Донское войско
Появление значительного количества казачьего населения в низовьях Волги и Дона на рубеже XV—XVI вв. историк Савельев связывает с беженцами из Вятской земли после завоевания ее в 1489 году Московским княжеством и из Великого княжества Рязанского, в связи с присоединением его в 1520 году к Москве. Однако, согласно Е. П. Савельеву, этим переселением был завершен многовековой «круговорот» части коренного казачьего населения приазовья и Дона, покинувшего в XIII веке исконные территории и переселившегося в Новгородские и Вятские земли.
Донские казаки начали систематическую колонизацию окраин России (часто в союзе с Россией), заселив низовья Волги, Яика иТерека. Официальное сотрудничество с Русским царством донские казаки начали в качестве союзников, завоевав Астраханское иКазанское ханства, и, образовав Войско Донское, продолжили впоследствии, участвуя, к примеру, в Ливонской войне. В последующем, казаки стали основой новых войск Русского царства. Усилиями казачьих дружин к России были также присоединены обширные территории Сибири.
До конца XVI века Донское казачье войско было абсолютно независимым и до 1716 года Царство Русское вело отношения собластью Войска Донского через Посольский приказ (то есть, говоря современным языком, через «министерство иностранных дел»), как со всеми другими самостоятельными государствами.
Донские казаки присягнули царю Алексею Михайловичу в 1671 году, а с 1721 года войско было подчинено Санкт-Петербургской Военной коллегии. К концу царствования Петра Великого вслед за донскими и яицкими казаками в ведомство военной коллегии перешли и остальные казачьи общины. Внутреннее их устройство было преобразовано, была введена иерархия правительственных властей. Подчинив своей власти казаков в числе 85 тыс. человек, правительство использовало их для колонизации вновь завоёванных земель и охраны государственных границ, преимущественно южной и восточной.
Яицкое казачье войско
Еще в конце XV века на реке Яик образовались вольные общины казаков, из которых сформировалось Яицкое казачье войско. По общепринятой традиционной версии, как и донские казаки, яицкие казаки формировались из переселенцев-беженцев из Русского царства (например, из Хлыновской земли), а также, благодаря миграции казаков с низовьев Волги и Дона. Их основными занятиями были рыболовство, добыча соли, охота. Войско управлялось кругом, который собирался в Яицком городке (на среднем течении Яика). Все казаки имели подушевое право на пользование угодьями и участие в выборах атаманов и войсковой старшины. Со второй половины XVI века русское правительство привлекало яицких казаков для охраны юго-восточных границ и военной колонизации, разрешая им вначале приём беглых. В 1718 году правительство назначило атамана Яицкого казачьего войска и его помощника; часть казаков объявлена беглыми и подлежала возврату на прежнее место жительства. В 1720 году произошли волнения яицких казаков, которые не подчинились приказу царских властей о возврате беглых и замене выборного атамана назначенным. В 1723 году волнения были подавлены, руководители казнены, выборность атаманов и старшины упразднена, после чего войско оказалось разделённым на старшинскую и войсковую стороны, в которой первые держались линии правительства, как гарантирующего их положение, вторые требовали вернуть традиционное самоуправление. В 1748 году была введена постоянная организация (штат) войска, разделённого на 7 полков; войсковой круг окончательно утратил своё значение.
Впоследствии, после подавления восстания Пугачева в котором яицкое казачество приняло активное участие, в 1775 году Екатерина II издала указ о том, что в целях полного предания забвению случившейся смуты Яицкое войско переименовывается в Уральское казачье войско, Яицкий городок в Уральск (был переименован и еще целый ряд населенных пунктов), даже река Яик была названаУралом. Уральское войско окончательно утратило остатки былой автономии.
В XVI и XVII вв. казаки формировались из состава сторожевой и станичной служб. Казаки, проживавшие в это время на территорииЦарства Русского, охраняли пограничные территории от разорительных набегов крымских татар и ногаев. Центральным управлениемгородовых казаков был сначала Стрелецкий приказ, а затем Разрядный приказ. Сибирскими казаками ведал Сибирский приказ, запорожскими и малороссийскими казаками — Малороссийский приказ.
В первой половине XVIII века были созданы новые казачьи войска: Исетское, Оренбургское (1748), Астраханское, Волжское. В конце XVIII века создаются Екатеринославское и Черноморское казачьи войска.
Одним из самых молодых являлось Семиреченское казачье войско, образованное во второй половине XIX века и которое квартировалось на территории современного Казахстана.