5. Лабораторні заняття (комп’ютерний практикум)

Основні завдання циклу комп’ютерного практикуму по дисципліні «Основи біоінформатики» є:

• практичне закріплення навчального матеріалу викладеного на лекційних заняттях;

• робота з програмними пакетами, які використовуються в біотехнології;

• практичне вивчення алгоритмів біоінформатики;

• практична робота з сучасними базами даних молекулярної біології.

№ з/п	Назва лабораторної роботи (комп’ютерного практикуму)	Кількість ауд.год
1	Комп’ютерний практикум 1. Пошук інформації по базах даних. Використання пошукових систем Література [11 §1]. СРС – Пошук інформації в базах данних за темою своєї бакалаврської роботи. Література [11 §1].	2
2	Комп’ютерний практикум 2-3. Проведення біоінформаційного аналізу геному магнітотаксисних бактерій з різними живими організмами Література [11]. СРС – Побудова фелогенетичного дерева магнітотаксисної бактерії D.magneticus sp.. Література [11].	4
3	Комп’ютерний практикум 4-5. Написання програми для побудови глобального вирівнювання Література [5 §1]. СРС – Порівняння часу, необхідного для глобального вирівнювання двох нуклеотидних послідовностей за основним алгоритмом та методом прямого перебору. Література [5 §1].	4
4	Комп’ютерний практикум 6-7. Написання програми для побудови локального вирівнювання Література [5 §2]. СРС – Порівняння часу, необхідного для локального вирівнювання двох нуклеотидних послідовностей за основним алгоритмом та методом прямого перебору. Література [5 §2].	4
5	Комп’ютерний практикум 8-9. Написання програми для побудови псевдоглобального вирівнювання Література [5 §3]. СРС – Порівняння часу, необхідного для псевдоглобального вирівнювання двох нуклеотидних послідовностей за основним алгоритмом та методом прямого перебору. Література [5 §3].	4
6	Комп’ютерний практикум 10. Побудова вирівнювань послідовностей з використанням загальної функції штрафу Література [5 §4]. СРС – Порівняння часу, необхідного для вирівнювання двох нуклеотидних послідовностей з використанням загальної функції штрафу за основним алгоритмом та методом прямого перебору. Література [5 §4].	2
7	Комп’ютерний практикум 11-12. Побудова матриць амінокислотних замін Література [5 §6]. СРС – Написання алгоритму для побудови матриці амінокислотних замін. Перевірка основних властивостей матриці амінокислотних замін. Література [5 §6].	4
8	Комп’ютерний практикум 13. Модульна контрольна робота	2

7. Самостійна робота

№ з/п	Назва розділу, теми (окремого питання), що виноситься на самостійне опрацювання	Кількість годин СРС
1	Тема 1. Основні алгоритми біоінформатики	20
2	Тема 2. Методи динамічного програмування	27