Авдеева, Сидоров. ChemOffice (2012)_copy

Чтобы ввести гетероатом следует использовать следу-

ющий прием: из набора инструментов выбрать инструмент задания типа атомов и щелкнуть по атому, в поло-

жение которого вводится гетероатом (шаг 5). Появится ячейка с мигающим курсором для ввода текста, в которую нужно ввести символ гетероатома (в данном случае O ),

после чего нажать клавишу Enter. В результате атом уг-

лерода будет заменен гетероатомом (шаг 6). При этом ав-

томатически могут возникнуть изменения в других частях модели, например, изменится количество и расположение атомов водорода в соответствии со свойствами новой мо-

лекулы.

Дальнейшее редактирование модели молекулярной структуры может проводиться добавлением новых связей взамен выбранных атомов водорода, изменением геометрии модели, путем перетаскивания мышью выбранных атомов,

созданием циклов, путем переноса и последующего наложе-

ния нужных атомов углерода, образующих цикл, изменением типа связи. Для того, чтобы изменить тип связи, нужно щелкнуть на кнопке на панели инструментов, соответству-

ющей нужному типу связи, и с нажатой клавишей мыши со-

единить чертой два выбранных атома углерода.

Шаг 1.

Шаг 2.

21

Шаг 3.

Шаг 4.

Шаг 5.

Шаг 6.

Программа допускает различные способы визуализации трехмерной модели (смотри пункт меню View/Model Display

Mode/. . .).

Модель молекулы может иметь следующие представле-

ния:

22

Ball @ Stick

Wire Frame

Sticks

Cilindrical Bonds

Spase Filling

Создав модель молекулярного соединения, можно при-

ступать к проведению расчетов.

Программа Chem3D предоставляет возможность прово-

дить квантово – механические расчеты (оптимизация структуры, расчет и прогнозирование физико – химических свойств и т.д.) молекул различными способами: эмпириче-

скими (MM1, Gamess, Gaussian), полуэмпирическими

(MOPAC), а также методом молекулярной механики.

23

Литература

1.Соловьев М.Е., Соловьев М.М. Компьютерная химия М. СОЛОН-Пресс, 2005., серия «Библиотека студента».

2.Бакулев В.А., Моржерин Ю.Ю., Субботина Ю.О. Кван- тово-химические расчеты органических молекул, Уральский государственный технический университет, Екатеринбург 2005.

3.Справка программы ChemOffice Ultra 9.0.

24

Содержание
ChemOffice Ultra 9.0 CambridgeSoft Corporation...........................................			3
Введение......................................................................................................................................			3
1. Визуализация пространственной структуры молекул .................................			5
2. Редактирование структурных химических формул в программе
ChemDraw......................................................................................................................................			5
2.1	Графический интерфейс программы	ChemDraw Ultra 9.0 .................	5
2.2	Обзор важнейших элементов главной панели............................................		7
2.3	Обзор важнейших элементов контрольной панели..................................		8
2.4	Основные пункты главного меню...................................................................		10
3. Визуализация молекулярных структур с использованием программы
Chem3D. ......................................................................................................................................			12
3.1	Графический интерфейс программы	Chem3D Ultra 9.0....................	12
3.2	Основные функции Главного меню и Главной панели.........................		13
3.3	Контрольная панель ..............................................................................................		18
3.4	Редактирование и анализ геометрии трехмерных моделей
молекул ..................................................................................................................................			19
3.4.1 Использование двумерной модели, созданной в редакторе ChemDrraw ..............			19
3.4.2 Построение модели по брутто-формуле соединения,
записанной в рабочем поле окна .......................................................................			19
3.4.3 Непосредственное редактирование с использованием кнопок
на панели инструментов ..........................................................................................			20
Литература ...............................................................................................................................			24
Содержание ...............................................................................................................................			25

25

Авдеева Л.В., Сидоров В.В.

Методические указания

по изучению программного комплекса ChemOffice

Подписано в печать ___________	Формат 60х90/16
Объем _ 1,5 _ уч.п.л.	Тираж 100 экз.

Заказ № _______

Отдел оперативной полиграфии РГУ нефти и газа им. И.М. Губкина 119991, Москва, ГСП-1, Ленинский проспект, 65

26