Родственные отношения по данным молекулярной филогенетики
Родственные отношения между отрядами плацентарных начали проясняться лишь недавно благодаря успехам молекулярной филогенетики. При этом произошли и изменения в системе на уровне отрядов, которые отражены во многих современных источниках. В соответствии с результатами большинства молекулярных исследований, все плацентарные делятся на четыре большие клады (иногда им придают ранг надотрядов), которые перечислены здесь в порядке отделения от общего ствола филогенетического древа:
Афротерии (Afrotheria);
Неполнозубые (Xenarthra);
Euarchontoglires;
Лавразиотерии (Laurasiatheria).
К афротериям относятся две группы близкородственных отрядов: к первой относятся отряды хоботные, сирены и даманы, а ко второй — прыгунчиковые, тенрекообразные и трубкозубые.
К неполнозубым относятся два отряда — муравьеды и ленивцы (отряд Pilosa) и броненосцы (отряд Cingulata).
К Euarchontoglires относятся отряды грызуны (Rodentia), зайцеобразные (Lagomorpha) (две сестринские группы), тупайеобразные (Scadentia), шерстокрылы (Dermoptera) и приматы (Primates) (две сестринские группы).
К Laurasiatheria относятся отряды насекомоядные (Eulipotyphla) (по некоторым данным, ежи и остальные насекомоядные составляют два разных сестринских отряда — ежевидные (Erinaceomorpha) и землеройковидные (Soricomorpha)), рукокрылые (Chiroptera), панголины (Pholidota), хищные (Carnivora), непарнокопытные (Perissodactyla), парнокопытные (Artiodactyla), китообразные (Cetacea). С точки зрения эволюционной кладистики киты являются копытными (ближайшими родственниками бегемотов, и оба отряда иногда объединяют в общий таксон китопарнокопытные (лат. Cetartiodactyla). Ластоногие включаются в состав отряда хищные и являются ближайшими родственниками медведей.
Происхождение
Млекопитающие, по-видимому, произошли от цинодонтов в конце триасового периода. Первыми млекопитающими были однопроходные, сохранившие некоторое сходство с пресмыкающимися (несколько видов существуют до сих пор) и многобугорчатые (вымерли в конце мела), чуть позже возникли также триконодонты (также полностью вымершие в меловом периоде). В юрском периоде появились пантотерии (трёхбугорчатые, также вымерли в конце мела).
Что любопытно, появление первых динозавров — архозавров ознаменовалось массовым (но не полным) вымиранием терапсид, высшие формы которых по своей организации были очень близки к однопроходым млекопитающим и по некоторым предположениям, возможно, имели молочные железы и шерсть.
Распространение
Млекопитающие распространены по всему миру и встречаются на всех континентах, во всех океанах и на большинстве существующих островов. Ареал клоачных ограничивается Австралией и Новой Гвинеей, сумчатых — пространством Австралии, Океании и обоих американских континентов. Самое широкое распространение у плацентарных млекопитающих, которые сегодня присутствуют на всех континентах, хотя до прибытия европейцев в Австралию там обитали лишь немногие виды плацентарных, а именно летучие мыши и мышиные. На отдалённых островах до прибытия человека существовала лишь бедная видами фауна млекопитающих, и на многих из них, в том числе и в Новой Зеландии, обитали только несколько видов летучих мышей.
Млекопитающие населяют почти все биотопы Земли и встречаются как в пустынях и тропических лесах, так и в высокогорье и в полярных регионах. К немногим регионам и биотопам, в которых (за исключением редкого пребывания людей) отсутствуют млекопитающие, относятся глубоководный океан и внутренняя часть Антарктиды.