- •Основы генной
- •На предыдущих лекциях мы научились
- •Библиотека (клонотека) фрагментов ДНК
- •Репрезентативность
- •Размер библиотеки, в которой любая часть генома представлена с вероятностью 99%
- •Этапы создания библиотеки ДНК
- •Упорядоченные библиотеки: матрицы случайных клонов
- •Полное и частичное (неполное) расщепление ДНК рестриктазами
- •построенные из неперекрывающихся и перекрывающихся фрагментов ДНК
- •Упорядоченные библиотеки:
- •Оценка качества библиотеки фрагментов ДНК
- •Консервация библиотеки фрагментов ДНК
- •Отбор нужных клонов из фаговых и бактериальных библиотек
- •Блоттинг нуклеиновых кислот
- •Гибридизация по Саузерну
- •Физическое картирование генома
- •Четыре типа генетических карт геномной ДНК
- •Две стратегии построения физических карт ДНК
- •Рестриктазное картирование ДНК с использованием 5’-концевой метки
- •Рестриктазное картирование ДНК с использованием двух рестриктаз
- •Физ. карта низкого разрешен ия
- •Флуоресцентная гибридизация in situ FISH – Fluorescent In Situ Hybridization
- •Физическое картирование YAC-ДНК с
- •Идентификация всех хромосом человека методом FISH
- •Хромосомные территории в интерфазных ядрах (многоцветная FISH)
- •Секвенирование ДНК по методу Сэнгера
- •Заполнение пробела между двумя контигами хромосомной ДНК: Прогулка по хромосоме
- •Исследование экспрессии генов на уровне транскрипции
- •«Северный» блоттинг (Northern blotting)
- •Быстрая амплификация 3’- концов мРНК: 3’-RACE
- •Быстрая амплификация 5’- концов мРНК: 5’-RACE
- •Дифференциальный дисплей (DD)
- •Анализ
- •Супрессия
- •Супрессорная вычитающая гибридизация
- •Обратный Северный блоттинг/Саузерн
- •Олигонуклеотидный биочип высокой плотности
- •Биочип с иммобилизованными кДНК
- •Схема сканирования ДНК-биочипа считывающим устройством
- •Олигонуклеотидный биочип после компьютерного псевдоокрашивания
- •Представление данных с помощью «тепловой карты» (heat map)
- •Исследование транскрипции с помощью биочипов
- •Выявление делеции длиной в 419 т.п.н. на хромосоме Xp21.1 человека с помощью биочипа
- •Дифференциальная экспрессия экзонов гена CD44 в метастазирующей опухоли
- •Иммунопреципитация хроматина: исследование на биочипах (ChIP-chip) и секвенированием ДНК (ChIP-seq)
Физ. карта низкого разрешен ия
Генетическа я карта сцепления
Физические карты хромосомы 19 человека
p – короткое плечо, q – длинное плечо
Упорядоченные
маркеры
Расстояние в сантиморганидах
Перекрывающиеся
клоны
Рестриктазная карта контига
Последователь
ность
нуклеотидов
Флуоресцентная гибридизация in situ FISH – Fluorescent In Situ Hybridization
Подготов |
Подготов |
|
ка |
||
ка зонда |
||
клеток |
||
|
||
|
или |
|
|
хромосо |
|
|
м |
Физическое картирование YAC-ДНК с
помощью FISH
FISH – флуоресцентная гибридизация in situ
Голубой цвет -индивидуальны е цепи YAC-ДНК
Красный и зеленый – меченые полинуклеотидн ые зонды
Разрешение метода – от 3 до 5 т.п.н.
Флуоресцентная
Идентификация всех хромосом человека методом FISH
(Chromosome Painting)
Хромосомные территории в интерфазных ядрах (многоцветная FISH)
Хромосомы в |
Хромосомы 12, 14 и |
интерфазном ядре |
15 в интерфазном |
фибробластов человека |
ядре лимфоцитов |
|
мыши |
Секвенирование ДНК по методу Сэнгера
Frederick Sanger
|
Стратегия |
|
Геномн |
секвенирования |
|
больших геномов |
||
ая ДНК |
||
методом |
||
|
||
BAC- |
«дробовика» |
|
(Shotgun method) |
||
библиот |
|
|
ека |
|
Упорядоченные клоны, объединенные в протяженные
контиги: выбирается наиболее короткий путь секвенирования
BAC-клон, выбранный для секвенирования
Фрагменты BAC, секвенируемые методом дробовика
Объединение клонов по перекрыванию Собранная последовательность
Заполнение пробела между двумя контигами хромосомной ДНК: Прогулка по хромосоме
нуклеотидные зонды к известным концевым последователь видуальных клонов ход к неизвестной соседней последовательности
Исследование экспрессии генов на уровне транскрипции
«Северный» блоттинг (Northern blotting)
Авторадиогра
Окраска фия бромистым этидием
1977 г.