Гидрология
Река Северная Двина – важнейшая река на севере Европейской части России, по водности уступает только Волге и Печоре. Длина реки составляет 744 км, площадь бассейна – 360 тыс. кв. км. Свое начало берет на территории Вологодской области у г. Великий Устюг, образуясь от слияния рек Сухона и Юг, после чего течет по Архангельской области и впадает в Белое море. Возле города Котлас сливается с Вычегдой, после чего поворачивает на северо-запад, азатем постепенно на север. Почти на самом севере сливается с Пинегой. Основные притоки: Вычегда, Пинега, Вага. Соединена через реку Сухона, озеро Кубенское и др. с Волго-Балтийским водным путём (Северо-Двинская водная система), через реку Пинега с рекой Кулой. Северная Двина имеет спокойное течение, которое получает значительную скорость на перекатах. Течение реки происходит по широкой долине, с высокими берегами, состоящими частью из известковых, а частью из песчаных пластов. Характер берегов иногда меняется, встречаются отлогие участки, местами левый берег более крутой, а правый луговой, поросший кустарником, или наоборот. Берега Северной Двины своим видом очень напоминают берега Волги. Ледостав на реке держится с середины октября и до конца апреля. Ниже впадения р. Пинеги Северная Двина расширяется и разбивается на многочисленные протоки, ширина долины возрастает до 18 км. В верхнем течении имеется много песчаных мелей и островов. По мере впадения в нее притоков, Северная Двина становиться шире, а течение сильнее. Сила течения в низовьях зависит от морских приливов и отливов. Глубины разнообразные. Грунты илисто-песчаные, на перекатах дно хрящеватое или галечное. У Архангельска река ещё раз собирается в одно русло, а ниже города образует дельту пл. 900 км², состоящую из нескольких рукавов и многочисленных проток. Дельта Северной Двины начинается от Новодвинска. Возле Архангельска и Северодвинска впадает в Двинскую губу Белого моря. Также из крупных рек на территории Приморского района протекают Золотница, Лая, Солза. Основной источник питания рек – талые снеговые воды, поэтому основной сток приходится на весенний период, и редко сопровождается подтоплением территорий. Наибольший сток наблюдается в районе Беломороско-Кулойского плато и достигает 500 мл. Потенциальные гидроэнергоресурсы р. Северная Двина в устьевой части оценивается в 8 000 млн. кВт·ч. Крупных озер в районе нет.
Распространение подземных вод находится в тесной зависимости от геологического строения. Основные запасы подземных вод относится к северодвинскому артезианскому бассейну. Минерализация поземных вод различна и увеличивается с запада на восток, от 1-3 г/л (Онежский полуостров) до 10-50 г/л (Беломорско-Кулойское плато).
Почвенно-растительный покров
Распространенны глееподзолистые и подзолы со вторым осветленными горизонтом на суглинистой бескарбонатной морене с маломощными покровом песков и супеси. Локальное распространение получили болотные верховые торфяные почвы. По берегам Северной Двины аллювиальные дерновые, дерново-глеевые и аллювиальные болотные почвы.
В дельте Северной Двины получили широкое распространение низинные болота, травяно-моховые в сочетании с заболоченными лугами и ивняками и луга пойменные, преимущественно среднепойменными разнотравно-крупнозлаковые в сочетании с посевами с\х культур, кустарниками и лесами. На Летнем берегу обильно встречаются еловые леса, долгомошные и сфагновые с участками зеленомошных лесов, леса еловые зеленомошные мелкопапоротниковые и майниковые. Широко распространены верховые болота прибеломорского типа лишайниково-трихофоровые. Зимний берег еловые зеленомошные леса, кустарничковые и кустарничко-лишайниково-зеленомошные.
На территории заповедника выявлено около 480 видов высших сосудистых растений и около 200 видов грибов и лишайников.