Организации, осуществляющие эксплуатацию и строительство железнодорожных линий на территории Республики;

• Дальневосточная железная дорога— часть Байкало-Амурской магистрали, включая участок, примыкающей к станции Хани (на стыке с Восточно-Сибирской железной дорогой) и южная часть Амуро-Якутской магистрали (до ст. Нерюнгри-Грузовая)

• Железные дороги Якутии— северная часть Амуро-Якутской магистрали от ст. Нерюнгри-Грузовая до Томмота (участок, принятый в эксплуатацию), также участвует в финансировании строительства участка Томмот — Нижний Бестях (генеральный подрядчик — корпорация Трансстрой-Восток)

• группа компаний Мечел — строящаяся железнодорожная линия Улак — Эльга.

Водный транспорт в республике играет ключевую роль в обеспечении жизнедеятельности населения и решении многих социально-экономических проблем. Причиной такого приоритета является сезонность завоза грузов. В зоне круглогодичного автомобильного и железнодорожного транспортного обслуживания проживает всего 16,5% населения РС(Я).

Водные пути Республики Саха (Якутия) имеют суммарную протяженность 13 228 км, из них 10 709 км – внутренние водные и 2519 км – Северный морской путь. В транспортную сеть первых входит одна из крупнейших рек мира – р. Лена, которая несет свои воды с юга на север и имеет многочисленные притоки: Алдан, Амга, Вилюй, Витим, Олекма, Жуя и др. В северо-восточной части республики протекают такие крупные реки, как Яна, Индигирка и Колыма, впадающие в Северный Ледовитый океан. Северный Морской путь связал их в единую транспортную систему, что очень важно для укрепления позиций России в Арктике, освоения природных ресурсов и установления транспортного сообщения вдоль северных берегов между европейскими и дальневосточными ее регионами. Такая транспортная сеть компенсирует отсутствие здесь широко развитых путей наземного сообщения

В настоящее время основной объем перевозок водным путем осуществляют суда ОАО «Ленское объединенное речное пароходство», ОАО «Янское речное пароходство», ОАО «Якутский речной порт», ОАО «Колымская судоходная компания», ОАО «Хандыгский речной порт».

Воздушный транспорт является жизненно важным и единственным круглогодичным видом транспорта для отдаленных улусов северной Республики Саха (Якутия) – выполняет 57% всего пассажирооборота Республики. Аэропортовая сеть Республики Саха (Якутия) включает 33 аэропорта и 137 авиаплощадок.

Аэропорт Якутск – аэропорт федерального значения, узловой аэропорт, связывающий столицу РС (Я) с крупнейшими городами России и зарубежья.

Аэропорт Тикси – аэропорт  федерального значения и совместного базирования (военно-воздушные силы и авиация федеральной пограничной службы), обеспечивает авиаперевозки для нужд Северного морского пути.

Семь аэропортов – Полярный, Мирный, Ленск, Оленек, Саскылах, Айхал, Витим входят в состав Мирнинского авиапредприятия (структурное подразделение АК «АЛРОСА») и обслуживают население улусов Республики Саха (Якутия) и потребности производств акционерной компании «АЛРОСА».

Остальные 24 аэропорта обслуживают региональные, межулусные и внутриулусные авиаперевозки и объединены в «Дирекцию аэропортов Республики Саха (Якутия)».