- •Биофизическая химия Сборник примеров и задач
- •Оглавление
- •Введение
- •1. Термодинамическое описание биохимических реакций
- •1.1. Расчёт изменения свободной энергии химических реакций
- •1.2. Практические расчёты при описании биохимических реакций
- •Примеры решения задач
- •Теоретические вопросы для самоподготовки
- •2. Стехиометрические расчёты биотехнологических процессов
- •2.1. Стехиометрия и материальный баланс микробиологических процессов
- •2.2. Расчёт выхода биомассы на субстрат (источник углерода)
- •Значения γs и максимальные теоретические значения выхода биомассы для различных субстратов
- •Оценка теплового эффекта и свободной энергии некоторых процессов биосинтеза
- •Задачи для самостоятельного решения
- •Данные для решения задачи 1
- •Данные для решения задачи 2
- •Теоретические вопросы для самоподготовки
- •3. Ферментативная кинетика и катализ
- •3.1. Общая характеристика ферментов
- •3.2. Кинетическое описание ферментативных процессов
- •3.3. Различные типы координат, используемые для графического решения уравнения Михаэлиса–Ментен
- •3.4. Интегральная форма уравнения Михаэлиса–Ментен
- •3.5. Ингибирование ферментативных реакций
- •Кинетические схемы, основные формулы различных ферментативных процессов
- •Примеры решения задач
- •Задачи для самостоятельного решения
- •Теоретические вопросы для самоподготовки
- •Заключение
- •Приложение 1
- •Приложение 2 Константы диссоциации аминокислот, органических кислот и оснований
- •Константы диссоциации различных соединений при 25 °с
- •Приложение 3 Элементарный состав сухой биомассы микроорганизмов
- •Элементарный состав сухой биомассы микроорганизмов
- •Элементарный состав и восстановленность сухой биомассы микроорганизмов, выращенных в условиях непрерывного культивирования
- •Элементный состав и восстановленность сухой биомассы микроорганизмов различных типов дрожжей, выращенных в условиях непрерывного культивирования при лимитировании роста субстратом
- •Список литературы
- •Суясов Николай Александрович
2.2. Расчёт выхода биомассы на субстрат (источник углерода)
Материальный баланс не даёт достаточного представления об эффективности процесса роста и не позволяет сравнить рост на различных субстратах. В связи с тем, что органические субстраты используются микроорганизмами и как источники углерода, и как источники энергии, полный переход углерода субстрата в биомассу невозможен. Чтобы определить, насколько фактически достигнут максимально возможный выход биомассы при росте на данном субстрате, необходимо учитывать энергетический потенциал используемого субстрата.
Для характеристики запаса энергии субстрата предложено использовать понятие степени восстановленности углерода (s), определяемой как количество электронов, которые могут перейти к кислороду при полном окислении молекулы субстрата (доступные электроны).
Степень восстановленности γs является величиной, несущей в себе связь балансов вещества и энергии. Чтобы понять её смысл, запишем уравнение окисления органического вещества кислородом:
. (2.7)
Для данного вещества степень восстановленности можно рассчитать следующим образом:
γs = 4 + p – 2·n – 3·q.
Здесь может быть индивидуальным органическим соединением либо смесью соединений, в том числе биомассой клеток.
Аммиак в качестве продукта реакции выбран потому, что, во-первых, он весьма часто является источником азота для роста, во-вторых, азот в нём находится в электронной форме, близкой к той, которую он имеет в большей части макромолекул биомассы.
Если окисление происходит чисто химическим путём, то весь запас энергии органического вещества превращается в тепло. При биохимическом окислении с участием электрон-транспортных путёй часть энергии сохраняется в промежуточных носителях, а затем используется клеткой. Таким образом, процесс (2.7) является способом оценки общего количества биологически доступной энергии, заключённой в органических веществах.
Если количество потреблённого кислорода пропорционально γs, а выделившаяся энергия пропорциональна кислороду (с приблизительно постоянным коэффициентом), то γs оценивает запас энергии вещества в расчёте на 1 грамм-атом углерода.
Уравнение (2.7) не рассматривает детали процесса преобразования энергии в электрон-транспортных цепях, оно предназначено лишь для оценки энергетического запаса субстрата.
С учётом вышесказанного, максимальный теоретический выход биомассы по углероду и максимальный теоретический экономический коэффициент можно рассчитать по формулам:
, (2.8)
, (2.9)
где γs – степень восстановленности субстрата; γв – степень восстановленности биомассы; Мs – молекулярная масса субстрата из расчёта на один атом углерода; Мв – молекулярная масса биомассы из расчёта на один атом углерода.
В табл. 1 приведены значения γs для некоторых субстратов, так же приведёны значения максимально достижимого (теоретического) выхода биомассы по углероду и по массе. Величины и рассчитаны с учётом того, что степень восстановленности углерода в биомассе (γв) практически постоянна и равна 4,2.
Смысл формул (2.8) и (2.9) состоит в том, что в биомассе не может быть энергии больше, чем в использованном субстрате, и они выражают закон сохранения энергии. Величина не учитывает процессы катаболизма, обязательные для любого живого организма и направленные на получение энергии, которая впоследствии расходуется на синтез всех структурных компонентов клетки. Реальная величина экономического коэффициента Y является строго экспериментальной.
Таблица 1