- •1.Перечислите предпосылки появления нанотехнологии
- •3.Инструментарий нанотехнологии
- •4.Основные проблемы нанотехнологии и пути их решения
- •5.Уровни научного познания в применении к нанотехнологиям
- •6. Общие принципы компьютерного моделирования
- •7. Типы моделей «белый ящик», «черный ящик», «серый ящик
- •8. Принципиальные подходы вычислительной нанотехнологии
- •9. Основные принципы моделирования молекулярных систем в молекулярной механике
- •10. Потенциальная энергия молекулы в молекулярной механике
- •11. Энергия слабых связей в молекулярной механике
- •12. Методы поиска равновесных структур в молекулярной механике
- •13. Методы упрощения, применяемые в молекулярной механике
- •14. Достоинства и недостатки методов молекулярной механики
- •15. Область применимости молекулярной динамики
- •16. Базовые законы молекулярно-динамического моделирования
- •17. Выбор шага по времени в молекулярной динамике
- •18. Методы ограничения областей в молекулярной динамике
- •19.Методы учёта энергообмена с внешней средой в молекулярной динамике
- •20. Достоинства и недостатки молекулярной динамики
- •21. Стохастический принцип моделирования в методах Монте-Карло
- •22. Алгоритм Метрополиса
- •23. Процесс Маркова
- •24. Достоинства и недостатки моделирования методами Монте-Карло
- •25. Механизмы образования супрамолекулярных связей
- •26. Водородная связь в супрасистемах
- •27. Электростатические взаимодействия в супрасистемах
- •28. Ван-дер-ваальсовы взаимодействия в супрасистемах
- •29. Достоинства супрамолекулярных систем
- •30. Самоорганизация сложных систем
- •31. Самосборка как пример самоорганизации в нанотехнологии. Факторы, определяющие самосборку
- •32. Общие признаки пакетов моделирования молекулярных систем
- •33. Процедура проведения квантовохимического моделирования
- •34. Проведите общий обзор программного обеспечения моделирования наносистем
23. Процесс Маркова
Наиболее широкое использование метод МК получил при решении вычислительных проблем в расчетах методами равновесной статистической механики (СМ). Области расчетов при обоих подходах связаны со статистикой и усреднением. В статистической механике равновесных систем представляет интерес генерация состояний равновесного статистического ансамбля, чтобы можно было численно рассчитать средние значения физических свойств.
«Блуждание» к равновесию от произвольно выбранного начального состояния осуществляется посредством процесса Маркова. Это стохастический переход системы из состояния i в момент времени t в состояние j в момент времени. Вероятности будущих состояний определяются значениямивероятностей самых последних переходов, а не только того, который привел систему в данное состояние. Под «блужданием» подразумевается переход из одного состояния системы в другое посредством некоторого случайного процесса.
Далее процесс Маркова используется для генерации состояний равновесного статистического ансамбля. Если «блуждание» осуществляется таким образом, что любое состояние системы находится в пределах условий эргодичности, и такие переходы происходят достаточно долго, то после некоторого времени система приходит в равновесное состояние. Тогда становится возможным проводить необходимые статистические расчеты.
Требование эргодичности в данном случае означает, что все состояния системы в принципе могут быть достижимы при достаточно длительном времени наблюдения.
24. Достоинства и недостатки моделирования методами Монте-Карло
В методах Монте-Карло случайным образом генерируются различные варианты конфигурации системы, образующие статистический ансамбль, описываемый распределением Больцмана. В качестве внешнего параметра выступает температура. Вообще, предполагается, что результаты вычислений должны как можно ближе отражать реальность. Методы Монте-Карло позволяют определить самое выгодное в энергетическом отношении пространственное строение молекул, а также оценить их термодинамические характеристики.
МК-моделировании просто создают относительно большие движения системы и определяют, действительно ли измененная структура энергически возможна при моделируемой температуре. Этот метод позволяет «перепрыгивать» через энергетические барьеры без затрат времени на их преодоление.
МК-метод точечно сканирует конформационное пространство молекулы без построения действительной временной «траектории», поэтому он не может дать информацию о численных временных зависимостях, т.е. о динамике системы. Однако он намного лучше подходит для расчета термодинамических характеристик молекул, например, спектра возможных конформаций и их энергий.
25. Механизмы образования супрамолекулярных связей
Среди многочисленных нанообьектов заметную роль играют молекулярные агрегаты (супраструктуры).функционирующие как единое целое и образованные за счет нековалентных межмолекулярных взаимодействий. Ядром супрамолекулярной химии стала концепция молекулярного распознавания -способность комплементарных молекул селективно, т. е. избирательно и направленно взаимодействовать друг с другом. Под взаимодействием в данном случае понимают выполнение каких-либо функций, среди которых важнейшими можно назвать: формирование супраструктур, катализ химических реакций и транспорт веществ.
Задачей супрамолекулярной химии является изучение самопроизвольно формирующихся и функционирующих молекулярных структур, образованных с участием невалентных взаимодействий. Основной целью супрамолекулярной химии как направления нанотехнологии является научиться управлять свойствами вещества, осуществляя контроль структуры на молекулярном уровне. По числу молекул, участвующих в самосборке, выделяют би-. три-, олиго- и многокомпонентные ассоциаты. Ассоциаты, состоящие из небольшого фиксированного числа молекул и имеющие определенные размеры и форму, принято называть также супермолекулами. Наряду с супермолекулами выделяют супрамолекулярные ансамбли, которые часто образуют организованную (мезоморфную) фазу, имеющую форму пленки, мицелл, везикул, жидкого или твердого кристалла. Степень упорядочения молекул в мезофазе варьируется в зависимости от их концентрации, температуры, свойств растворителя и других условий.
Движущей силой самосборки молекул в супраструктуры являются невалентные межмолекулярные взаимодействия:
•координационные и водородные связи; •электростатические силы;
•ван-дер-ваальсовы силы;
•гидрофобные силы;
•другие силы.