27 Октября 1994 г. Член правления апр а.Назарчук был назначен министром сельского хозяйства (оставался им до конца 1995 г.).

На состоявшемся 26 мая 1995 г. пленуме ЦС АПР был одобрен проект предвыборной платформы избирательного объединения АПР, подтверждено решение о самостоятельном участии аграриев в парламентских выборах — с оговоркой, что в одномандатных округах представители АПР будут заключать соглашения с КПРФ и другими представителями левых сил.

В июне 1995 г. АПР отвергла предложения Ивана Рыбкина идти на выборы в составе единого «левоцентристского блока».

На состоявшемся 5 сентября 1995 г. IV (внеочередном) съезде Аграрной партии России был утвержден общефедеральный список избирательного объединения «АПР». Съезд также утвердил предвыборную платформу, а также принял решение о выводе из Правления АПР И.Рыбкина (который, однако, остался рядовым членом партии до марта 1996).

На выборах в Государственную Думу 17 декабря 1995 г. АПР не преодолела 5-процентный барьер, получив 2.613.127 голосов (3,78%).

По мажоритарным округам в Государственную Думу прошло 20 выдвиженцев АПР. Совместно с КПРФ, делегшировавшей своих депутатов, аграрии сформировали в Думе Аграрную депутатскую группу (АДГ, 37 депутатов), руководителем которой стал Н. Харитонов.

На президентских выборах 1996 года АПР поддерживала кандидатуру Геннадия Зюганова.

В августе 1996 г. Аграрная партия вошла в Народно-Патриотический союз России (НПСР).

На V съезде АПР, прошедшем 22-23 марта 1997 г., былподтверждены полномочия председателя партии М.Лапшина, а также избран новый состав руководящих органов партии.

На VI съезде АПР 26 февраля 1998 года была принята новая редакция партийного устава. На съезде были вновь подтверждены полномочия: председателя АПР М. Лапшина, его заместителей, членов Центрального Совета и Правления ЦС, председателя и членов ЦКРК.

В июне 1998 председатель АПР М. Лапшин был избран депутатом Государственной Думы на выборах по вакантному округу в Горном Алтае.

Осенью 1998 г. АПР приняла участие в формировании правительственного кабинета во главе с Евгением Примаковым, АПР получила пост вице-премьера, который занял Геннадий Кулик.

1 октября 1998 г. на пленуме Центрального Совета АПР принято решение выступать на парламентских выборах 1999 г. самостоятельно и приступить к формированию списков кандидатов по партийным спискам и одномандатным округам.

20 марта 1999 г. VII съезд АПР одобрил решение участвовать в выборах в Думу в декабре 1999 года самостоятельным списком. М. Лапшин переизбран председателем партии.

Убедившись в неспособности КПРФ сколь нибудь эффективно влиять на ситуацию в сельском хозяйстве, на съезде АПР в августе 1999 г., рассмотрев и одобрив предвыборную платформу Евгения Примакова, было принято решение войти в возглавляемый им предвыборный блок “Отечество” - “Вся Россия”. Несогласная с этим группа Н. Харитонова покинула съезд и заявила о намерении идти в Думу по списку КПРФ или блока «За победу!».

24 марта 2001 года состоялся IX отчетно-выборный съезд АПР, который подвел итоги проделанной работы и избрал новый состав руководящих органов партии. Председателем АПР был избран Михаил Лапшин. Съезд избрал также Центральный Совет в количестве 182 человек. На организационном пленуме ЦС АПР избрано Правление ЦС и заместители Председателя в количестве 7 человек.

После вступления в силу федерального Закона “О политических партиях” в декабре 2001 г. состоялся Х (преобразовательный) съезд. Делегаты приняли решение о придании статуса политической партии общероссийской общественной организации “Аграрная партия России”. Съезд избрал Председателем партии М. Лапшина и новый состав Центрального Совета в количестве 195 человек.

31 мая 2002 г. АПР получала официальную регистрацию в Министерстве юстиции РФ как политическая партия (свидетельство № 5025).

На ноябрьском 2002 года Пленуме Центрального Совета АПР были подведены итоги преобразования АПР в политическую партию и принято решение о самостоятельном участии в выборах в Государственную Думу ФС РФ 4-го созыва.

1 марта 2003 г. прошли торжественные мероприятия, посвященные 10-летию АПР. В адрес партии поступили поздравления от политических организаций России, СНГ и Европы.

Пленум ЦС АПР, состоявшийся 31 мая 2003 г., принял решение идти на выборы в Госдуму 4-го созыва самостоятельно.

9 сентября 2003 года на XI внеочередном съезде Аграрной партии России принята предвыборная платформа и утвержден список кандидатов в депутаты Государственной Думы. В центральный список были включены 17 кандидатов, который возглавили Лапшин М.И., Назарчук А.Г., Чепа А.В. Состав списка, порядок его формирования вызвал на съезде бурную дискуссию, критическую волну в региональных отделениях, что не могло не сказаться на результатах выборов.

На выборах 7 декабря 2003 года АПР смогла получить только 2,2 млн. голосов, или 3,64% от общего числа проголосовавших. От АПР в Государственную Думу прошли только два депутата: Плотников В.Н. и Харитонов Н.М.

8 апреля 2004 года – XII-й отчетно-выборный съезд АПР. Делегаты бурно и остро обсуждали ситуацию в партии, результаты выборов в Государственную Думу России. На съезде тайным голосованием Председателем АПР был избран Плотников В.Н. Съезд принял решение провести второй этап работы осенью 2004 года, подготовив изменения и дополнения в Программу партии и Устав.

9 октября 2004 года в Москве состоялся второй этап XII съезда АПР, на котором были приняты изменения и дополнения в Программу и Устав АПР.