[Править] Нападение на Сикстинскую каппеллу

Через год Эцио, собрав весь кодекс, узнаёт, что сокровищница находится в Сикстинской Капелле. В декабре 1499 года Эцио пребывает в Рим. Одолев всю стражу Эцио находит Родриго Борджиа у которого в это время идет проповедывание. Пытаясь убить его Эцио спрыгивает с балки на него и уже почти убив его, Родриго достает посох и отбрасывает Эцио. Он его использует ещё раз чтоб убить Эцио, но умирают все кто был в той комнате кроме Эцио и Родриго.

Родриго удивляется почему Эцио жив, но увидев то что у Эцио Яблоко, требует его, но вместо этого появляются четыре клона Эцио и начинается бой. Когда Эцио видит что Родриго серьезно ранен он говорит ему: «Бросай оружие и обещаю твоя смерть будет быстрой», на что Родриго отвечает: «А как бы ты поступил на моем месте, сейчас проверим!», и снова использует посох и Эцио вновь отлетает.

Он пытается достать яблоко, но Родриго наступает на руку и забирает яблоко. После он пытается покончить с Эцио воткнув ему в живот кинжал. Эцио проснувшись идет в подземелье и в рукопашную сражается с Родриго и побеждает его, но отказывается убить его и входит в сокровищницу. Там через него говорит с неким Дезмондом представитель древней цивилизаци Минерва. Вместе с Марио они сбегают из Рима.

[править] Возвращение в Монтериджони. Осада Монтериджони

Эцио отдыхает от своих приключений на вилле, когда на него нападают папские войска. Спасая местных жителей, он не успевает спасти дядю Марио, и его убивает Чезаре Борджиа — сын Родриго. Через пару секунд на землю падает и сам Эцио.

Очухавшись, наш герой видит вокруг разгромленный, падший под натиском папской армии город. Он пробирается сквозь разрушенные здания, ведя оставшихся жителей к потайному выходу.

Выведя всех жителей за стены, Эцио отправляет их во Флоренцию, а сам садится на лошадь и едет в Рим. Впрочем, через пару минут падает без чувств на землю.

[править] Рим. Получение Яблока

Ассасин приходит в чувства в ветхой, разваливающейся лачужке. На нём новое одеяние, скрытый клинок — атрибут ордена при нём. Добрая женщина передаёт, что некий сеньор (позже мы узнаем, что это и был Макиавелли) принёс его сюда и попросил встретиться с Николо Макиавелли. Эцио отправляется в назначенное место, но рана даёт о себе знать… Визит к врачу снимает боль и да Фиренце может продолжать свой путь.

По пути Аудиторе случайно подслушивает разговор охранников и следует за ними. Вскоре стража подходит к виселице, где безжизненно висит тело очередной жертвы папской семьи, а её супруг оплакивает кончину жены. Стража бесцеремонно нападает на убитого горем человека. Эцио, не в силах смотреть на произвол, отбивает атаку, обращая иных в бегство, а иных отправляя в чистилище, ждать своего приговора. После разговора с мужчиной, Эцио решает, что Макиавелли может подождать, и отправляется мстить (это-то у него хорошо получается). Убив Палача, Эцио, с чувством выполненного долга встречается со своим другом, тот рассказывает об упадке в Вечном городе, о полчищах бездомных и о произволе стражи.

Эцио решает искоренить Борджиа, отчистить от них районы, восстановить город. Он будет убивать генералов, охраняющих башни, а затем разрушать и сами эти сооружения, извещая таким образом весь Рим, что власть Родриго подорвана, и скоро Рим станет прежним, процветающим городом. Но пока лишь одна из многих башен лежит в руинах, и власть папской семьи ещё слишком высока, чтобы нанести точный удар в сердце врага…

Эцио и Макиавелли продолжают свой путь. Доехав до Колизея они видят, что их посыльный атакован. Разделавшись со стражей, Эцио узнаёт, что письмо всё ещё у курьера и бросается за ним. Забрав письмо, Эцио идёт к месту встречи, но случайно забредает на какие-то развалины, где его атакуют странные люди, называющие себя последователями Ромула. Эцио бежит за ними и попадает в катакомбы, в которых находится один из шести ключей Ромула. Эти ключи открывают путь в комнату, в которой находятся очень прочные доспехи. Эцио, конечно, найдёт все ключи и достанет доспехи. Но не сейчас. Сейчас он должен снова встретиться в Макиавелли…

Вскоре один из горожан отдаёт ассасинам склад, где те устраивают своё логово. Однако среди гильдий города царят разногласия. Эцио должен это исправить. Одна за другой гильдии меняют своё решение и объединяются против одного врага. Тогда Эцио узнаёт, что сестра ослушалась его и ссорится с ней. В это же время Эцио узнаёт, что Катерина Сфорца находится в плену у Чезаре. Он бежит на выручку, попутно получив задание от Макиавелли — убить Борджиа. Убийства не происходит из-за того, что Чезаре спешно удаляется из замка. Пробравшись в тюрьму Эцио узнает, что ключ находится у Лукреции. Недолго думая, он приводит её к камере Катерины и освобождает её. Чтобы дать Катерине убежать Эцио задерживает стражу, но вскоре их отвлекает пушечный залп по крепости и Эцио удаётся сбежать.

Попав в логово, Эцио решает набрать своё братство. Сейчас он найдёт нескольких ассасинов и начнёт их тренировать, но вскоре он наберёт целое братство великолепных убийц.

После сложного дня Эцио решает отдохнуть. Но вдруг очень знакомый голос зовёт его к себе. Это Леонардо! Лео рассказывает Эцио о смертоносном оружии, которое он сконструировал под давлением Борджиа и просить уничтожить все чертежи и опытные образцы. Вскоре Эцио выполнит просьбу друга, уничтожив все машины и не дав Чезаре с помощью них захватить всю Италию.

Через некоторое время Эцио спасает от стражи сенатора, который должен деньги банкиру. Чтобы попасть на праздник, он переодевается в стражника и несёт деньги к назначенному месту. Там он, слившись с толпой, убивает банкира и спешно покидает место преступления. Возвратившись в бордель, Эцио узнаёт, что его сестра собственноручно отбила атаку стражи. Они мирятся.

Вернувшись в логово, Эцио решает отдохнуть, но не успевает. Приходит послание, что на крепость наёмников напал де Валуа. Вместе с Бартоломео ассасин отбивает атаку врага, но мудрый барон берёт в заложники жену предводителя наёмников — Пантеселею. Чтобы освободить её Эцио придумывает хитрый план. Он собирает одежду нескольких стражников и вместе с наёмниками пробирается в лагерь французов, где убивает де Валуа и спасает Пантеселею. Не успев оправиться от осады крепости, Эцио спешит на помощь ворам. После победы над стражей, Эцио едет за ла Вольпе, спасая по пути воров, попавших в беду. От них он узнаёт, что на представлении в Колизее будет казнён владелец ключа от чёрного хода в замке Чезаре. Ассасин следит за помощником Борджиа, который развозит одежду для представления. Собрав всю одежду, он отправляется в Колизей, где спасает бедолагу. Вдруг краем глаза он замечает человека, который учавствовал в обороне Монтериджони, но он почему-то убегает. Догнав вора, Эцио понимает, что это он предатель. Однако ла Вольпе считал таковым Макиавелли. Ассасин в последний момент успевает спасти товарища. Вскоре он посвящает в ассасины свою сестру. Собрав все силы, Эцио отправляется на последний штурм. Пробравшись в крепость, Эцио слышит разговор Чезаре с отцом, который хотел отравить сына, но сам был отравлен. Эцио врывается в комнату, но Борджиа убегает. Лукреция рассказывает ассасину, где спрятано яблоко, и Эцио отправляется вдогонку за Чезаре. Ассасин находит яблоко быстрее и с помощью его избавляется от остатков армии Борджиа в городе. Но Чезаре арестовывают.

[править] Убийство Чезаре

В 1506 году Чезаре, сбегает из тюрьмы и отправляется к своему родственнику. В марте 1507 года, Эцио отправляется в Виану, где в продолжительном бою убивает Чезаре. В том же году он оставляет яблоко в Колизее.

[править] Паломничество в Масиафе

В марте 1511 года Эцио прибывает в Масиаф, дабы больше узнать о своём великом предке Альтаире ибн Ла-Ахаде. Когда он прибыл в Масиаф, его схватили тамплиеры и собирались повесить. Но Эцио вырвался из их цепких лап. Следуя за призраком Альтаира, Эцио добрался до катакомб Масиафа. Там он встретил бедолагу, который нашёл вход в библиотеку Альтаира, но не мог его открыть. Отпустив нищего с миром, Эцио осмотрел дверь и установил: чтобы её открыть, необходимо раздобыть пять печатей. Путь к ним могла установить только книга «Крестовый поход», находившаяся у капитана Леандра.

Эцио сумел настигнуть капитана Леандра, но его повозку взрывают с помощью бомбы. Эцио падает в пропасть, откуда потом выбирается. Однако ранения оказались настолько сильными, что его буквально приковывает к земле. Убив тамплиеров, Эцио добирается до византийской крепости, построенной близ Масиафа. Пробравшись в крепость, Эцио настигает капитана Леандра и убивает его. После недолгой словесной перепалки Эцио забирает книгу. Прочитав её от корки до корки, Эцио понимает, что первые пять печатей Никколо Поло, отец Марко и ученик Альтаира, спрятал именно в Константинополе. Позже он узнаёт, что первую печать Альтаира тамплиеры уже нашли под дворцом Топкапы.