2. Редактирование структурных химических формул в программе ChemDraw

2.1 Графический интерфейс программы ChemDraw Ultra 9.0

Программа ChemDraw, являющаяся одним из компонентов интегрированного пакета программных средств ChemOffice, предназначена для двумерного изображения молекулярных структур, и относится к так называемым двумерным химическим редакторам. Она позволяет отображать на плоскости молекулярные структуры любой сложности, записывать уравнения реакции, именовать молекулы и преобразовывать их в дальнейшем в трехмерные модели Chem3D.

На рис.2.1 показано рабочее окно программы.

Главное меню

Главная панель

Контрольная панель

рис.2.1 Рабочее окно программы ChemDraw Ultra 9.0

2.2 Обзор важнейших элементов главной панели

Изменение масштаба окна отображения молекулярных структур осуществляется с помощью кнопок (Zoom).

Для перемещения выделенных объектов на передний/задний план используйте кнопки (Bring to front/Send to back)(КМ ГП - объект).

Кнопка (Cheeck Structure) проверяет выделенную молекулярную структуру на наличие ошибок, а кнопка (Clean Structure) проверяет соответствие молекулы обычным длинам связей и углам. Если соответствие отсутствует (особенно, когда молекула рисовалась вручную), то делаются необходимые изменения в ее структуре.

Остальные кнопки главной панели предназначены для настройки шрифта, размера шрифта, стиля букв и нижней и верхней индексации.

Установка панелей : меню/Вид/. . .

Одной из важных функций является возможность именовать молекулярные структуры по внешнему виду. Выделите молекулу, вызовите пункт главного меню Structure(Структура)/Convert Structure to name (Преобразовать структуру в название). После небольшой паузы программа выдаст название молекулы.

Для структуры программа выдаст название

Для форматирования фигуры, отдельного фрагмента или текста(цвет, шрифт и т.д.)выделить фрагмент, далее используйте пункты Главного меню Текст, Линии, Цвет или КМ-цвет.

Изменить связь в структуре на другую: выделите маркером связь, КМ – выберите в выкидном меню нужную связь и ее формат.

Добавить рамки:

Выделить текст или структуру.Меню- Объект- Добавить-Рамки. Форматируйте.(или Контр.Панель-рисование объектов, установите рамку, поверните, отформатируйте)

Иногда назвать сложные химические структуры затруднительно – здесь вам и придет на помощь ChemDraw.

Обратную операцию – преобразование имени в структуру(Convert Name to Structure) – можно вызвать из того же пункта главного меню Structure(Структура).

Например, (3-бром-фенил)-фенил-метанон (верно записанный по-английски (3-Bromo-phenyl)-phenyl-methanone

Или (3-bromophenyl)(phenyl)methanone программа нарисует структуру следующим образом:

Позднее эти и другие молекулярные структуры можно конвертировать в Chem3D простым копированием их из ChemDraw.

2.3 Обзор важнейших элементов контрольной панели

С помощью контрольной панели осуществляется процесс рисования большинства молекулярных структур.

Контрольную панель можно перетащить мышкой в любую часть окна.

• Кнопки (Selection) осуществляют выделение нарисованных молекул или их фрагментов с помощью прямоугольников или лассо.

В верхнем правом углу рамки выделения находится маркер(кривая стрелка) поворота фигуры. В нижнем правом углу рамки выделения находится маркер(стрелка) изменения размера фигуры

• Кнопка (Eraser)-ластик удаляет атомы/связи.

Кнопки связей (Bonds) предназначены для добавления различных связей (названия приведены не по химическому типу, а по виду отображения). Кратные связи:

• Полный комплект типов связей: Вид/Другие инструменты/Связи.

• Кнопка (Text)предназначена для ввода текста. Параметры шрифта и индексация настраиваются с помощью главной панели.

• Кнопка (Pen-карандаш)включает режим рисования векторной графики: сглаженной ломаной линии.

• Кнопка (Arrow) производит добавление всевозможных стрелок.

• Кнопка (Orbital)позволяет нарисовать различные электронные орбитали.

• Кнопка (Drawing Elements)добавляет различные элементы рисования: скобки, плоские фигуры, линии и др.

• Кнопка (Chemical Symbols)позволяет нарисовать особые химические символы (заряды ионов, значки радикалов и прочие).

• Кнопка (Atom to atom mapping) отображает соответствие реакционных центров молекул.

• Кнопка - рисование объектов.

• Кнопка - (Templates)шаблоны. Вызывает конте -кстное меню заготовок аминокислот, ароматических циклов, бициклов, конформеров и т.д. Все они могут быть вставлены в вашу работу для экономии времени.

• Кнопка (Acyclic Chain)- углеродная цепь, создает цепь с указанным числом звеньев.

Далее – стандартные автофигуры.