Volume1

288 Часть 1. Введение в мир клетки

которых не дано трехбуквенное обозначение (белые буквы, начинающиеся с Y). Один из них, продукт так называемой открытой рамки считывания YDRl96C, расположен в основании репликационной группы и поэтому он, по всей вероятности, играет ту или иную роль в запуске новых репликационных вилок. Остальные пять из представленных на этой схеме белков относятся к белкам F-бокс, которые связываются с белком Skp1; поэтому они, вероятно, работают как составная часть убиквитинлигазы, служа субстрат-связывающими отростками, которые распознают различные целевые белки.

Однако, как мы обсудим далее, никакие предписанные таким способом функции нельзя счесть достоверными без привлечения дополнительных данных.

2.Сети белковых взаимодействий надлежит интерпретировать с должной осмотрительностью, потому что в результате эволюции, эффективно использующей генетическую информацию всех живых организмов, один и тот же белок может быть использован как часть двух различных белковых комплексов, которые выполняют функции разного типа. Так, если, скажем, белок А связывается с белком B, а белок B связывается с белком C, то из этого отнюдь не следует, что белки А и C функционируют в одном и том же процессе. Например, из доскональных биохимических исследований мы знаем, что функции белка Skp1 в кинетохоре и вакуолярной сборке H+–ATPаза (желтый фон) отличаются от его функции в SCF-убиквитинлигазе. Фактически только последние три функции белка Skp1 из представленных на схеме:

всинтезе метионина, в регулировании клеточного цикла и в точке начала репликации (зеленый фон) — предполагают убиквитинирование.

3.В ходе межвидовых сравнений те белки, которые показывают подобные профили на обеих картах белковых взаимодействий, весьма вероятно, имеют одинаковую функцию в клетке. Таким образом, поскольку ученые получают все более

иболее подробные карты для множества организмов, результаты становятся все более

иболее пригодными для выяснения функции белка. Такой сравнительный анализ карт представляет собой особенно действенный инструмент для выяснения функций белков человека. Большое количество прямой информации о функции белка (каковая не может быть раскрыта организмом самого человека) может быть получено средствами генной инженерии, мутационного и генетического анализа в ходе экспериментов с модельными организмами — такими как дрожжи, черви и мухи.

Имеющиеся в нашем распоряжении данные позволяют предположить, что типичный белок в клетке человека может взаимодействовать с различными партнерами, число которых может варьировать от 5 до 15. Часто каждый из различных доменов мультидоменного белка связывается со своей группой партнеров; фактически, мы можем предположить, что необычайно огромные многодоменные структуры, обнаруженные в клетках человека, могли появиться в ходе эволюции ради того, чтобы облегчить возникновение таких взаимодействий. Исходя из огромной сложности сетей взаимодействия макромолекул в клетках (рис. 3.83), можно прийти к очевидному умозаключению, что на раскрытие всего их функционального значения у ученых мужей уйдет не одно столетие напряженного труда.

Заключение

Белки способны образовывать необычайно искусные химические механиз- мы, функции которых в значительной степени зависят от тонких химических свойств их поверхности. Участки связывания лигандов формируют на по-

верхности белка полости, в которых точно размещенные боковые цепи амино-

Глава 3. Белки 289

Рис. 3.83. Сеть белок-белковых взаимодействийвклеткедрожжей.Каждая линия, соединяющая пару точек (белков), отмечает взаимодействие между ними. (Заимствовано из A. Guimerá and

М. Sales-Pardo,Mol.Syst.Biol.2:42,2006.

С разрешения издательства Macmillan PublishersLtd.)

кислот сближены друг с дру- гом за счет соответствующей укладки полипептидной цепи белка. Подобным же образом обычно инертные в реакцион- ном отношении боковые цепи аминокислот могут активиро- ваться — чтобы образовывать и разрушать ковалентные свя- зи. Ферменты представляют собой каталитические белки,

которые значительно ускоряют скорости реакций, связывая на определенном этапе реакции промежуточные продукты высокой энергии; вдобавок к этому они способны осуществлять одновременно кислотный и основный катализ. Зачастую скорости ферментативных реакций бывают настолько быстрыми, что их лимитирует только диффузия; скорости могут достигать еще больших значений, если ферменты, поочередно воздействующие на субстрат, объединены в единый мультиферментный комплекс или если ферменты и их субстраты сосредоточены в одних и тех же компартментах клетки.

Белки обратимо изменяют свою форму, когда лиганды связываются с их поверхностью. Аллостерические изменения конформации белка, производимые одним лигандом, влияют на связывание второго лиганда, и такое сопряжение между двумя участками связывания лигандов обусловливает важнейший механизм регулирования происходящих в клетке процессов. Например, метаболические пути регулируются по типу обратной связи: одни малые молекулы ингибируют, а дру- гие малые молекулы активируют ферменты, стоящие в начале пути. Обычно управляемые таким способом ферменты образуют симметричные сборки, что позволяет им давать быструю ответную реакцию – благодаря кооперативным конформационным изменениям, происходящим во всем комплексе, — на изменение концентрации лигандов, регулирующих активность этих ферментов.

За счет потребления химической энергии могут осуществляться одно- направленные изменения формы белка. Например, благодаря сопряжению ал- лостерического изменения формы с гидролизом ATP, белки могут выполнять

полезную работу, такую как сообщение механической силы или перемещение на длинные расстояния в одном направлении. Трехмерные структуры белков, определенные методами рентгеновской кристаллографии, явили нашему взору механизм, посредством которого небольшое локальное изменение, вызванное гидролизом нуклеозидтрифосфата, усиливается, с тем чтобы произвести

существенные изменения в каком-либо другом месте белковой молекулы. Бу-

290 Часть 1. Введение в мир клетки

дучи наделены средствами подобного рода, такие белки могут действовать как устройства «ввода-вывода», которые служат своего рода передатчиками информации, факторами сборки, моторами или прикрепленными к мембране насосами. Высокоэффективные белковые машины образуются путем включения большого числа различных молекул белка в более крупные ансамбли, в которых полностью согласованы аллостерические движения отдельных компонентов. Как теперь известно, такие машины осуществляют многие наиболее важные процессы в клетках.

Белки подвергаются множеству обратимых посттрансляционных модифи- каций, таких как ковалентное присоединение фосфатной или ацетильной группы

к боковой цепи определенной аминокислоты. Прикрепление таких модифицирую- щих групп используется для регулирования активности белка, изменения его конформации, связывания с другими белками и размещения в клетке. Типичный белок в клетке способен взаимодействовать с более чем пятью различными партнерами. Вооружившись новыми технологиями протеомики, биологи имеют возможность анализировать тысячи белков в одной серии экспериментов. Один из важнейших результатов — создание подробных карт белковых взаимодей- ствий, которые призваны в конечном счете описать все взаимодействия, свя- зывающие между собой тысячи различных белков, наполняющих клетку.

Задачи

Какие из утверждений являются верными? Обоснуйте свой ответ

3.1.Все цепи в β-листе представляют собой спираль с двумя аминокислотами на виток.

3.2.Полипептидные петли, которые выступают на поверхности белка, часто образуют участки связывания других молекул.

3.3.Любой фермент достигает максимальной скорости при высокой концентрации субстрата, потому что он имеет строго определенное число активных участков,

скоторыми субстрат связывается.

3.4.Более высокая концентрация фермента соответствует более высокому числу оборотов.

3.5.Ферменты наподобие аспартаттранскарбамоилазы, которые подвергаются кооперативным аллостерическим переходам, неизменно содержат большое число идентичных субъединиц.

3.6.Непрерывное присоединение и удаление фосфатов протеинкиназами и протеинфосфатазами расточительно в плане расхода энергии — так как их совместное действие потребляет ATP, — но это необходимое условие эффективного регулирования путем фосфорилирования.

Обсудите следующие задачи

3.7. Обсудите следующее утверждение. «На создание набора, включающего по одной молекуле каждого возможного вида полипептидной цепи длиной 300 аминокислот, ушло бы больше атомов, чем существует во Вселенной». Принимая во внимание размеры Вселенной, считаете ли вы, что данное высказывание в принципе может быть верным? Так как подсчет числа атомов — мудреное дело, рассмотрим эту задачу с точки зрения массы. Масса обозримой части Вселенной оценивается

Глава 3. Белки 291

примерно в 1080 граммов, плюс-минус один-два порядка величины. Если принять среднюю массу аминокислоты равной 110 дальтон, то какова была бы масса одной молекулы каждого возможного вида полипептидной цепи длиной 300 аминокислот? Превышает ли она массу Вселенной?

3.8.Общепринятая методика идентификации белков, состоящих в дальнем родстве, заключается в следующем: по базе данных с использованием короткой сигнатурной последовательности, наличие которой свидетельствует об определенной функции белка. Почему лучше проводить поиск по короткой последовательности,

ане по длинной? Разве не будет больше вероятность искомого события при совпадении длинных последовательностей из базы данных?

3.9.Так называемый мотив kelch состоит из четырехцепочечного β-листа, который образует структуру, известную под названием β-пропеллера. Обычно он повторяется четыре-семь раз, образуя тем самым повторяющийся домен kelch

вмногодоменном белке. Один из таких повторяющихся доменов kelch изображен на рис. Q3.1. Как бы вы классифицировали этот домен — как домен «встроенного» или «съемного» типа?

3.10.Титин, обладающий молекулярной массой 3·106 дальтон, является наиболее крупным из доселе описанных полипептидов. Молекулы титина простираются от толстых мышечных волокон к телофрагме; они, как думают, действуют подобно пружинам, поддерживающим толстые волокна сосредоточенными в саркомере. Титин состоит из большого числа повторяющихся последовательностей иммуноглобулина (Ig) длиной 89 аминокислот, каждая из этих последовательностей свернута

вдомен длиной около 4 нм (рис. Q3.2, а).

Вы подозреваете, что подобное пружине поведение титина обусловлено последовательным разворачиванием (и сворачиванием) отдельных доменов Ig. Вы проверяете эту гипотезу, используя атомно-силовой микроскоп, который позволяет ухватиться за один конец белковой молекулы и тянуть за него с точно измеряемой силой. Для фрагмента титина из семи повторяющихся доменов Ig этот эксперимент дает пилообразную кривую сила–растяжение, представленную на рис. Q3.2, б. При повторении данного эксперимента в растворе 8 М мочевины (денатуратор белков) пики не появляются, а измеряемое растяжение становится намного сильнее при тех же растягивающих усилиях. Если эксперимент повторяется после введения в белок поперечных сшивок путем его обработки глутаральдегидом, пики так же отсутствуют, но растяжение становится намного меньше при заданных растягивающих усилиях.

A. Согласуются ли эти данные с выдвинутой вами гипотезой о том, что пружиноподобное поведение титина обусловлено последовательным разворачиванием отдель-

ных доменов Ig? Объясните ход ваших рассуждений.

B. Соответствует ли величина растяжения, вызванного каждым предполагаемым

Рис.Q3.1.ПовторяющийсядоменkelchгалактооксидазыуD.dendroides(кзадаче3.9).Обозначенывсесемь отдельных β-пропеллеров. N- и C-концы обозначены, соответственнобуквамиNиC.

292 Часть 1. Введение в мир клетки

Рис.Q3.2.Пружиноподобныесвойстватитина (к задаче 3.10). а) Структура отдельного Ig домена.б)Графикзависимостирастяжения (внанометрах)отсилы(впиконьютонах),по- лученныйспомощьюатомно-силовоймикро- скопии.

событием разворачивания домена,

вашим ожиданиям? (В растянутой

полипептидной цепи аминокислоты расположены с интервалом 0,34

нм.)

C. Почему каждый последую-

щий пик на рис. Q3.2, б немного выше предыдущего?

D. Почему сила снижается столь резко после каждого пика?

3.11. Часто говорят, что белковые комплексы состоят из субъединиц (то есть, синтезируемых по отдельности белков), а не построены в виде единого длинного белка, потому что в первом случае они с большей вероятностью дадут правильную конечную структуру.

A.Исходя из допущения о том, что аппарат белкового синтеза включает одну неправильную аминокислоту на каждые 10 000 им вставляемых, вычислите долю бактериальных рибосом, которые были бы собраны правильно, если бы белки синтезировались в виде одного большого белка и если бы они строились из отдельных белков? При расчете исходите из допущения о том, что рибосома состоит из 50 белков, каждый по 200 аминокислот в длину, и что субъединицы — правильные

инеправильные — собираются в полную рибосому с равной вероятностью. [Веро-

ятность того, что полипептид будет сделан правильно, PC, равна доле правильных за каждую операцию, fC, возведенную в степень, равную числу операций, n: PC =

=(fC)n. При частоте появления ошибок 1/10 000, fC = 0,9999.]

B.Правдоподобно ли допущение о том, что правильные и неправильные субъединицы собираются в рибосому одинаково хорошо? Обоснуйте свой ответ. Как бы изменение этого допущения на противоположное повлияло на результат вычислений в части A?

3.12. Вирус саркомы Рауса (RSV) несет в себе онкоген с названием Src, который кодирует непрестанно активную тирозиновую протеинкиназу и тем самым способствует неконтролируемой пролиферации клеток. Обычно белок Src несет присоединенную группу жирной кислоты (миристоилат), которая позволяет ему связываться с цитоплазматической стороной плазматической мембраны. Мутантный вариант Src, к которому присоединение миристоилата невозможно, не связывается с мембраной. Заражение клеток вирусом, кодирующим как нормальную, так и мутантную форму Src, ведет к одинаково высокому уровню активности тирозиновой протеинкиназы, но вирус с мутантным белком Src не вызывает пролиферации клеток.

A.Основываясь на допущении о том, что нормальный Src весь связан с плазматической мембраной, а мутантный Src распределен по всей цитоплазме, вычислите их относительные концентрации вблизи плазматической мембраны. Для этого расчета предположите, что клетка имеет форму сферы радиусом 10 мкм и что мутантный Src распределен по всему внутреннему пространству, тогда как нормальный Src

Рис. Q3.3. S-образная кривая зависимости доли связанной тмРНК от концентрации

SmpB(кзадаче3.14).

Глава 3. Белки 293

ограничен слоем толщиной 4 нм, непосредственно примыкающим к мембране. [Для решения этой задачи допустите, что мембрана не имеет толщины. Объем сферы равен (4/3)pr3.]

B. Мишень (X) для фосфорилирования белком Src пребывает в мембране. Объясните, почему мутантный Src не вызывает разрастания клеток.

3.13.Некоторое антитело связывается с другим белком с константой равновесия K = 5·109 (моль/литр)–1. Когда оно связывается со вторым, родственным первому, белком, оно образует на три водородные связи меньше, в силу чего константа связывания уменьшается на 2,8 ккал/моль. Какова величина K связывания антитела со вторым белком? (Изменение свободной энергии связано с константой равновесия уравнением G° = –2,3RT lg K, где R равна 1,98·10–3 ккал/(моль·K),

аT равна 310 K.)

3.14.Белок SmpB связывается с опреде-

ленными видами тРНК, а именно тмРНК, с тем чтобы удалять неполные белки, кодируемые укороченными (truncated — отсюда: тмРНК) молекулами мРНК бактерий. Если связывание SmpB с тмРНК представить графически в виде зависимости доли связанных молекул тмРНК от концентрации SmpB, то получается симметричная S-образная кривая наподобие изображенной на рис. Q3.3. Эта кривая представляет собой графическое отображение очень полезной зависимости между Kd и концентрацией и поэтому часто используется. Общее выражение для доли связанно-

го лиганда выводится из уравнения для Kd

(Kd = = [Pr][L]/[Pr–L]) путем подстановки

([L]TOT – [L]) вместо [Pr–L] и последующей

перестановки. Поскольку общая концентрация лиганда ([L]TOT) равна сумме таковых для свободного лиганда ([L]) и связанного лиганда ([Pr–L]), имеем

доля связанного = [L]/[L]TOT = [Pr]/([Pr] + Kd).

Для SmpB и тмРНК

доля связанного = [тмРНК]/[тмРНК]TOT = [SmpB]/([SmpB] + Kd).

Используя эти соотношения, вычислите долю связанной тмРНК при концен-

трации SmpB, равной 104Kd, 103Kd, 102Kd, 101Kd, Kd, 10–1Kd, 10–2Kd, 10–3Kd

и 10–4Kd.

3.15. Многие ферменты подчиняются простой кинетике Михаэлиса – Ментен, выражаемой в общем виде уравнением

скорость = Vmax[S]/([S] + Km),

где Vmax — максимальная скорость, [S] — концентрация субстрата, а Km — константа Михаэлиса.

294 Часть 1. Введение в мир клетки

Было бы весьма поучительно подставить несколько значений [S] в это уравнение, чтобы увидеть, как данная величина влияет на скорость. Каковы скорости при [S], равной нулю, Km и бесконечности?

3.16. Фермент гексокиназа присоединяет фосфат к D-глюкозе, но игнорирует ее зеркальное отображение — L-глюкозу. Предположим, что вам удалось синтезировать гексокиназу исключительно из D-аминокислот, которые являются зеркальным отображением нормальных L-аминокислот.

A. Опираясь на допущение о том, что фермент «D» свернется в устойчивую конформацию, какое отношение, можно ожидать, он составит к нормальному ферменту «L»?

B. Предполагаете ли вы, что фермент «D» займется присоединением фосфата к L-глюкозе, игнорируя при этом D-глюкозу?

3.17. Каким, по вашему предположению, образом молекула гемоглобина способна эффективно связывать кислород в легких и при этом эффективно высвобождать его в тканях?

3.18. Синтез пуриновых нуклеотидов АМP и GMP идет по разветвленному пути, начинающемуся с рибозо-5-фосфата (R5P), как схематично показано на рис. Q3.4. Опираясь на принципы ингибирования по типу обратной связи, предложите такую стратегию регулирования этого пути, которая обеспечила бы адекватное снабжение как АМP, так и GMP и минимизировала бы при этом накопление промежуточных продуктов (A–I) при достаточных запасах АМP и GMP.

Рис.Q3.4.СхемаметаболическогопутисинтезаАМРиGMPизрибозо-5-фосфата(R5P)(кзадаче3.18).

Литература

Общая

Berg J. M., Tymoczko J. L. & Stryer L. (2006) Biochemistry, 6th ed. New York: WH Freeman.

Branden C. &Tooze J. (1999) Introduction to Protein Structure, 2nd ed. New York: Garland Science.

Dickerson, R. E. (2005) Present at the Flood: How Structural Molecular Biology Came About. Sunderland, MA: Sinauer

Kyte J. (2006) Structure in Protein Chemistry. New York: Routledge.

Petsko G. A. & Ringe D. (2004) Protein Structure and Function. London: New Science Press.

Perutz M. (1992) Protein Structure: New Approaches to Disease and Therapy. New York: WH Freeman.

Форма и структура белков

Anfinsen C. B. (1973) Principles that govern the folding of protein chains. Sci- ence 181: 223–230.

Глава 3. Белки 295

Bray D. (2005) Flexible peptides and cytoplasmic gels. Genome Biol. 6: 106–

109.

Burkhard P., Stetefeld J. & Strelkov S. V. (2001) Coiled coils: a highly versatile protein folding motif. Trends Cell Biol. 11: 82–88.

Caspar D. L. D. & Klug A. (1962) Physical principles in the construction of regular viruses. Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 27: 1–24.

Doolittle R. F. (1995) The multiplicity of domains in proteins. Annu. Rev. Biochem. 64: 287–314.

Eisenberg D. (2003) The discovery of the alpha-helix and beta-sheet, the principle structural features of proteins. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100: 11207–11210.

Fraenkel-Conrat H. & Williams R. C. (1955) Reconstitution of active tobacco mosaic virus from its inactive protein and nucleic acid components. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 41: 690–698.

Goodsell D. S. & Olson A. J. (2000) Structural symmetry and protein function.

Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 29: 105–153.

Harrison S. C. (1992) Viruses. Curr. Opin. Struct. Biol. 2: 293–299. Harrison S. C. (2004) Whither structural biology? Nature Struct. Mol. Biol.

11: 12–15.

Hudder A., Nathanson L. & Deutscher M. P. (2003) Organization of mammalian cytoplasm. Mol. Cell Biol. 23: 9318–9326.

International Human Genome Sequencing Consortium (2001) Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature 409: 860–921.

Meiler J. & Baker D. (2003) Coupled prediction of protein secondary and tertiary structure. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100: 12105–12110.

Nomura M. (1973) Assembly of bacterial ribosomes. Science 179: 864–873. Orengo C. A. & Thornton J. M. (2005) Protein families and their evolution—a struc-

tural perspective. Annu. Rev. Biochem. 74: 867–900.

Pauling L. & Corey R. B. (1951) Configurations of polypeptide chains with favored orientations around single bonds: two new pleated sheets. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 37: 729–740.

Pauling L., Corey R. B. & Branson H. R. (1951) The structure of proteins: two hydrogen-bonded helical configurations of the polypeptide chain. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 37: 205–211.

Ponting C. P., Schultz J., Copley R. R. et al. (2000) Evolution of domain families.

Adv. Protein Chem. 54: 185–244.

Trinick J. (1992) Understanding the functions of titin and nebulin. FEBS Lett.

307:44–48.

Vogel C., Bashton M., Kerrison N. D. et al. (2004) Structure, function and evolu-

tion of multidomain proteins. Curr. Opin. Struct. Biol. 14: 208–216.

Zhang C. & Kim S. H. (2003) Overview of structural genomics: from structure to function. Curr. Opin. Chem. Biol. 7: 28–32.

Функции белков

Alberts B. (1998) The cell as a collection of protein machines: preparing the next generation of molecular biologists. Cell 92: 291–294.

Benkovic S. J. (1992) Catalytic antibodies. Annu. Rev. Biochem. 61: 29–54. Berg O. G. & von Hippel P. H. (1985) Diffusion-controlled macromolecular in-

teractions. Annu. Rev. Biophys. Chem. 14: 131–160.

296 Часть 2. Основные генетические механизмы

Bhattacharyya R. P., Remenyi A., Yeh B. J. & Lim W. A. (2006) Domains, motifs, and scaffolds: The role of modular interactions in the evolution and wiring of cell signaling circuits. Annu. Rev. Biochem. 75: 655–680.

Bourne H. R. (1995) GTPases: a family of molecular switches and clocks. Philos

Trans. R. Soc. Lond. B. 349: 283–289.

Braden B. C. & Poljak R. J. (1995) Structural features of the reactions between antibodies and protein antigens. FASEB J. 9: 9–16.

Dickerson R. E. & Geis I. (1983) Hemoglobin: Structure, Function, Evolution and Pathology. Menlo Park, CA: Benjamin Cummings.

Dressler D. & Potter H. (1991) Discovering Enzymes. New York: Scientific American Library.

Eisenberg D., Marcotte, E. M., Xenarios I. & Yeates T. O. (2000) Protein function in the post-genomic era. Nature 405: 823–826.

Fersht A. R. (1999) Structure and Mechanisms in Protein Science: A Guide to Enzyme Catalysis. New York: WH Freeman.

Johnson, L. N. & Lewis R. J. (2001) Structural basis for control by phosphorylation. Chem. Rev. 101: 2209–2242.

Kantrowitz E. R. & Lipscomb W. N. (1988) Escherichia coli aspartate transcarbamoylase: the relation between structure and function. Science 241: 669–674.

Khosla C. & Harbury P. B. (2001) Modular enzymes. Nature 409: 247–252. Kim E. & Sheng M. (2004) PDZ domain proteins of synapses. Nature Rev.

Neurosci. 5: 771–781.

Koshland D. E., Jr. (1984) Control of enzyme activity and metabolic pathways.

Trends Biochem. Sci. 9: 155–159.

Kraut D. A., Carroll K. S. & Herschlag D. (2003) Challenges in enzyme mechanism and energetics. Annu. Rev. Biochem. 72: 517–571.

Krogan N. J., Cagney G., Yu H. et al. (2006) Global landscape of protein complexes in the yeast Saccharomyces cerevisisae. Nature 440: 637–643.

Lichtarge O., Bourne H. R. & Cohen F. E. (1996) An evolutionary trace method defines binding surfaces common to protein families. J Mol Biol 257: 342–358.

Marcotte E. M., Pellegrini M., Ng H. L. et al. (1999) Detecting protein function and protein-protein interactions from genome sequences. Science 285: 751–753.

Monod J., Changeux J. P. & Jacob F. (1963) Allosteric proteins and cellular control systems. J. Mol. Biol. 6: 306–329.

Pawson T. & Nash P. (2003) Assembly of regulatory systems through protein interaction domains. Science 300: 445–452.

Pavletich N. P. (1999) Mechanisms of cyclin-dependent kinase regulation: structures of Cdks, their cyclin activators, and Cip and INK4 inhibitors. J. Mol. Biol. 287: 821–828.

Pellicena P. & Kuriyan J. (2006) Protein-protein interactions in the allosteric regulation of protein kinases. Curr. Opin. Struct. Biol. 16: 702–709.

Perutz M. (1990) Mechanisms of Cooperativity and Allosteric Regulation in Proteins. Cambridge: Cambridge University Press.

Raushel F., Thoden, J. B. & Holden H. M. (2003) Enzymes with molecular tunnels.

Acc. Chem. Res. 36: 539–548.

Radzicka A. & Wolfenden R. (1995) A proficient enzyme. Science 267: 90–93. Sato T. K., Overduin M. & Emr S. (2001) Location, location, location: Membrane

targeting directed by PX domains. Science 294: 1881–1885.

Глава 3. Белки 297

Schramm V. L. (1998) Enzymatic transition states and transition state analog design. Annu. Rev. Biochem. 67: 693–720.

Schultz P. G. & Lerner R. A. (1995) From molecular diversity to catalysis: lessons from the immune system. Science 269: 1835–1842.

Vale R. D. & Milligan R. A. (2000) The way things move: looking under the hood of molecular motor proteins. Science 288: 88–95.

Vocadlo D. J., Davies G. J., Laine R. & Withers S. G. (2001) Catalysis by hen egg-white lysozyme proceeds via a covalent intermediate. Nature 412: 835–838.

Walsh C. (2001) Enabling the chemistry of life. Nature 409: 226–231.

Yang X. J. (2005) Multisite protein modification and intramolecular signaling. Oncogene 24: 1653–1662.

Zhu H., Bilgin M. & Snyder M. (2003) Proteomics. Annu. Rev. Biochem. 72: 783–812.