Во времена Монгольского нашествия на Русь новгородские земли не подверглись завоеванию. В 1236—1240 гг. и 1241—1252 гг. в Новгороде княжил Александр Невский, в 1328—1337 гг. — Иван Калита. До 1478 г. новгородский княжеский стол занимали преимущественно суздальские и владимирские князья, затем московские Великие князья, редко — литовские.
Новгородская республика была захвачена, а её земли аннексированы московским царем Иваном III после Шелонской битвы (1471). Она состоялась между московскими войсками во главе с воеводой Даниилом Холмским и новгородским ополчением под командованием сына Марфы Посадницы — Дмитрия Борецкого.
Во второй половине XV века Московское княжество усилило давление на Новгородскую республику. Там образовалась группа бояр во главе с Марфой Борецкой, выступивших за союз с Литвой, которая обещала помощь в борьбе против притязаний Московского великого князя. Новгородцы начали вести переговоры с Казимиром IV о поддержке на случай войны с Иваном III. Эти шаги вызвали возмущение народных масс. Не было единства и среди бояр. Следствием стало ослабление военной мощи Новгорода. Иван III пытался повлиять на Новгород дипломатическим путем через представителей церкви. Митрополит упрекал новгородцев в предательстве и требовал отказаться от «латинского государства», но вмешательство церкви только усилило разногласия и политическую борьбу в Новгороде. Действия новгородцев были расценены в Москве как «измена православию».
Дипломатические усилия Новгорода по заключению союза с Казимиром не привели к успеху. Быстрое наступление московских войск помешало новгородцам завершить переговоры. Договор не был утверждён королём, занятым в это время борьбой за чешский престол, и Литва уклонилась от войны с Москвой. К московским войскам присоединились полки союзного Великого княжества Тверского, Пскова, а также правитель Касимовского ханства Данияр с дружиной. С задержкой новгородцам удалось организовать Новгородское ополчение, во главе которого встали Василий Казимир и Дмитрий Борецкий, сын Марфы. Несмотря на численное превосходство новгородского войска, москвичам удалось одержать решительную победу. Как следует из новгородских источников, новгородцам поначалу удалось использовать свой численный перевес. Но тут на новгородскую пехоту обрушилась московская дворянская конница, которая в этом походе была основной ударной силой Ивана III. Дмитрий Борецкий был взят в плен и казнён, многие представители новгородской знати подверглись жестоким репрессиям. По словам летописи, «обретеся нятцов (пленников) 1000 и 700 человек»
Поражение при Шелони сделало неизбежным конец независимости Новгородской земли и конец Новгородской республики. Бояре присягнули на верность Москве, вскоре Новгород вошёл в состав Московии.
И, наконец, поход на Новгород 1478 года положил конец независимости Новгородской республики.
В составе централизованного Русского государства (с 1478)
Покорив Новгород в 1478 году, Москва унаследовала его прежние политические отношения с соседями. Наследием периода независимости было сохранение дипломатической практики, при которой северо-западные соседи Новгорода — Швеция и Ливония – поддерживали дипломатические отношения с Москвой через новгородских наместников великого князя.
В территориальном отношении Новгородская земля в эпоху Московского царства (XVI-XVII вв.) делилась на 5 пятин: Водскую, Шелонскую, Обонежскую, Деревскую и Бежецкую. Наиболее мелкими единицами административного деления в то время являлись погосты по которым определялось географическое местоположение селений, производился подсчёт населения и их податного имущества.
Царствование Василия III
21 марта 1499 года сын царя Ивана III Василий был объявлен Великим князем Новгородским и Псковским. В апреле 1502 года Великим князем Московским и Владимирским и Всея Руси самодержцем, то есть стал соправителем Ивана III, а после смерти Ивана III 27 октября 1505 года — единоличным монархом.
Царствование Ивана Грозного
В ходе русско-шведской войны (1590 – 1595) шведская армия в 1591 году дошла до Великого Новгорода, однако существенных территориальных завоеваний Флемингу добиться не удалось.
В декабре 1569 г., подозревая новгородскую знать в соучастии в "заговоре" недавно убитого по его приказу князя Владимира Андреевича Старицкого и одновременно в намерении передаться польскому королю, Иван, в сопровождении большого войска опричников выступил против Новгорода.
2 января 1570 г. войска вступили в Новгород, и опричники начали свою расправу с жителями: людей забивали до смерти палками, бросали в реку Волхов, ставили на правёж, чтобы принудить их к отдаче всего своего имущества, жарили в раскаленной муке. Новгородский летописец рассказывает, что были дни, когда число убитых достигало полутора тысяч; дни, в которые избивалось 500 − 600 человек, считались счастливыми. Шестую неделю царь провёл в разъездах с опричниками для грабежа имущества; были разграблены монастыри, сожжены скирды хлеба, избит скот.[источник не указан 939 дней]
«Синодик опальных», составленный около 1583 года, со ссылкой на отчет («сказку») Малюты Скуратова, говорит о 1505 казненных под контролем Скуратова, из которых 1490 были отрублены головы, а еще 15 расстреляны из пищалей. Советский историк Руслан Скрынников, прибавив к этому числу всех поименно названных новгородцев, получил оценку в 2170-2180 казненных; оговариваясь, что донесения могли быть не полны, многие действовали «независимо от распоряжений Скуратова», Скрынников допускает цифру в три-четыре тысячи человек. В. Б. Кобрин считает эту цифру крайне заниженной, отмечая, что она исходит из предпосылки, что Скуратов был единственным или по крайней мере главным распорядителем убийств. Согласно новгородской летописи, во вскрытой могиле погибших обнаружили 10 тысяч человек. Кобрин сомневается, что это было единственное место погребения убитых, однако считает цифру в 10-15 тысяч наиболее близкой к истине. Общее население Новгорода тогда не превышало 30 тысяч[6]. Однако убийства не были ограничены лишь самим городом.