Добавил:
Nemo_Nemorino
Опубликованный материал нарушает ваши авторские права? Сообщите нам.
Вуз:
Предмет:
Файл:Генная инженерия / Лекция 3 Исследование геномов и экспрессии гено...pptx
X
- •Основы генной
- •На предыдущих лекциях мы научились
- •Библиотека (клонотека) фрагментов ДНК
- •Репрезентативность
- •Размер библиотеки, в которой любая часть генома представлена с вероятностью 99%
- •Этапы создания библиотеки ДНК
- •Упорядоченные библиотеки: матрицы случайных клонов
- •Полное и частичное (неполное) расщепление ДНК рестриктазами
- •построенные из неперекрывающихся и перекрывающихся фрагментов ДНК
- •Упорядоченные библиотеки:
- •Оценка качества библиотеки фрагментов ДНК
- •Консервация библиотеки фрагментов ДНК
- •Отбор нужных клонов из фаговых и бактериальных библиотек
- •Блоттинг нуклеиновых кислот
- •Гибридизация по Саузерну
- •Физическое картирование генома
- •Четыре типа генетических карт геномной ДНК
- •Две стратегии построения физических карт ДНК
- •Рестриктазное картирование ДНК с использованием 5’-концевой метки
- •Рестриктазное картирование ДНК с использованием двух рестриктаз
- •Физ. карта низкого разрешен ия
- •Флуоресцентная гибридизация in situ FISH – Fluorescent In Situ Hybridization
- •Физическое картирование YAC-ДНК с
- •Идентификация всех хромосом человека методом FISH
- •Хромосомные территории в интерфазных ядрах (многоцветная FISH)
- •Секвенирование ДНК по методу Сэнгера
- •Заполнение пробела между двумя контигами хромосомной ДНК: Прогулка по хромосоме
- •Исследование экспрессии генов на уровне транскрипции
- •«Северный» блоттинг (Northern blotting)
- •Быстрая амплификация 3’- концов мРНК: 3’-RACE
- •Быстрая амплификация 5’- концов мРНК: 5’-RACE
- •Дифференциальный дисплей (DD)
- •Анализ
- •Супрессия
- •Супрессорная вычитающая гибридизация
- •Обратный Северный блоттинг/Саузерн
- •Олигонуклеотидный биочип высокой плотности
- •Биочип с иммобилизованными кДНК
- •Схема сканирования ДНК-биочипа считывающим устройством
- •Олигонуклеотидный биочип после компьютерного псевдоокрашивания
- •Представление данных с помощью «тепловой карты» (heat map)
- •Исследование транскрипции с помощью биочипов
- •Выявление делеции длиной в 419 т.п.н. на хромосоме Xp21.1 человека с помощью биочипа
- •Дифференциальная экспрессия экзонов гена CD44 в метастазирующей опухоли
- •Иммунопреципитация хроматина: исследование на биочипах (ChIP-chip) и секвенированием ДНК (ChIP-seq)
Быстрая амплификация 3’- концов мРНК: 3’-RACE
RACE - Rapid amplification of cDNA ends
Быстрая амплификация 5’- концов мРНК: 5’-RACE
Поиск промоторов, в т.ч. альтернативны
х
Rapid amplification of cDNA ends
Дифференциальный дисплей (DD)
Анализ
репрезентатив ных различий в мРНК
Драйверная кДНК в 100- кратном избытке
Representatio
nal Difference
Analysis (RDA)
Супрессия
ПЦР
«Принцип
сковородк
и»
При отжиге
адаптеров самих на себя эффективная амплификация происходит только с
последовательно стей адаптера и внутреннего
праймера
Супрессорная вычитающая гибридизация
Обратный Северный блоттинг/Саузерн
Клоны отдельных кДНК, уникальных для тестерной популяции мРНК, иммобилизовали на фильтре и гибридизовали с мечеными мРНК тестерной или драйверной популяций
Олигонуклеотидный биочип высокой плотности
Биочип с иммобилизованными кДНК
Схема сканирования ДНК-биочипа считывающим устройством
Соседние файлы в папке Генная инженерия