Основні недоліки системи державного внутрішнього фінансового контролю:

1) правова невизначеність понятійної бази та цілісної системи державного внутрішнього фінансового контролю;

2) відсутність наукового та методичного обгрунтування внутрішнього контролю в органах державного сектору;

3) недостатнє розуміння керівниками органів державного сектору персональної відповідальності за діяльність та досягнення мети;

4) відсутність законодавчого забезпечення аудиту інформаційних технологій;

5) відсутні служби децентралізованого внутрішнього аудиту в органах державного сектору;

6) на законодавчому рівні поза державним внутрішнім контролем залишаються такі сфери діяльності держави, як формування і виконання дохідної частини бюджетів всіх рівнів, державних та комунальних підприємств; формування та використання коштів та майна державних цільових фондів;

7) не здійснюється незалежний фінансовий контроль ефективності реалізації економічних та соціальних проектів, що підтримуються міжнародними фінансовими організаціями;

8) недостатній рівень наукового, інформаційно-технічного та кадрового забезпечення сфери фінансового контролю.

Основні напрями реформування системи державного внутрішнього фінансового контролю:

1) Визначити норми і правила нових концептуальних засад організації системи державного внутрішнього фінансового контролю, невід'ємною складовою якої є внутрішній контроль та внутрішній аудит.

2) Створити єдине правове поле розвитку системи державного внутрішнього фінансового контролю як складової частини державного фінансового контролю та внести відповідні зміни до законодавства.

3) Оптимізувати і збалансувати організаційні структури контролю, відокремити підрозділи з інспектування від підрозділів внутрішнього аудиту, а підрозділи внутрішнього аудиту - від внутрішнього контролю.

4) Не допускати паралелізму і дублювання контрольних функцій, забезпечити їх ефективне застосування.

5) Уповноважити Міністерство фінансів України здійснювати нагляд за станом реформування системи державного внутрішнього фінансового контролю, а ГоловКРУ - органом гармонізації системи внутрішнього аудиту і внутрішнього контролю.

6) Створити служби внутрішнього аудиту в усіх органах державного сектору, зокрема: в міністерствах, інших центральних та місцевих органах виконавчої влади, органах місцевого самоврядування, інших розпорядниках бюджетних коштів (за рішенням головного розпорядника бюджетних коштів), державних цільових фондах - за рахунок загальної чисельності працівників центральних органів виконавчої влади, державних цільових фондів та їх територіальних органів; у державних і комунальних підприємствах, акціонерних і холдингових компаніях, в інших суб'єктах господарювання, у статутному фонді яких більш як 50 відсотків акцій (часток, паїв) належить державі та суб'єктам комунальної власності, - за рахунок загальної чисельності працівників цих органів.

7) Забезпечити правову незалежність, соціальний захист і відповідальності внутрішніх аудиторів органів державного сектору.

8) Деталізувати та уніфікувати методологію контрольних процедур шляхом схвалення Кабінетом Міністрів України відповідних стандартів з урахуванням кращого європейського досвіду.

9) Розробити навчальні програми з метою удосконалення кадрового забезпечення служб внутрішнього контролю.

10) Створити належну інформаційно-комунікаційну інфраструктуру, налагодити тісні зв'язки з громадськістю та засобами масової інформації.

Реформування системи внутрішнього контролю передбачається здійснити у три етапи протягом п'яти років: I етап (перший - третій роки):

- проведення консультацій у Кабінеті Міністрів України, Верховній Раді України та з громадськістю для забезпечення належного сприйняття, розуміння та відповідального ставлення до подальшого розвитку системи державного внутрішнього фінансового контролю;

- утворення у Мінфіні підрозділу з питань реформування системи державного внутрішнього фінансового контролю; а у ГоловКРУ - з питань гармонізації та аналізу функціонування систем внутрішнього контролю і внутрішнього аудиту;

- розроблення Мінфіном відповідних законодавчих актів, схвалення, їх Кабінетом Міністрів України та подання до Верховної Ради України;

- підготовка ГоловКРУ та Мінфіном стандартів внутрішнього контролю і внутрішнього аудиту, та затвердження Кабінетом Міністрів України;

- визначення ГоловКРУ разом з Мінфіном критеріїв для розрахунку оптимальної чисельності працівників служб внутрішнього аудиту;

- розроблення ГоловКРУ разом з Мінфіном методології управління ризиками у сфері внутрішнього контролю і внутрішнього аудиту;