- •Строение белка. Уровни структурной организации молекулы белка.
- •Строение, размер и форма белковой молекулы, функции белков.
- •Денатурация, причины и признаки, использование в медицине.
- •Ферменты. Особенности ферментативного катализа. Строение и структура ферментов.
- •Полиферментные комплексы, метаболоны.
- •Механизм действия ферментов. Этапы ферментативного катализа.
- •Факторы, определяющие активность ферментов [e], [s], [p], Km. Влияние pH, [p], tº, ионной силы на активность ферментов.
- •Изостерическая и аллостерическая регуляция.
- •Николаев а. Я. Биологическая химия. М.: Высшая школа, 1989. С. 52–92.
- •Марри р. И др. Биохимия человека. М.: Мир, 1993. Т. 1. С. 63–75.
- •Филиппович ю. Б. Основы биохимии. М.: Высшая школа, 1993. С. 105–144.
- •1. Мультимедийная презентация.
- •Механизмы и роль аллостерической регуляции. Характеристика аллостерических ферментов. Виды ингибирования (обратимое, необратимое, конкурентное, неконкурентное, бесконкурентное).
- •Изоферменты, их природа, биологическая роль, строение лдг.
- •Изменение активности ферментов в онтогенезе.
- •Николаев а. Я. Биологическая химия. М.: Высшая школа, 1989. С. 52–92.
- •Марри р. И др. Биохимия человека. М.: Мир, 1993. Т. 1. С. 63–75.
- •Филиппович ю. Б. Основы биохимии. М.: Высшая школа, 1993. С. 105–144.
- •1. Мультимедийная презентация.
- •Локализация ферментов в клетке, органоспецифические и маркерные ферменты.
- •Качественное обнаружение и количественное определение активности. Единицы активности (мe, катал). Удельная активность. Число оборотов ферментов.
- •Сопряженные ферментные системы их применение. Номенклатура, классификация ферментов (тривиальная, рациональная, систематическая). Принципы классификации.
- •Медицинская энзимология. Основные направления Применение ферментов в лабораторной диагностике, производственной практике и биотехнологии.
- •Энзимопатии. Патогенез энзимопатий. Энзимодиагностика, цель, задачи. Типы ферментов плазмы крови.
- •Энзимотерапия. Примеры. Иммобилизованные ферменты, липосомы, тени эритроцитов, вирусные векторы. Биотехнология.
- •История развития учения о биологическом окислении
- •Современные представления о бо. Основные этапы бо. Строение атф, природа макроэргичности.
- •Митохондрия. Строение, функции, сравнительная характеристика мембран митохондрий. Характеристика ферментов мембран, межмембранного пространства, мx матрикса.
- •Цтк, история открытия, реакции, ферменты, коферменты, субстраты. Биологическая роль, регуляция цтк. Метаболоны цтк.
- •1. Энергетическая функция.
- •2. Пластическая функция.
- •3. Регуляторная.
- •Строение дыхательной цепи (дц), комплексы, ингибиторы. Механизм работы. Пункты сопряжения, величина овп компонентов дц. Коэффициент р/о, его значение.
- •Свободное и разобщенное дыхание. Теории сопряжения оф.
- •Структура и функция протонной атф-азы. Механизм разобщения.
- •Оф (снятие pH и ). Механизмы термогенеза. Роль бурой жировой ткани.
- •Пути потребления o2 в организме. Характеристика микросомальной дц, ее сравнение с митохондриальной. Характеристика цитохромов p450, их функция.
- •1. Сходства: а) они имеют одинаковые начало и конец и одинаковую суммарную разность потенциалов (а значит одинаковый градиент энергии в начале и конце);
- •2. Различия: а) по локализации;
- •Антиоксидантная защита: ферментная и неферментная.
- •1. Мультимедийная презентация.
- •1. Мультимедийная презентация.
-
Полиферментные комплексы, метаболоны.
Метаболон – мультиферментный комплекс, состоящий из белков-ферментов обладающих всеми уровнями структурной организации и катализирующих отдельные метаболические пути. Эти комплексы обычно связаны с клеточными мембранами, играют важную роль в эволюции живых систем, поскольку обеспечивают высокую скорость катализа, тонкую, точную регуляцию и направленность (векторность) метаболизма во времени и пространстве.
В промежуточном метаболизме имеются мультиферментные комплексы, катализирующие сложную многостадийную реакцию окислительного декарбоксилирования 2-кетокислот и переноса образующегося ацильного остатка на кофермент А. В качестве акцептора электронов выступает НАД+. Кроме того, в реакции участвуют тиаминдифосфат, липоамид и ФАД. К дегидрогеназам кетокислот относятся: а) пируватдегидрогеназный комплекс (ПДГ, пируват→ацетил-КоА), б) 2-оксоглутаратдегидротеназный комплекс цитратного цикла (ОГД, 2-оксоглутарат→сукцинил-КоА) и в) участвующий в катаболизме разветвленных цепей валина, лейцина и изолейцина дегидрогеназный комплекс. Примером является ПДГ-комплекс.
А. Пируватдегидрогеназа: реакция
В пируватдегидрогеназной реакции участвуют три различных фермента [1-3]. Пируватдегидрогеназа (Е1) катализирует декарбоксилирование пирувата, перенос образованного гидроксиэтильного остатка на тиаминдифосфат (TPP, 1а), а также окисление гидроксиэтильной группы с образованием ацетильного остатка. Этот остаток и полученные восстановительные эквиваленты переносятся на липоамид (1б). Следующий фермент, дигидролипоамидацетилтрансфераза (Е2) переносит ацетильный остаток с липоамида на кофермент А (2), при этом липоамид восстанавливается до дигидролипоамида. Последний снова окисляется до липоамида третьим ферментом, дигидролипоамиддегидрогеназой (Е3) с образованием НАДН + Н+ (NADH + Н+) (3). Электроны переносятся на растворимый НАД+ через ФАД и каталитически активный дисульфидный мостик субъединицы Е3.
Пять разных коферментов этой реакции различными способами ассоциированы с белковыми компонентами ферментов. Тиаминдифосфат нековалентно связан на Е1, Липоамид ковалентно связан с остатком лизина Е2, а ФАД прочно ассоциирован в виде простетической группы на Е3. НАД+ (NAD+) и кофермент А взаимодействуют с комплексом в виде растворимых коферментов.
Б. Пируватдегидрогеназный комплекс Escherichia coli
Пируватдегидрогеназный комплекс (ПДГ-комплекс) бактерии Escherichia coli достаточно подробно исследован. Он имеет молекулярную массу от 5,3 · 106 Да и диаметр больше 30 нм, т. е. ПДГ-комплекс крупнее, чем рибосома. Комплекс состоит из 60 полипептидов (1,2): 24 молекулы Е2 (8 тримеров) образуют ядро комплекса кубической формы. Каждая из 6 граней этого куба занята димерами (возможно, тетрамерами) компонентов Е3, в то время как на 12 ребрах куба лежат димеры молекул Е1. Другие дегидрогеназы кетокислот построены аналогично, но могут отличаться числом субъединиц и молекулярной массой.
Пространственная организация составных частей комплекса очень важна для катализа. Кофермент, липоевая кислота, очень подвижен благодаря образованию связи с лизиновым остатком фермента Е2. "Ручка" липоамида длиной примерно 1,4 нм в процессе катализа перемещается между E1 и Е3 (3). Липоамид таким способом может взаимодействовать как со связанным в Е1 тиаминдифосфатом, так и с растворимым коферментом А и акцептирующим электроны ФАД в Е3. Белковый домен ацетилтрансферазы, который связывает липоевую кислоту, очень гибок. Это дополнительно повышает дальность действия липоамидной «ручки».
Заведующий кафедрой биологической химии, д.м.н., проф. |
Грицук А. И. |
___________ |
21.10.2006
Министерство здравоохранения Республики Беларусь
УО «Гомельский государственный медицинский университет»
Кафедра биологической химии
Обсуждено на заседании кафедры (МК или ЦУНМС)
Протокол № _________________200__года
ЛЕКЦИЯ по биологической химии
наименование дисциплины
для студентов _2__ курса лечебного факультета
Тема Ферменты 2. Механизм действия.
Время 90 мин.
Учебные и воспитательные цели:
Дать представление:
-
О механизме действия ферментов. Об этапах ферментативного катализа.
-
О факторах, определяющих активность ферментов [E], [S], [P], Km. О влиянии pH, давления, температуры, ионной силы на активность ферментов.
-
Об изостерической и аллостерической регуляция.
ЛИТЕРАТУРА
-
Березов Т. Т., Коровкин Б. Ф. Биологическая химия. М.: Медицина, 1990. С. 105–123; 1998. С. 143–156.
-
Николаев А. Я. Биологическая химия. М.: Высшая школа, 1989. С. 52–92.
Дополнительная
-
Марри Р. и др. Биохимия человека. М.: Мир, 1993. Т. 1. С. 76–110.
-
Филиппович Ю. Б. Основы биохимии. М.: Высшая школа, 1993. С. 100–111.
-
Ленинджер А. Л. Основы биохимии. М.: Мир, 1985. Т. 1. С. 226–302.
-
Албертс Б. и др. Молекулярная биология клетки. М.: Мир, 1994. Т. 1. С. 113–171.
МАТЕРИАЛЬНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ
1. Мультимедийная презентация.
РАСЧЕТ УЧЕБНОГО ВРЕМЕНИ
№ п/п |
Перечень учебных вопросов |
Количество выделяемого времени в минутах |
|
Механизм действия ферментов. Этапы ферментативного катализа. |
30 |
|
Факторы, определяющие активность ферментов [E], [S], [P], Km. Влияние pH, [P], tº, ионной силы на активность ферментов. |
40 |
|
Изостерическая и аллостерическая регуляция. |
20 |
Всего 90 мин