krysenko

10.Сучасна філогенетична систематика бактерій.Основні відділи.Відділ Proteobacteria.Класи протеобактерій.ДоменBacteria делится на 24 отдела:1)отдел В10-Цианобактериа включ.1 класс-Cianobacteria.2)отдел В12-Proteobacteria-большинство относ.к грам(-)бакт.класс-αproteobacteria,включ.порядки:Rodospiriales,Receciales,Rodobacteralis,целій ряд порядковRizobiales,сем.Rizobiacea,родRhizobium,сем.Brucellacea,родBrucella.Класс βproteobacteria,порядок Neiseriales,сем.Neiseriacea,порядокNitrozomonodales.Класс гаммаproteobacteria,порядок Xantomonodales,сем. Xantomonodacea.Порядок Psevdomonodales,сем.Psevdomonodacea,сем.Moracsellacea, порядок Vibrionales,сем.Vibrionacea,род Vibrio,порядок Enterobacteriales,сем.Enterobacteriacea,класс Deltaproteobacteria,порядок Delovibrionalis,род Delavibrio.Класс эпсиолмproteobacteria,порядок Campilobacteralis,сем.Campilobacteracea и Helicobacteracea.3)В13-Phirmicutes,классBacilli,порядок Bacellaces,сем.Bacellaceaи Distoriacea,сем.Staphilococcacea,порядок Lactobacellaris,сем.Lactobacillus,Streptococcacea,Enterococcacea.Класс Clostridia,порядок Clostridiales,сем.Clostridiacea,Peptostreptococcacea.Класс Mollicutes,порядок Micoplasmotales,Enteroplasmotales,Anaeroplasmotales,Ahollplasmotales.4)отдел В14-Bacteroidetes,класс Bacteroidea,порядок Bacteroidales,род Bacteroides(анаэробные бактерии).Класс Flavobacteria.6)В16-Hlamidia,пор.Hlamidiales,3 семейства.7)В17-Spirohetes,класс Spiroheta8)В19-Phirobacteria,класс Phirobacteria(анаэробные грам(+).9)В24-Actinobacteria,класс Actinobacteria.

1.Концепція доменів,бактерії,археї,еукарії.Роботи К.Вьозе.Работал в Университете Иллинойса в Урбана-Шампейн. По образованию физик. Смог найти «универсальную молекулу» (16S рРНК), которая присутствует у всех организмов и связана с синтезом белка. ОПЫТЫ ЕГО: Синтез белка происходит на рибосомах, причём у эукариот и прокариот в рибосомах разный набор молекул рРНК.Сначала Вёзе провёл опыты с 5S рРНК. Он обнаружил достаточно много гомологий, которые могли бы помочь составить филогенетическое древо, но 5S состоит из всего 121 нуклеотида, что крайне неинформативно.Тогда он обратил внимание на 16S рРНК. У неё обнаружился консервативный участок, который не меняется. Если в нём что-то изменить, то синтез белка уже не происходит. Остальная часть последовательности — это изменяющиеся участки.16S рРНК содержит 1500 нуклеотидов. Эта молекула оказалась очень удобной для сравнения нуклеотидных последовательностей и определения родства. Оказалось, что по молекулярным данным все организмы делятся на три основные группы —археи (архебактерии), бактерии (эубактерии) и эукариоты. Построенное на основании этихданных филогенетическое древо Карл Вёзе издал в 1985 году.Карл Вёзе первым высказал идею РНК мира(Мир РНК — гипотетический этап возникновения жизни на Земле, когда как функцию хранения генетической информации, так и катализхимических реакций выполняли ансамбли молекул рибонуклеиновых кислот. Впоследствии из их ассоциаций возникла современная ДНК-РНК-белковая жизнь, обособленная мембраной от внешней среды. Идея мира РНК была впервые высказана Карлом Вёзе в 1968 году, позже развита Лесли Оргелом (en:Leslie Orgel) и окончательно сформулирована Уолтером Гильбертом в 1986 годуДомены: В биологической систематике доме́н (или, иногда, надцарство, лат. Domain) — самый верхний уровень (ранг) группировки организмов в системе, включающий в себя одно или несколько царств.Термин был предложен в 1990 г. Карлом Вёзе, который разделил все живые организмы на три домена:•археи (Archaea)- (Галобактерии,Methanosarcina, Methanobacterium, Methanococcus,T.celer,Thermoproteus,Pyrodictium •бактерии (Bacteria)- (4 категории: Gracilicutes-грам-, Firmicutes-грам+,Tenericutes-эубакт без клет стенки,Mentosicutes- прокариоты)•эукариоты (Eukaryota)- (царства Протисты, грибы, растения и животные)Наиболее радикальное отличие от предыдущих систем состояло в том, что бактерии (прокариоты) были разделены на два таксона (археи и эубактерии), каждый из которых имел тот же ранг, что и эукариоты.Иногда эти три домена, а также вирусы (группу без ранга) объединяют в таксон Биота(Biota.]ранг которого иногда определяют как «наддомен», или «супердомен»отдельным доменом выделяют вирусы.2.понятиятаксоном,идентефикац,номенклатура. Систематика- применительна к систкмам классификации. Впервые понятие систематика в работах К.Линнея(1735г).Симпсон сказал: Систематика-научное исследование различных организмов,их разнообразие и взаимоотношения между ними.Завазин- Систематика-теория разнообразия организмов, которая изучает взаимосвязи между их группами.Систематика в широком смысле включает таксономию, классификацию,идентификацию,номенклатуру. Термин таксономия (греч.taxis)- расположение. Использовали как синоним слову систематика. На сегодня Т.- получила отдельный смысл. Стейнер- Т- наука о биологической классификации,2 задачи: 1Как можно более полно описать и идентифицировать основные таксономические единицы.2Разработать удобный способ систематического учета этих единиц.Мейер сказал:Т-теория и практика классификации организмов. Т. Включает 3 аспекта:Описание, Классификацию и Номенклатуру.Идентификация- отнесение вновь выделенных неизвестных организмов к отдельным классам уже существующей классификации.. Идентиф.-определение организма к определенному таксону.Таксон-группаорганизмов определ.ранга,которая обособлена для того чтобы ей можно было присвоить определенную категорию(Вид,Род,Семейство).Номенклатура-присвоение определенного названий каждой группе организмов, установленных классификаций.Номенклатура обеспечивает использование общепринятых названий организмов,что имеет своей целью исключить ошибки.Правила номенклатуры регламентируется МКНБ. Первичные попытки систематики(классификации) носили искусственный характер. Живые орг. Классифиц. По какому-то одному признаку. Было не практично, она не давала полноценного представления. Искусственная класс-в определенной степени имеет прикладное(практическое)значение. Это было до развития Эволюционной теории Дарвина.Появляется концепция Естественной системы(принцип эволюционного родства организмов)-Филогения(кто от кого произошел),для животных, но не для бактерий.

24.Загальна характеристика мікобактерій та актиноміцетів.Значення морфологічних ознак та хім..складу кл.стінок в таксономії цих бактерій.Микобактерии и акгиномицеты входят в_порядок Actinomycetales,, объединяющий микроорганизмы, способные к Ьбразованию ветвящихся и мицелиальных клеток. Порядок Actinomycetales включает 8 семейств (сем. Actinomycetaceae, Mycobacteriaceae, Nocardiaceae, Streptomycetaceae, Micromonosporaceae, Dermatophilaceae и др.). Патогенными для человека и животных являются некоторые виды сем. Mycobacteriaceae, вызывающие туберкулез и лепру, Actinomyceta­ceae, вызывающие актиномикоз, и Nocardiaceae, вызывающие нокарди- оз. Некоторые виды сем. Streptomycetaceae способны вызывать мицетомы кожи, подкожной клетчатки и слизистых оболочек человека, а отдельные микроорганизмы сем. Dermatophilaceae поражение кожи человека. Бифидобактерии, составляющие род Bifidobacterium сем. Actinomycetaceae, являются представителями нормальной микрофлоры кишечника человека. Некоторые виды рода Actinomyces этого же семейства часто выделяются из полости рта человека. Большинство микроорганизмов порядка Actinomycetales являются свободноживущими и обитают в почве и воде. Многие виды сем. Streptomycetaceae и Micromonosporaceae служат продуцентами антибио­тиков.

25.Археї:відкриття,таксономічні группи.Систематика та таксономія археїв,відмінність від інших організмів.Архе́и (лат. Archaea от др.-греч. ἀρχαῖος «извечный, древний, первозданный, старый») — домен живых организмов (по трёхдоменной системе Карла Вёзе наряду с бактериями и эукариотами). Археи представляют собой одноклеточные микроорганизмы, не имеющие ядра, а также каких-либо мембранных органелл.Ранее архей объединяли с бактериями в общую группу, называемую прокариоты (или царство Дробянки (лат. Monera)), и они назывались архебактерии, однако сейчас такая классификация считается устаревшей[1]: установлено, что археи имеют свою независимую эволюционную историю и характеризуются многими биохимическими особенностями, отличающими их от других форм жизни.В настоящее время архей подразделяют на 5 типов. Из этих групп наиболее изученными являются кренархеоты (лат. Crenarchaeota) и эвриархеоты (лат. Euryarchaeota). Классифицировать архей по-прежнему сложно, т.к. подавляющее большинство из них никогда не выращивались в лабораторных условиях и были идентифицированы только по анализу нуклеиновых кислот из проб, полученных из мест их обитания.Археи и бактерии очень похожи по размеру и форме клеток, хотя некоторые археи имеют довольно необычную форму, например, клетки Haloquadratum walsbyi плоские и квадратные. Несмотря на внешнее сходство с бактериями, некоторые гены и метаболические пути архей сближают их с эукариотами (в частности ферменты, катализирующие процессы транскрипции и трансляции). Другие аспекты биохимии архей являются уникальными, к примеру, присутствие в клеточных мембранах липидов, содержащих простую эфирную связь. Большая часть архей — хемоавтотрофы. Они используют значительно больше источников энергии, чем эукариоты: начиная от обыкновенных органических соединений, таких как сахара, и заканчивая аммиаком, ионами металлов и даже водородом. Солеустойчивые археи — галоархеи (лат. Haloarchaea) — используют в качестве источника энергии солнечный свет, другие виды архей фиксируют углерод, однако, в отличие от растений и цианобактерий (синезелёных водорослей), ни один вид архей не делает и то, и другое одновременно. Размножение у архей бесполое: бинарное деление, фрагментация и почкование. В отличие от бактерий и эукариот, ни один известный вид архей не формирует спор.Изначально археи считались экстремофилами, живущими в суровых условиях, таких как горячие источники и солёные озёра, однако потом они были обнаружены в самых различных местах, включая почву, океаны, болота и толстую кишку человека. Архей особенно много в океанах, и, возможно, планктонные археи являются самой многочисленной группой ныне живущих организмов. В наше время археи признаны важной составляющей жизни на Земле и играют роль в круговоротах углерода и азота. Ни один из известных представителей архей не является паразитом или патогенным организмом, однако часто они бывают мутуалистами и комменсалами. Некоторые представители являются метаногенами и обитают в пищеварительном тракте человека и жвачных, где очень многочисленны и помогают осуществлять пищеварение. Метаногены используются в производстве биогаза и очистке канализационных сточных вод, а ферменты экстремофильных микроорганизмов, сохраняющие активность при высоких температурах и в контакте с органическими растворителями, находят своё применение в биотехнологии.

3. Важливим кроком у розвитку систематики прокаріот з'явилося використання ознак, що дають інформацію про хімічну будову клітини: склад підстав ДНК, ДНК-ДНК- і ДНК— РНК-гомології, амінокислотна послідовність білків, будова рибосом, компонентів клітинної стінки і т.д.Перші запропоновані схеми класифікації бактерій були вкрай суб'єктивні. Це привело групу систематиків бактерій до використання іншого підходу для визначення ступеня подібності між прокаріотами — нумеричної систематики. В основі її лежать ідеї, сформульовані в середині XVIII в. французьким ботаніком М.Адансоном (1727—1806): усі ознаки об'єкта вважаються рівноцінними; при описі досліджуваного об'єкта використовується максимальна кількість ознак, які можуть бути вивчені й визначені; ступінь подібності встановлюється на підставі кількості співпадаючих ознак і виражається у вигляді коефіцієнта подібності. Останній для двох порівнюваних штамів одержують шляхом визначення відносини числа однакових ознак до загального числа вивчених ознак. Значення коефіцієнта подібності змінюється в діапазоні від 1 (повна ідентичність) до 0 (розбіжність по жодному вивченій ознаці).Класифікація, побудована на принципах М.Адансона, — трудомісткий процес, тому свій розвиток і практичний застосування вона одержала лише останнім часом у зв'язку з успіхами в області обчислювальної техніки. Переваги її складаються у формальнім усуненні елемента суб'єктивності, оскільки всі ознаки об'єкта ухвалюються рівноцінними. Однак очевидні і її слабкі сторони. Як правило, для оцінки подібності прокаріот використовують порядку 100 ознак, що становить приблизно 10% від кількості ознак, що визначають бактеріальний фенотип. Отже, ураховується тільки незначна частина ознак класифікуємого об'єкта.

Крім того, оскільки обсяг інформації постійно зростає, значення коефіцієнта подібності може мінятися убік збільшення ( при виявленні нових однакових ознак) або зменшення ( при збільшенні числа незбіжних ознак). Нумерична таксономія може бути корисна при оцінці ступеня подібності між таксонами невисокого рангу (види, роди), але прямого відношення до створення філогенетичної системи прокаріот не має.