- •Биофизическая химия Сборник примеров и задач
- •Оглавление
- •Введение
- •1. Термодинамическое описание биохимических реакций
- •1.1. Расчёт изменения свободной энергии химических реакций
- •1.2. Практические расчёты при описании биохимических реакций
- •Примеры решения задач
- •Теоретические вопросы для самоподготовки
- •2. Стехиометрические расчёты биотехнологических процессов
- •2.1. Стехиометрия и материальный баланс микробиологических процессов
- •2.2. Расчёт выхода биомассы на субстрат (источник углерода)
- •Значения γs и максимальные теоретические значения выхода биомассы для различных субстратов
- •Оценка теплового эффекта и свободной энергии некоторых процессов биосинтеза
- •Задачи для самостоятельного решения
- •Данные для решения задачи 1
- •Данные для решения задачи 2
- •Теоретические вопросы для самоподготовки
- •3. Ферментативная кинетика и катализ
- •3.1. Общая характеристика ферментов
- •3.2. Кинетическое описание ферментативных процессов
- •3.3. Различные типы координат, используемые для графического решения уравнения Михаэлиса–Ментен
- •3.4. Интегральная форма уравнения Михаэлиса–Ментен
- •3.5. Ингибирование ферментативных реакций
- •Кинетические схемы, основные формулы различных ферментативных процессов
- •Примеры решения задач
- •Задачи для самостоятельного решения
- •Теоретические вопросы для самоподготовки
- •Заключение
- •Приложение 1
- •Приложение 2 Константы диссоциации аминокислот, органических кислот и оснований
- •Константы диссоциации различных соединений при 25 °с
- •Приложение 3 Элементарный состав сухой биомассы микроорганизмов
- •Элементарный состав сухой биомассы микроорганизмов
- •Элементарный состав и восстановленность сухой биомассы микроорганизмов, выращенных в условиях непрерывного культивирования
- •Элементный состав и восстановленность сухой биомассы микроорганизмов различных типов дрожжей, выращенных в условиях непрерывного культивирования при лимитировании роста субстратом
- •Список литературы
- •Суясов Николай Александрович
Значения γs и максимальные теоретические значения выхода биомассы для различных субстратов
Субстрат |
γs |
Теоретический выход | |
по углероду*
|
по массе **
| ||
Метан |
8,0 |
1,9 |
2,92 |
Гексан |
6,3 |
1,5 |
2,65 |
Метанол |
6,0 |
1,43 |
1,10 |
Этанол |
6,0 |
1,43 |
1,53 |
Глюкоза |
4,0 |
0,95 |
0,78 |
Сахароза |
4,0 |
0,95 |
0,85 |
Уксусная кислота |
4,0 |
0,95 |
0,8 |
Щавелевая кислота |
1,0 |
0,24 |
0,13 |
* рассчитано по формуле (2.8); ** рассчитано по формуле (2.9)
Значений выходов, приведённых в табл. 1, достичь невозможно, так как часть энергии, выделяющейся при окислении субстрата, переходит в теплоту. На практике энергетический выход составляет не более 0,6÷0,7 от максимального. По энергетическому выходу можно сравнить эффективность роста микроорганизмов на различных субстратах.
2.3. Энергетическая эффективность процессов микробиологического синтеза
Наиболее часто в биохимии и динамике клеточных популяций используются две термодинамических характеристики – энтальпия (ΔH) и свободная энергия Гиббса (ΔG), которые описывают, соответственно, тепловой эффект и самопроизвольность реакции при постоянных температуре и давлении. Примеры ΔН0 и ΔG0кат. для ряда микробиологических процессов представлены в табл. 2.
Расчёт теплового эффекта. Стехиометрическое уравнение позволяет определить тепловой эффект брутто-процесса ферментации. В термохимических расчётах обычно используются стандартные теплоты образования реагентов ∆Н0f ,298, которые невелики по абсолютной величине, что увеличивает точность расчёта. В микробиологических процессах для расчёта ∆Н0298 используют уравнение:
, (2.10)
где (∆Н0f ,298)p – теплота образования продуктов, кДж/моль; (∆Н0f ,298)АСБ – теплота образования биомассы кДж/моль; (∆Н0f ,298)S – теплота образования субстратов, кДж/моль; n – общее количество субстратов; m – общее число продуктов метаболизма; νj – стехиометрический коэффициент для j-го продукта, моль; νi – стехиометрический коэффициент для i-го субстрата, моль.
Есть ещё один способ расчёта теплового эффекта, который может быть использоваться для аэробных процессов. Если известно количество молекулярного кислорода, израсходованного в брутто-реакции, то тепловой эффект (кДж) можно определить по формуле:
, (2.11)
где – количество израсходованного кислорода, моль; 460 – эмпирический коэффициент.
Таблица 2
Оценка теплового эффекта и свободной энергии некоторых процессов биосинтеза
Тип микро-организма |
Субстрат |
Стехиометрия биосинтеза* |
ΔН0, |
ΔG0,
|
Дрожжи |
н-С16Н34 |
– 24,8 |
– 24,7 | |
С2Н5ОН |
– 18,6 |
– 18,0 | ||
СН3СООН |
– 19,5 |
– 22,9 | ||
С6Н12О6 |
– 11,0 |
– 13,0 | ||
С6Н12О6 |
– 4,4 |
– 16,1 | ||
i-С3Н7ОН |
– 60,1 |
– 62,1 | ||
(=СНСООН)2 |
– 13,7 |
– 18,4 | ||
Бактерии |
СН4 |
– 34,2 |
– 30,5 | |
СН3ОН |
– 35,9 |
– 35,7 | ||
С6Н12О6 |
– 4,9 |
– 7,5 | ||
СО2, Н2 |
– 87,2 |
– 64,1 |
* без учёта потребления NH4OH – 0,0063 моль для дрожжей и 0,0069 моль для бактерий.
Расчёт свободной энергии. Изменение свободной энергии реакции катаболизма показывает, какое количество свободной энергии «имели в своём распоряжении и израсходовали» клетки в ходе размножения и роста популяции. ΔG считают для сравнения энергетической ценности субстратов (расчёт ведут на 1 моль субстрата).
В заключение следует отметить, что при расчётах теплового эффекта (ΔН) и изменения свободной энергии (ΔG) не учитывается превращение источника азота в азот биомассы, так как содержанием азота в биомассе невелико и им можно пренебречь.
Примеры решения задач
Пример 1. Составьте уравнение реакции анаболизма, катаболизма, брутто-реакции при аэробном культивировании биомассы дрожжей на питательной среде, содержащей в качестве источника азота NH4OH, углерода – глюкозу, а состав получаемой биомассы – , экономический коэффициент составляет 0,4.
Решение. 1. Составим уравнение анаболизма культивирования дрожжей на глюкозе:
.
Уравняем углерод в данной реакции. Поскольку в приведенной формуле состава биомассы нижние индексы соответствуют массовым долям элементов в составе биомассы, а расчёты необходимо выполнять на 1 г АСБ (абсолютно сухой биомассы), то в 1 г АСБ содержатся:
m (С) = 0,460 г;
m (Н) = 0,068 г;
m (N) = 0,088 г;
m (O) = 0,331 г.
Определим коэффициент а, который необходимо поставить перед глюкозой (расчёты производятся с точностью до пятого знака после запятой):
,
где m (C) – масса углерода в 1 г АСБ; ArC – относительная атомная масса углерода; 6 – количество атомов углерода в 1 моль глюкозы.
Таким образом,
Аналогично определяем коэффициент b перед аммиаком:
;
При уравнивании водорода учитываем водород во всех соединениях и определяем коэффициент перед водой:
;
Определим коэффициент перед кислородом:
.
Таким образом, уравнение анаболизма:
2. Составим уравнение катаболизма. Исходя из экономического коэффициента, определим количество молей глюкозы, которое пошло на катаболизм:
;
, тогда , следовательно,
;
= 0,0075 моль.
(180 – молекулярная масса глюкозы).
Таким образом, уравнение катаболизма:
;
.
3. Брутто-реакция составляется путём сложения уравнений катаболизма и анаболизма:
Пример 2. Определить ΔG0 и ΔН0 для реакций, составленных в примере 1.
Решение. Уравнение анаболизма:
Уравнение катаболизма:
Брутто-реакция:
Воспользуемся данными таблицы:
Соединение |
∆Нºf, кДж/моль |
∆Gºf, кДж/моль |
C6Н12О6 р-р |
–1265,3 |
–916,67 |
АСБ (1 г) |
–2,74 |
- |
Н2О ж |
–285,83 |
–237,23 |
СО2 г |
–393,51 |
–394,37 |
∆H0брутто-реакция
;
ΔH0брутто-реакция = 21,469 кДж;
= 21,55 кДж.
Пример 3. Составьте уравнение реакции анаболизма, катаболизма, брутто-реакции при аэробном культивировании биомассы дрожжей на питательной среде, содержащей в качестве источника азота NH4OH, углерода – С2Н5ОН, состав получаемой биомассы – C0,460H0,068N0,088O0,331. Известно, что при культивировании данного штамма микроорганизма на питательной среде, содержащей в качестве источника азота NH4OH, источника углерода – глюкозу, экономический коэффициент составляет 0,4. Принять допущение, что энергия диссипации при культивировании микроорганизмов не зависит от источника углерода, а определяется только видом микроорганизма. Для решения задачи воспользуйтесь справочными данными термодинамических величин, приведёнными в Приложении 1.
Решение. 1. Составим уравнение анаболизма аэробного культивирования биомассы дрожжей на глюкозе.
Уравняем углерод в реакции анаболизма. Поскольку в приведенной формуле состава биомассы (C0,460H0,068N0,088O0,331) нижние индексы соответствуют массовым долям элементов в составе биомассы, а расчеты необходимо выполнять на 1 г АСБ (абсолютно сухой биомассы), то в 1 г АСБ содержатся:
m (С) = 0,460 г;
m (Н) = 0,068 г;
m (N) = 0,088 г;
m (O) = 0,331 г.
Определим коэффициент а, который необходимо поставить перед глюкозой (расчёты производятся с точностью до пятого знака после запятой):
,
где ArC – относительная атомная масса углерода; 6 – количество атомов углерода в 1 моле глюкозы. Таким образом:
Аналогично определяем коэффициент b перед аммиаком:
.
.
При уравнивании водорода учитываем водород во всех соединениях и определяем коэффициент d перед водой:
.
.
Определим коэффициент перед c кислородом:
.
Таким образом, уравнение анаболизма:
Составим уравнение катаболизма. Исходя из экономического коэффициента определим количество молей глюкозы, которое пошло на катаболизм:
;
, тогда , следовательно,
;
.
(180 – молярная масса глюкозы).
Таким образом, уравнение катаболизма:
.
Брутто-реакция:
∆Gбрутто-реакции
Воспользуемся данными таблицы:
Соединение |
∆G°f, кДж/моль |
C6Н12О6 р-р |
–916,67 |
Н2О ж |
–237,23 |
СО2 г |
–394,37 |
Т
∆Gбрутто-реакции
∆Gбрутто-реакции кДж
2. Составим уравнение анаболизма культивирования дрожжей на этаноле (аналогично описанному ранее):
Составим уравнение катаболизма. Поскольку экономический коэффициент неизвестен, примем, что на реакцию будет израсходовано х моль этанола:
Брутто-реакция:
∆Gбрутто-реакции
Из справочника:
ΔG0образ (СО2)газ = –394,37 кДж/моль,
ΔG0образ (Н2О)жид = –237,23 кДж/моль,
∆Gбрутто-реакции
∆Gбрутто-реакции
По условию задачи, энергия диссипации при культивировании микроорганизмов не зависит от источника углерода, а определяется только видом микроорганизма. Это позволяет нам приравнять ∆G одной и другой брутто-реакций. Тогда:
, следовательно,
х = 0,01256.
Таким образом, уравнение катаболизма:
Брутто-реакция составляется путём сложения уравнений анаболизма и катаболизма:
Ответ: Уравнение анаболизма:
Уравнение катаболизма:
Брутто-реакция: