Оформлення звіту та порядок його подання

Скласти звіт у форматі Word. У звіті повинен бути присутній лістинг програми, приклад виконання програми на тестових даних, згідно з варіантом.

Також потрібно додати до звіту ручну перевірку роботи алгоритму з поясненнями кроків виконання. Результати, отримані за допомогою ручного вирівнювання та за допомогою програми повинні збігатись.

Контрольні запитання та завдання

1. Поясніть для чого використовуються РАМ матриці, що значить термін матриця 300РАМ .

2. Дайте визначення часу 1 РАМ або одного еволюційного періоду.

3. Дайте визначення, що таке матриця ймовірності мутацій М.

4. Дайте визначення вагової матриці S.

5. Як розраховуються вірогідності появи кожної амінокислоти a, р_а..

6. Як розраховуються частоти дозволених мутацій fab?

7. Які властивості матриці вірогідності мутацій М вам відомі?

8. До яких значень прямують елементи матриці М при збільшенні кількості еволюційних періодів k?

9. Як розрахувати ймовірності мутацій (переходів) для різних еволюційних відстаней, наприклад яка вірогідність того, що b замінить a через k еволюційних періодів?

10. Дайте визначення вагової матриці score_k(a,b), для відстані в kРАМ.

11. Як рекомендується порівнювати дві послідовності, якщо нічого невідомо про еволюційну відстань?

12) Як рекомендується змінювати еволюційну відстань в залежності від довжини ділянок?

Література та посилання

1. Марк Лутц. Программирование на Python. – 4-е изд. – СПб.: Символ-Плюс, 2011.

2. Марк Саммерфилд. Программирование на Python Подробное руководство. – Перевод с английского. – СПб.: Символ-Плюс, –2009. – с. 608. 

3. Frederik Lundh. Python Standard Library. O’Reilly & Associates, 2001.

4. http://www.python.org/about/

5. http://younglinux.info/sites/default/files/python_structured_programming.pdf

6. Дурбин Р., Эдди Ш., Крог А., Митчисон Г. Анализ биологических последовательностей. –Ижевск: РХД, 2006. – 480 с.

7. Игнасимуту С. Основы биоинформатики. – Ижевск: РХД,– 2007. –320 с.

8. Леск А. Введение в биоинформатику. – М.: Бином, ­–2013. –318 с.

9. БородовскийМ., ЕкишеваС. Задачи и решения по анализу биологических последовательностей–Ижевск: РХД, –2008 . –440 с.

74