Hyperchem 7.5 - feb06093
.pdf31
значения от 50 до 200. П ри поиске переходного состояния рекомендуется задавать бол ьш ие значения .
П араметр Accelerate convergence (У скорение сходимости) ускоря ет сходимость SCF-расчетов. Д л я этогоHyperChem испол ьзуетпроцедуруDIIS (Direct Inversion of Iterative Subspase, П ря мое инвертирование подпространства итераций). В кл ю чение этой опции мож ет увел ичить время , затрачиваемое наоднуитерацию , из-затого, чтов этом подходе матрицаФ ока вы числ яется какл инейная комбинация текущ ей матрицы Ф окаиматриц Ф ока отпреды дущ их итераций. Как правил о, этоприводитк уменьш ению общ его
кол ичестватребуемы хитераций. |
|
|
Бл ок Overlap Weighting |
Factors (Коэф ф ициенты |
значимости |
перекры вания ) становится активны м дл я методов ZINDO/1 |
и ZINDO/S, |
|
которы е способны изменя ть вкл ады |
σ- иπ- свя зей. |
|
∙П араметр Sigma-Sigma регул ирует значимость σ-σ перекры вания атомны х орбитал ей. О бы чно он равен 1.0 дл я ZINDO/1 и 1.67 дл я
ZINDO/S.
∙ |
П араметр Pi-Pi |
определ я ет значимость π-π |
перекры вания атомны х |
|
|
орбитал ей. О н равен 1.0 |
дл я ZINDO/1. Д л я |
ZINDO/S этот параметр |
|
|
равен 0.640 прирасчетахкомпл ексов переходны хметал л ов и0.585 при |
|||
|
расчетахорганическихмол екул . |
|
||
|
Configuration Interaction |
(К онфи гураци онное взаи модействи е). Э та |
||
опция |
испол ьзуется |
дл я |
активации расчета конф игурационного |
взаимодействия иоткры ваетсоответствую щ ее диал оговое окно. Т акой подход необходимоприменя ть при расчетах У Ф и оптических спектров в видимом диапазоне. Э таопция сущ ественноувел ичиваетвремя расчетов.
Т еперь рассмотрим диал оговое окноPolarizabilities (П ол яризуемость), вы зы ваемоенаж атием одноименной кнопки:
Рис.27. О кнонастроекпол яризуемости
Д л я испол ьзования в расчетахпол яризуемостиотметьте пунктCalculate
(В ы числ я ть) и |
введите напря ж енность пол я (Field Strength) |
в атомны х |
единицах. Д л я |
откл ю чения пол яризуемости отметьте пункт Do not calculate |
|
(Н е вы числ я ть). |
|
|
Рассмотрим диал оговое окно Configuration Interaction, |
вы зы ваемое |
|
наж атием одноименной кнопки: |
|
32
Рис.28. О кнонастроеквы числ ений конф игурационноговзаимодействия
В ы числ ение конф игурационного взаимодействия мож ет бы ть испол ьзованодл я ул учш ения качествавол новой ф ункциииэнергиисостояния .
В се расчеты |
в прибл иж ении самосогл асованного пол я (SCF) |
основаны |
на |
|||||||||||||||
одноэл ектронной |
модел и, |
суть |
которой закл ю чается |
в том, |
что каж ды й |
|||||||||||||
эл ектрон |
движ ется |
в |
усредненном |
пол е, |
которое |
ф ормируется |
всеми |
|||||||||||
остал ьны ми |
эл ектронами. |
С читается , |
что |
эл ектроны |
взаимодействую т |
|||||||||||||
мгновеннои стремя тся |
избегать друг друга согл аснопринципу П аул и. Э то |
|||||||||||||||||
приводит к пониж ению |
среднегомеж эл ектронногооттал кивания |
и, |
в свою |
|||||||||||||||
очередь, |
к пониж ению |
энергии состояния . О тл ичие меж ду пол ной энергией, |
||||||||||||||||
рассчитанной в SCF |
подходе |
и |
энергией, |
точно |
пол ученной |
в |
||||||||||||
нерел ятивистском подходе, назы вается коррел яционной энергией. |
|
|
|
|||||||||||||||
С ущ ествую т |
два |
типа |
эл ектронны х |
коррел яций: |
статические |
и |
||||||||||||
динамические. |
С татические |
коррел я ции |
свя заны |
с |
энергетическим |
|||||||||||||
вы рож дением |
данного |
состояния , |
а |
динамические |
– |
со |
стремл ением |
|||||||||||
эл ектронов избегать |
друг |
друга, |
происходщ им |
с |
бесконечно бол ьш ой |
|||||||||||||
скоростью . |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Расчет |
конф игурационного |
взаимодействия , |
возмож но, |
явл яется |
||||||||||||||
наибол ее |
ш ироко распространенны м |
методом вы хода за предел ы |
SCF- |
|||||||||||||||
подхода. |
Резул ьтатом |
SCF-расчета явл я ется |
конф игурация |
состояния , |
в |
|||||||||||||
котором |
одноэл ектронны е уровни ж естко запол нены |
эл ектронами. |
Д ругие |
|||||||||||||||
конф игурации могут бы ть пол учены |
при помощ и возбуж дения эл ектронов с |
|||||||||||||||||
заня ты х |
на виртуал ьны е |
(вакантны е) |
орбитал и. |
Резул ьтатом |
CI-расчета |
явл яется наборул учш енны хсостояний, каж дое из которы хявл яется л инейной комбинацией такихконф игураций.
CI-расчеты возмож ноиспол ьзовать прирасчетах:
∙У Ф ивидимы хспектров;
∙Э нергиивозбуж денны хсостоя ний;
∙ И зучения создания ил и разры ва химических свя зей (например, диссоциация H2), изменения спиновогосостояния ;
∙ |
33 |
И зучения эф ф ектов, свя занны хсдисперсионны мисил амиЛ ондона; |
|
∙ |
О писания вы рож денны х, ил ибл изкихквы рож дению состоя ний; |
∙ |
И зучения расщ епл ения сингл ет-трипл етнабол ее вы соком уровне. |
Д л я проведения CI-расчетовтребуется задать значения параметров:
CI Method (Метод расчетаконф игурационноговзаимодействия ) мож ет принимать значения :
∙None (Н е вы числ ять) - расчет конф игурационного взаимодействия производиться не будет.
∙ |
Singly Exсited |
(О днократно |
возбуж денное) - |
в |
расчете |
будут |
|||||
|
учиты ваться |
тол ько однократно возбуж денны е |
состояния . |
Метод |
|||||||
|
предназначен тол ькодл я расчетов У Ф |
и видимы хспектров ине вл ия ет |
|||||||||
∙ |
наэнергию основногосостоя ния . |
|
|
|
|
|
|
||||
Microstate |
(Микросостояние) |
означает, |
что |
кроме |
однократно- |
||||||
|
возбуж денны х |
состояний |
будут учиты ваться |
и |
все |
возмож ны е |
|||||
|
многократны е. |
Метод |
пониж ает |
энергию |
некоррел ированного |
||||||
|
состояния такж е, какивозбуж денны хсостоя ний. |
|
|
|
|
||||||
|
В ы борпараметраOrbital Criterion (О рбитал ьны й критерий) определ я ет |
||||||||||
диапазон орбитал ей, |
с которы х и |
на которы е |
происходя т эл ектронны е |
||||||||
возбуж дения , ф ормирую щ ие взаимодействую щ ие конф игурации: |
|
|
|||||||||
∙ |
Occupied (Заня ты е) определ яетобл асть заня ты х орбитал ей (начиная с |
||||||||||
|
вы сш ей заня той мол екул ярной орбитал и – Highest Occupied Molecular |
||||||||||
|
Orbital, HOMO), скоторы хпроисходитвозбуж дениеорбитал ей. |
|
∙Unoccupied (В акантны е) определ я етобл асть вакантны х (виртуал ьны х) орбитал ей (начиная снизш ей вакантной орбитал и - Lowest Unoccupied
Molecular Orbital, LUMO), на которы е происходя т эл ектронны е возбуж дения.
П ри испол ьзовании орбитал ьногокритерия дл я симметричны х систем, чтобы пол учить корректны е резул ьтаты , необходимовкл ю чить л ибовсе, л ибо ниодногоиз набороввы рож денны хорбитал ей.
П араметр Energy Criterion (Э нергетический критерий) явл яется опцией
О рби тального |
кри тери я |
и устанавл ивает ограничения по энергии при |
|||
генерировании |
набора взаимодействую щ их конф игураций. |
Э та |
опция |
||
доступна тол ько дл я |
О днократно возбужденных конф игураций. В |
пол е |
|||
Maximum Exitation |
(Максимал ьное возбуж дение) задается |
наибол ьш ая |
|||
разница по энергии |
в эВ |
меж ду заня ты ми и вакантны ми |
орбитал я ми, |
вкл ю чаемы мив CI-расчет. В общ ем виде конф игурациисвы сокой энергией не могутсил ьновзаимодействовать сконф игурацией основногосостояния . Чем вы ш е этотпараметр, тем бол ьш е конф игураций вкл ю чается вCI-расчет.
П ри испол ьзовании энергетического критерия пороговая энергия дол ж набы ть достаточнобол ьш ой, чтобы вкл ю чить всебя заняты е ивакантны е орбитал и.
34
В бол ьш их системах, как правил о, в небол ьш их энергетических интервал ах находится бол ьш ое кол ичествоорбитал ей. С л едовател ьно, размер CI-матрицы мож ет бы ть очень чувствител ьны м к вел ичине энергетического критерия . Т ак каквремя вы числ ений сил ьнозависитотразмераCI-матрицы , тообъем вы числ ений (особенноприиспол ьзованииметодов MNDO, AM1 ил и PM3) мож ет стать неприемл емо бол ьш им. Д л я тогочтобы избеж ать такой ситуации, необходимотщ ател ьноанал изировать резул ьтаты RHF-расчета.
4.1.3.Расч еты в смеш анном режи ме (QM/MM)
При расчетах в смеш анном реж име программаHyperChem вы бранную
часть системы рассчиты вает |
квантово-механически, |
а остал ьную – |
мол екул ярно-механически. П ри |
оптимизации геометрии |
системы тол ько |
вы дел енная часть атомов будетменя ть свои координаты в ходе оптимизации. О стал ьны е атомы будут вносить свой вкл ад л иш ь как некое пол е, генерируемое зарядаминаних, вы числ енны миил иприсвоенны миим ранее.
Д л я того чтобы производить расчеты в этом реж име, необходимо вы дел ить тучасть атомов мол екул ы , которая будетрассчиты ваться квантовомеханически. В сл учае, есл и некоторы е из мол екул л иш ь частичновы дел ены , необходимоубедится , чтограничны е атомы свя занны состал ьной частью sp3- свя зя ми. Д л я тогочтобы убедится вэтом, мож ноиспол ьзовать командуExtend to sp3 меню Select дотого, какзапускать пол уэмпирический расчет. Э таопция распространитвы дел ение рассчиты ваемой обл асти повсем направл ения м до техпор, покаононе достигнетконцамол екул ы л ибоне найдетsp3-sp3 связь.
4.1.4. Неэмпи ри ч ески е методы (ab initio)
В ы бор пункта ab initio (л ат. с начал а) в меню Setup позвол я ет проводить неэмпирические расчеты . В отл ичие отмол екул я рно-механических ипол уэмпирическихметодов, неэмпирический методХартри-Ф окане требует
дл я проведения |
расчетов знания каких-л ибо эмпирических |
параметров, |
|||
например |
– сил ы и |
дл инны |
отдел ьны х свя зей, значений |
интеграл ов |
|
перекры вания ипр. |
|
|
|
||
Н еэмпирические |
методы |
требую т гораздо бол ьш е вы числ ител ьны х |
|||
ресурсов, |
чем |
мол екул я рно-механические и пол уэмпирические методы . |
О собенноэтокасается оптимизации геометрии ил и проведения мол екул я рно-
динамических расчетов. |
Д л я оптимизации |
геометрии рекомендуется на |
|
начал ьном этапе испол ьзовать |
мол екул я рную |
механику, затем – один из |
|
пол уэмпирических методов дл я |
того, чтобы |
пол учить бол ее ил и менее |
|
обоснованную начал ьную геометрию . |
|
||
О днакодл я ряда неорганических систем мол екул я рно-механические и |
|||
пол уэмпирические расчеты |
даю т некорректны е резул ьтаты , поэтому вместо |
нихрекомендуется испол ьзовать пунктAdd H & Model Build меню Build дл я того, чтобы пол учить бол ее ил именее подходящ ую стартовую геометрию .
35
4.1.4.1. В ыбор бази сного набора
Л ю бой набор одноэл ектронны х вол новы х ф ункций мож ет сл уж ить
базисны м |
набором (ил и просто – базисом) |
дл я аппроксимации Л К А О |
(Л инейная |
Комбинация Атомны х О рбитал ей, |
Linear Combination of Atomic |
Orbitals, LCAO). В ы бор наибол ее подходя щ егобазисногонабора в ab initio расчете я вл яется критичны м дл я точности и обоснованности резул ьтатов. В программе HyperChem определ ен цел ы й ря дстандартны хбазисны хнаборов:
∙STO-1G иSTO-1G* (H иHe)
∙STO-2G иSTO-2G* (отH доXe)
∙STO-3G иSTO-3G* (отH доXe)
∙STO-4G иSTO-4G* (отH доXe)
∙STO-5G иSTO-5G* (отH доXe)
∙STO-6G иSTO-6G* (отH доXe)
∙3-21G, 3-21G* и3-21G** (отH доAr)
∙4-21G, 4-21G* и4-21G** (отH доNe)
∙6-21G, 6-21G* и6-21G** (отH доAr)
∙4-31G, 4-31G* и4-31G** (отH доNe)
∙5-31G, 5-31G* и5-31G** (отH доF)
∙6-31G, 6-31G* и6-31G** (отH доAr)
∙6-311G, 6-311G* и6-311G** (отH доAr)
∙D95, D95* иD95** (отH доCl).
Такж е пол ьзовател ь мож ет сам определ ить необходимы е дл я расчетов базисны е наборы .
4.1.4.2. Настройки ab initio
Рассмотрим диал оговоеокнонастоекab initio:
Рис.29. О кнонастроекab initio
В бл оке Basis Set задается базисны й набор, вы боркоторогодол ж ен бы ть потом подтверж ден наж атием кнопки Apply Basis Set (П рименить базисны й набор). В HyperChem сущ ествуетвозмож ность назначать разл ичны е базисны е наборы дл я разны хпредварител ьновы дел енны хчастей системы .
|
|
|
36 |
|
|
|
П ункт No basis set (Н ет базисного набора) |
означает, что не будет |
|||||
присвоенони одной базисной ф ункции. |
Э таопция мож етбы ть испол ьзована |
|||||
тол ько в том |
сл учае, |
есл и система |
будет описана с |
испол ьзованием |
||
допол нител ьны хбазисны хф ункций (Extra Basis Functions). |
|
|
||||
Minimal |
(STO-3G) назначает минимал ьны й |
STO-3G базис. Д ругие |
||||
пункты этогоменю вы бираю ттебазисны е наборы , которы е там указаны . |
||||||
Other позвол яет |
активизировать |
кнопку Assign Other |
Basis Set |
|||
(Н азначить другой базисны й набор) дл я того, чтобы |
испол ьзовать другие (не |
|||||
обозначенны е в меню ) |
базисны е наборы из .bas |
ф айл ов. |
Чтобы |
добавить |
||
базисны й набор в этоменю , требуется внести инф ормацию |
оф айл е базисав |
|||||
раздел [BasisSet] ф айл аchem.ini ил ивраздел реестраWindows [BasisSet]. |
||||||
Н аж атие |
кнопки Extra Basis Functions (Д опол нител ьны е |
базисны е |
ф ункции) приводиткпоя вл ению диал оговогоокна, которое позвол я етвводить допол нител ьны е базисны е ф ункциидл я вы бранны хатомов:
Рис.30. О кнонастроекExtra Basis Functions
Д опол нител ьны е базисны е ф ункции определ я ю тся типом обол очки (Shell Type): S, P, D, SP и SPD и значением экспоненты (Exponent), которое дол ж нобы ть пол ож ител ьны м.
Рис.31. О кнопараметровab initio расчетов
Рассмотрим диал оговое окно, вы зы ваемое кнопкой Options (П араметры расчета). Бл оки Charge and Spin (Заря д и спин), SCF Controls (У правл ение
|
|
|
|
37 |
|
SCF), а такж е |
диал оговы е |
окна, вы зы ваемы е кнопками Polarizabilities |
|||
(П ол я ризуемость) |
и |
Configuration |
Interaction |
(Конф игурационное |
|
взаимодействие) описаны |
вгл аве пол уэмпирическихметодов. |
||||
О тметим тол ько, |
дл я |
неэмпирических расчетов |
значение предел а |
||
сходимости, как правил о, вы бирается |
равны м 0.00001 ккал /мол ь, но в |
зависимости отзадачи мож етл еж ать в интервал е от1 до10-8 ккал /мол ь. Е сл и задать этотпараметр меньш е 10-10, тосходимости мож ноне достигнуть, так
каксам методХартри-Ф окадаетсоразмерную ош ибку. |
|
|
||||||
|
Бл ок Single Point Only (Т ол ькодл я |
одноточечны х расчетов) содерж ит |
||||||
сл едую щ ие пункты : |
|
|
|
|
|
|
|
|
∙ |
Gradient позвол я ет вкл ю чать/откл ю чать расчет градиентов (первы х |
|||||||
|
производны хпол ной энергии поатомны м координатам) дл я ускорения |
|||||||
|
вы числ ений |
в реж име Single Point. |
Г радиент дает представл ение об |
|||||
|
откл онения х |
от оптимал ьной геометрии. П роцедура HyperGauss, |
||||||
|
осущ ествл яю щ ая |
неэмпирические |
|
расчеты , |
всегда |
рассчиты вает |
||
|
градиенты |
при |
оптимизации |
геометрии, |
при |
мол екул я рно- |
||
∙ |
динамическихрасчетахирасчетахмол екул я рны хкол ебаний. |
|||||||
MP2 Correlation |
Energy |
позвол яет вкл ю чать/откл ю чать расчет |
||||||
|
коррел яционной энергии, |
применя я |
теорию |
возмущ ения Мел л ера- |
||||
|
П л ессетавторогопоря дка, испол ьзую щ ую переходотдвухэл ектронны х |
|||||||
|
интеграл ов на атомны х орбитал я х к таковы м, |
рассчитанны м уж е на |
||||||
|
мол екул я рны хорбитал ях. |
|
|
|
|
|
HyperChem не поддерж ивает ограниченны й метод Хартри-Ф ока дл я систем соткры ты миобол очками(ROHF) дл я неэмпирическихрасчетов.
Д иал оговое окно, вы зы ваемое кнопкой Advanced Options (П араметры вы сокогоуровня ), имеетсл едую щ ий вид:
Рис.32. О кнопараметроввы сокогоуровня ab initio расчетов
Бл ок Two-electron Integral Control предназначен дл я управл ения вы числ ением ихранением двухэл ектронны хинтеграл ов:
П араметр Cutoff |
(У сл овия отсечения) |
позвол яет сохранять на диске |
тол ько те интеграл ы , |
абсол ю тное значение которы х равно ил и превы ш ает |
|
задаваемы й параметр. |
П о умол чанию равен |
10-10 Хартри. О н контрол ирует |
38
осущ ествл ение SCF-итераций, точность вол новы х ф ункций и энергии, т.к. уменьш ается числ орассчиты ваемы хдвухэл ектронны хинтеграл ов.
Buffer size (Размер буф ера) определ я ет размер операционной памя ти (задается вкол ичестве ф рагментовпо8 байт), которы й требуется дл я хранения двухэл ектронны х интеграл ов дотого, какзаписать их вовременны й ф айл на ж естком диске (вы бор места размещ ения этогоф айл а мож ет бы ть сдел ан в меню File/Preferences/Path). В сл учае сбоя временны е ф айл ы необходимо удал я ть, применя я команды операционной системы .
В бл оке Integral Format задается ф орматхранения интеграл ов
∙Regular (О бы чны й) определ яет испол ьзование обы чногоф ормата дл я записи двухэл ектронны х интеграл ов. HyperChem испол ьзует 16 байт дл я записи каж догоиз интеграл ов. П ервы е 8 байт храня т 4 индекса интеграл а, апосл едние 4 – егозначение.
∙Raffenetti определ я ет испол ьзование ф ормата Раф ф енетти, которы й позвол я ет бол ее просто ф ормировать матрицу Ф ока в ходе SCF- расчета. Э тот ф ормат, как правил о, требует бол ьш е памяти и бол ьш е дисковогопространства, однакопозвол я етповы ш ать скорость расчета.
Егонел ьзя испол ьзовать припроведенииMP2-расчетовиCI.
При вы боре пункта Direct SCF calculation (П ря мое SCF вы числ ение) двухэл ектронны е интеграл ы рассчиты ваю тся на каж дой итерации, а не один раз перед SCF-ш агом. Т акой расчет гораздомедл еннее, ноон позвол я ет не
испол ьзовать дисковое пространство и операционную памя ть под бол ьш ое кол ичество интеграл ов. В кл ю чение этой опции требуется при расчетах бол ьш ихсистем накомпью терахсмал еньким диском ипамя тью .
В бл оке Ghost-atoms Control (И спол ьзование атомов-призраков) мож но
задать испол ьзование |
вы дел енны х атомов-призраков (Use |
‘ghost-atoms’ |
||
selection). |
Э та опция |
позвол я ет вводить |
центры , которы м приписы ваю тся |
|
базисны е ф ункции тех ил и ины х атомов, |
при этом в систему не вводя тся ни |
|||
допол нител ьны е я дра, |
ни допол нител ьны е эл ектроны . И спол ьзование таких |
|||
“виртуал ьны х” атомовмож етприводить картеф актам. |
меню Select, |
|||
Д л я |
испол ьзования атомов-призраков необходимо в |
|||
предварител ьно сдел ав соответствую щ ее вы дел ение, вы брать |
пункт Name |
Selection (Д ать название вы дел енному), отметить Other (Д ругое) и приписать емуимя ghost-atoms. О пция активнатол ькодл я одноточечны храсчетов.
Бл ок MO initial guess (стартовое значение МО ) |
определ яет начал ьное |
|||
запол нение коэф ф ициентов мол екул ярны х орбитал ей, |
которое требуется дл я |
|||
проведения |
SCF-расчетов. О бы чно эти значения |
пол учаю тся из реш ений |
||
уравнения |
Хартри-Ф ока-Рутаана с заменой |
матрицы |
Ф ока ядром |
|
гамил ьтониана(реж им Core Hamiltonian). |
|
|
|
|
Т .к. |
в редких сл учаях вы ш еописанны й метод дает некорректны е |
|||
резул ьтаты , тоHyperChem предоставл я ет и другие методы |
(которы е имею т |
|||
своисобственны е ограничения ): |
|
|
|
∙Projected Huckel - строя тся пометодуХю ккел я ;
∙Projected CNDO - строя тся методом CNDO;
39
∙Projected INDO - строя тся методом INDO.
Параметр Number of d Orbitals (Кол ичествоd-орбитал ей) определ я ет набор d-орбитал ей, испол ьзуемы х в неэмпирических расчетах. В ы бор пя ти (five) орбитал ей соответствуетрасчетусиспол ьзованием эрмитовы хорбитал ей
(d0, d+1, d–1, d+2, d–2), а вы бор ш ести (six) – соответствует расчету с испол ьзованием d-орбитал ей в декартовом представл ении(d xx, d yy, d zz, d xy, d
xz, d yz). П ервы й вариант рекомендуется испол ьзовать дл я |
базисны х наборов |
вида STO-NG (STO-1G, STO-2G и т.д.), а второй |
– дл я вал ентно- |
расщ епл енны хнаборов3-21G, 4-31G, 6-31G ит.д. |
|
4.2. М еню Compute (В ыч и слени я)
Меню Compute предназначенодл я вы боратиповрасчетовиихзапуска.
Рис.33. Меню вы числ ений
Меню Compute имеетсл едую щ ие пункты :
Single Point |
Запуск |
вы числ ения пол ной энергии |
и |
средне- |
|||||
(О дноточечны й расчет) |
квадратического градиента |
(root-mean-square (RMS) |
|||||||
|
gradient) энергиисистемы |
ил иее вы дел енны хэл ементов. |
|||||||
|
Д л я пол уэмпирических |
и |
неэмпирических |
расчетов |
|||||
|
определ яется распредел ение эл ектроновизарядов |
|
|||||||
Geometry Optimization |
В ы зов меню |
расчетаоптимал ьной структуры (т.е. пол ная |
|||||||
(О птимизация геометрии) |
энергия |
и ее градиент минимал ьны ) |
всей |
системы |
ил и |
||||
|
вы дел ения |
|
|
|
|
|
|
|
|
Molecular Dynamics |
В ы зов меню |
расчета перемещ ений |
атомов в течении |
||||||
(Мол екул ярная динамика) |
пикосекундны х интервал ов |
времени. Д емонстрирует |
|||||||
|
стабил ьны е |
структуры , |
переходны е |
состояния |
и |
||||
|
термодинамические свойства |
|
|
|
|
|
40
Langevin Dynamics |
В ы зов |
меню |
|
расчета перемещ ений |
атомов в |
течение |
||||||||||
(Л анж евеновская динамика) |
пикосекундны х |
интервал ов |
времени. |
Д емонстрирует |
||||||||||||
|
стабил ьны е |
структуры , |
переходны е |
|
состояния |
и |
||||||||||
|
термодинамические свойства. И спол ьзую тся |
вязкостны е |
||||||||||||||
|
эф ф екты |
дл я модел ирования раствора |
|
|
|
|
|
|
||||||||
Monte Carlo |
В ы зовменю расчетасреднихпоансамбл ю дл я атомов |
|||||||||||||||
(МетодМонте-Карл о) |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Vibrations |
Запуск вы числ ений |
кол ебаний |
вы бранны х атомов дл я |
|||||||||||||
(Кол ебания ) |
пол уэмпирических(кроме расш иренногометодаХю ккел я |
|||||||||||||||
|
– Extended Huckel) и неэмпирических (кроме MP2) |
|||||||||||||||
|
реж имов. Резул ьтаты |
мож но посмотреть, |
вы брав пункт |
|||||||||||||
|
меню Vibrational Spectrum |
|
|
|
|
|
|
|
|
|||||||
Transition State |
Запуск поиска переходны х состояний |
системы |
рабочей |
|||||||||||||
(П ереходноесостоя ние) |
обл астиил идл я пары |
мол екул , однаиз которы хотмечена |
||||||||||||||
|
спомощ ью Setup/Name selection какреагент, авторая как |
|||||||||||||||
|
продукт |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Invoke NMR |
В ы зы вает |
|
программны й |
|
пакет |
|
|
HyperNMR, |
||||||||
(П роизвестиядерны й |
предназначенны й |
дл я |
прогнозирования |
одномерного |
||||||||||||
магнитны й резонанс) |
Я МР спектра. И меется возмож ность прогнозировать 1 H, |
|||||||||||||||
|
13 C, 15 N, 15 O, 19 F и 31 P спектры |
дл я |
систем, |
|||||||||||||
|
состоящ ихиз эл ементовотH доAr |
|
|
|
|
|
|
|||||||||
Properties |
В ы зы вает окна сосвойствами л ибо атома, |
л ибо связи, |
||||||||||||||
(С войства) |
л ибоструктуры |
порезул ьтатам расчетов |
|
|
|
|
|
|||||||||
Plot Molecular Graphs |
В ы зы вает меню |
дл я |
построения граф иков Electrostatic |
|||||||||||||
(П остроить мол екул я рны е |
Potential |
(Э л ектростатический |
потенциал ), |
Total |
Spin |
|||||||||||
граф ики) |
Density |
(П ол ная |
спиновая |
пл отность), |
Total |
Charge |
||||||||||
|
Density |
(П ол ная |
пл отность |
зарядов) |
по резул ьтатам |
|||||||||||
|
расчетов |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Orbitals |
В ы зы ваетменю дл я построения проф ил ей энергетических |
|||||||||||||||
(О рбитал и) |
уровней |
дл я |
вы бранной |
ил и всех орбитал ей, |
а такж е |
|||||||||||
|
схемы |
запол ненности, вы рож денности, |
HOMO-LUMO |
|||||||||||||
|
разры вовит.д. |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||
Vibrational Spectrum |
И нструментанал изарезул ьтатоврасчетовкол ебаний |
|
||||||||||||||
(Кол ебател ьны й спектр) |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Electronic Spectrum |
Запуск |
|
расчета |
разницы энергий |
меж ду основны м |
|||||||||||
(Э л ектронны й спектр) |
эл ектронны м состоянием и нескол ькими возбуж денны ми |
|||||||||||||||
|
мол екул я рной |
системы . |
Д л я |
пол уэмпирических (кроме |
||||||||||||
|
расш иренного метода Хю ккел я |
– Extended Huckel) и |
||||||||||||||
|
неэмпирических (кроме MP2) |
реж имов. |
Рекомендуется |
|||||||||||||
|
испол ьзовать Singly Excited CI Method |
|
|
|
|
|
||||||||||
Potentional |
В ы зы вает |
меню |
дл я |
построения |
|
|
поверхности |
|||||||||
(П отенциал ) |
потенциал ьной энергии |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||||||
Conformational Search |
В ы зы вает программны й |
модул ь, которы й |
предназначен |
|||||||||||||
(Конф ормационны й поиск) |
дл я поиска |
гл обал ьного |
минимума |
энергии |
при |
|||||||||||
|
изменениизаданны хпол ьзовател ем двугранны хугл ов |
|||||||||||||||
QSAR Properties |
Запускает |
модул ь, |
позвол яю щ ий |
|
рассчиты вать |
|||||||||||
(Quantitative Structure- |
сл едую щ ие |
QSAR-свойства: |
Partial |
atomic |
charges |
|||||||||||
Activity Relationships |
(Частичны е атомны е заряды ), Surface |
areas (П л ощ ади |
||||||||||||||
Properties – Кол ичественны е |
поверхностей), Hydration energy (Э нергия |
гидратации), |
||||||||||||||
cоотнош ения структура- |
Volume (О бъем), Log P, Refractivity (Реф ракция ) и Mass |
|||||||||||||||
активность) |
(Мол екул ярная масса) |
|
|
|
|
|
|
|
|
|