[1/3,1/3,1/3]] , пространственная группа 14):

CELL 5.0 5.0 5.0 90 90 90

O 8 0.0 0.0 0.0 1 0.4

N 7 0.5 0.5 0.5 1 0.3

H 1 0.333 0.333 0.333

RGNR 14

Если Вы хотите использовать только температурный фактор, то необходимо установить фактор занятости равным 1. Заменяя один атом другим, к примеру на 50%, получаем:

CELL 5.0 5.0 5.0 90 90 90

O 8 0.0 0.0 0.0 0.5 0.4

16 0.5 0.45

N 7 0.5 0.5 0.5 1 0.3

H 1 0.333 0.333 0.333

RGNR 14

В этом примере атом кислорода наполовину замещен атомом серы (атомный номер 16). Программа проверяет первые четыре символа строки. Если они пустые, то это замещение, тогда используются только атомный номер, факторы занятости позиции и изотропный температурный. Ключевое слово RGNR – немецкая аббревиатура для "номера пространственной группы" (Raumgruppen–Nummer), который тот же, что и в справочнике International Tables of Crystallography (IT) from 1973. После номера пространственной группы номер выбора ячейки (к примеру 2 или 3) может быть приведен, если он существует в файле pc.dat (l.IT). Ключевые слова для атомов могут содержать до четырех символов (иначе будет сообщение об ошибке - runtime error).

Интерфейс программы

Для запуска программы необходимо набрать адрес http://www.omsu.omskreg.ru. Будет загружен сайт Омского государственного университета, в котором необходимо выбрать раздел «Учебные материалы» -«Рентгеноструктурный анализ». В закладке «мультимедиакурс «Рентгеноструктурный анализ» существует раздел «Компьютерные программы», в котором расположена программа PowderCell. Для запуска программы необходимо выбрать позицию Windows версия 1,0. После загрузки программы появятся 2 окна, в верхнем производится изображение структуры, а в нижнем отображается дифрактограмма поликристаллического образца. В качестве примера можно загрузить предложенную разработчиками программы структуру magnetit. В верхнем окне появится геометрическое представление элементарной кристаллической решетки магнетита, а в нижнем рассчитанная теоретическая дифрактограмма. Также появятся "клавиши" справа и сверху.

Управление программой производится нажатием – левой и – правой кнопок "мыши". Кликнув на CANCEL, можно выйти из окна меню.

В приложении к данному учебно-методическому пособию представлены некоторые функции меню (русский перевод ключевых слов), достаточных для выполнения заданий. Если клавиша не используется в данной работе, то рядом с ней в данном руководстве надпись: не использовать.