- •Содержание
- •Введение
- •Глава 1. Обзор литературы
- •1.1. Клетки крови
- •1.2. Экспериментальные методы
- •1.3. Моделирование светорассеяния
- •1.4. Обратная задача светорассеяния
- •Глава 2. Метод дискретных диполей
- •2.1. Обзор МДД
- •2.1.1. Введение
- •2.1.2. Общая формулировка
- •2.1.3. Разновидности МДД
- •2.1.3.1. Теоретические основы МДД
- •2.1.3.2. Точность МДД вычислений
- •2.1.3.3. МДД для кластеров шаров
- •2.1.3.4. Модификации и расширения МДД
- •2.1.4. Численные соображения
- •2.1.4.1. Прямые и итерационные методы
- •2.1.4.2. Разложение по порядкам рассеяния
- •2.1.4.3. Блочно-топлицева структура
- •2.1.4.4. Быстрое преобразование Фурье
- •2.1.4.5. Быстрый метод мультиполей
- •2.1.4.6. Усреднение по ориентации и повторные вычисления
- •2.1.5. Сравнение МДД с другими методами
- •2.1.6. Заключительные замечания
- •2.2. Сходимость МДД
- •2.2.1. Введение
- •2.2.2. Теоретический анализ
- •2.2.2.1. Дополнительные определения
- •2.2.2.2. Анализ ошибок
- •2.2.2.3. Ошибки формы
- •2.2.2.4. Различные формулировки МДД
- •2.2.3. Численное моделирование
- •2.2.4. Обсуждение
- •2.2.5. Выводы
- •2.3. Методика экстраполяции для улучшения точности МДД
- •2.3.1. Введение
- •2.3.2. Экстраполяция
- •2.3.3. Численное моделирование
- •2.3.4. Обсуждение
- •2.3.5. Выводы
- •2.4. Текущие возможности МДД для очень больших частиц
- •2.4.1. Введение
- •2.4.2. Компьютерная программа ADDA
- •2.4.3. Численное моделирование
- •2.4.3.1. Параметры моделирования
- •2.4.3.2. Результаты
- •2.4.4. Обсуждение
- •2.4.5. Выводы
- •2.5. Сравнение компьютерных программ на основе МДД
- •2.5.1. Введение
- •2.5.2. Программы МДД
- •2.5.2.1. SIRRI
- •2.5.2.2. DDSCAT
- •2.5.2.4. ADDA
- •2.5.3. Сравнение программ
- •2.5.3.1. Формы объектов и параметры
- •2.5.3.2. Точные методы
- •2.5.3.3. Точность
- •2.5.3.4. Скорость
- •2.5.4. Обсуждение
- •2.6. Сравнение МДД с методом конечных разностей во временной области
- •2.6.1. Введение
- •2.6.2. Параметры моделирования
- •2.6.3. Результаты для шаров
- •2.6.4. Пример применения к биологическим клеткам
- •2.6.5. Выводы
- •Глава 3. Эритроциты
- •3.1. Введение в эритроциты
- •3.1.1. Морфология
- •3.1.2. Светорассеяние эритроцитами
- •3.2. Решение обратной задачи светорассеяния для эритроцитов, используя простую форму и постоянный показатель преломления
- •3.2.1. Методология моделирования
- •3.2.2. Экспериментальный метод и процедура обращения
- •3.2.3. Эффект формы и ориентации
- •3.2.4. Характеризация эритроцитов
- •3.2.5. Приближённые формы
- •3.2.6. Выводы
- •3.3. Характеризация морфологии нативных эритроцитов с помощью сканирующего проточного цитометра
- •3.3.1. Расширенная модель формы эритроцита
- •3.3.2. Методология моделирования
- •3.3.3. Экспериментальный метод и процедура обращения
- •3.3.4. Результаты и обсуждение
- •3.3.5. Эмпирическая процедура определения диаметра эритроцитов
- •3.3.6. Выводы
- •Глава 4. Гранулоциты
- •4.1. Введение в гранулоциты
- •4.1.1. Нейтрофилы
- •4.1.2. Эозинофилы
- •4.1.3. Базофилы
- •4.1.4. Оптическая характеризация гранулоцитов
- •4.2. Теоретическое исследование светорассеяния простой моделью гранулоцита – зернистым шаром
- •4.2.1. Введение
- •4.2.2. Простая модель гранулоцита
- •4.2.3. Ортогональное светорассеяние
- •4.2.4. Результаты и обсуждение
- •4.2.5. Выводы
- •4.3. Экспериментальное исследование нейтрофилов сканирующим проточным цитометром
- •4.3.1. Экспериментальная процедура
- •4.3.2. Дополнительное МДД моделирование
- •4.3.3. Результаты и обсуждение
- •4.3.4. Выводы
- •Заключение
- •Развитие метода дискретных диполей
- •Характеризация эритроцитов с помощью сканирующего проточного цитометра
- •Теоретическое и экспериментальное исследование гранулоцитов
- •Основные результаты
- •Литература
- •Приложение
- •A1. Описание сокращений и символов
- •A2. Свойства симметрии матрицы Мюллера
- •A3. Расчёт бокового рассеяния зернистым шаром в рамках приближения Релея-Дебая-Ганса
- •A4. Расчёт деполяризованного бокового рассеяния зернистым шаром в рамках второго борновского приближения
3.2.Решение обратной задачи светорассеяния для эритроцитов, используя простую форму и постоянный показатель преломления*
Вданном разделе светорассеяние зрелыми эритроцитами исследуется теоретически и экспериментально с помощью МДД и сканирующего проточного цитометра (СПЦ) соответственно. Использовалась модель формы в виде двояковогнутого диска, и исследовалось влияние ориентации эритроцита относительно падающего излучения на его индикатрису. Проведены вычисления индикатрис для нескольких диаметров и объёмов эритроцитов, и показано их согласие с экспериментом. Также моделировались индикатрисы для приближённых моделей эритроцита: шарового диска и сплюснутого сфероида, рассматривая две ориентации: с осью симметрии вдоль и перпендикулярно падающему излучению. Удовлетворительным приближением можно назвать только модель сплюснутого сфероида для ориентации оси симметрии эритроцита перпендикулярно оптической оси.
3.2.1.Методология моделирования
Вкачестве модели формулы эритроцита использовалась формула (173) с параметрами Эванса и Фанга [208], что эквивалентно:
z(ρ)= ±ηD 1−(2ρ D)2 (0.1583 +1.5262(2ρ D)2 −0.8579(2ρ D)4 ) |
(176) |
для определённых значений D и отношения размеров η = h/D. Эта форма схематично показана на рис. 34. Мы расширили эту одиночную форму до множества, разрешив варьирование η и D в формуле (176). В данном разделе мы используем простейший подход, фиксируя показатель преломления эритроцита равным 1.40 (относительный показатель преломления 1.05), что соответствует типичной концентрации гемоглобина (см. формулу (175) и таблицу 12). Также мы пренебрегаем мнимой частью показателя преломления.
Моделирование индикатрис производилось предшественницей программы ADDA, которая была основана на той же формулировке МДД, но имела намного меньшую вычислительную эффективность чем последняя версия (см. подраздел 2.4.2).
Рассматривалась длина волны 0.6328 мкм, соответствующая λ = 0.4733 мкм в среде.
* Результаты данного раздела опубликованны в Yurkin M.A., Semyanov K.A., Tarasov P.A., Chernyshev A.V., Hoekstra A.G., Maltsev V.P. Experimental and theoretical study of light scattering by individual mature red blood cells with scanning flow cytometry and discrete dipole approximation. // Appl. Opt. – 2005. – V.44. – P.5249-5256.
143
X
Z'
рас
X' β
θ
пад
ϕ
Y'
Y
Z
Рис. 34. Форма зрелого эритроцита и его ориентация относительно падающего света. xyz это лабораторная система отсчёта, а x′y′z′ – связанная с эритроцитом (z′ – ось симметрии); “пад” и “рас” обозначают вектора распространения падающего и рассеянного света соответственно.
|
30 |
|
|
|
|
|
|
|
20 |
|
|
|
|
|
|
), % |
10 |
|
|
|
|
|
|
(θ |
|
|
|
|
|
|
|
11 |
|
|
|
|
|
|
|
S |
0 |
|
|
|
|
|
|
ошибка |
|
|
|
|
|
|
|
-10 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Относительная |
-20 |
|
|
|
|
|
|
-30 |
|
|
|
|
|
|
|
-40 |
d = λ/5 |
|
|
|
|
|
|
|
|
d = λ/10 |
|
|
|
|
|
|
-50 |
d = λ/20 |
|
|
|
|
|
|
-60 |
30 |
60 |
90 |
120 |
150 |
180 |
|
0 |
||||||
|
|
|
Угол рассеяния θ, градусы |
|
|
Рис. 35. Относительные ошибки при МДД моделировании шара с диаметром 4.56 мкм и m = 1.10 для различных дискретизаций (в сравнении с теорией Ми).
Размер диполя d был в диапазоне λ/11–λ/8 для различных размеров эритроцита из-за негибкости размера вычислительной решётки в старой программе. Для оценки точности МДД для данных задач мы сравнили результаты МДД с точным решением Ми для шаров диаметром 4.56 мкм и относительным показателем преломления 1.10. Относительная ошибка S11 как функция угла рассеяния приведена на рис. 35 для трёх значений d: λ/5, λ/10 и λ/20. Относительная погрешность при d = λ/5 составляют примерно 10% для углов рассеяния меньше 50°. Эта точность достаточна для сравнения с экспериментальными индикатрисами, измеренными в диапазоне углов от 10° до 50°.
144
3.2.2. Экспериментальный метод и процедура обращения
Эксперименты проводились на СПЦ, лазерный луч которого (λ = 0.6328 мкм) направлен вдоль гидродинамически сфокусированного потока, в котором движутся анализируемые клетки. Измеряемая интенсивность I(θ ) описывается формулой (1), но при интегрировании по азимутальному углу второй член под интегралом исчезает, ввиду осесимметричности эритроцитов [см. формулу (A5) из приложения A2; мы также проверяли это напрямую для всех вычислений]. Поэтому измеряемая интенсивность есть усреднённый по азимутальному углу S11. Наш прибор позволял надёжно измерять индикатрису в угловом диапазоне 10°–50° (из-за динамического диапазона аналоговоцифрового преобразователя).
Цельная венозная кровь была взята у здорового донора с использованием антикоагулянта ЭДТА (калиевая соль этилендиаминтетрауксусной кислоты). Далее клетки разбавлялись забуференным физиологическим раствором до концентрации
106 клеток/мл и хранились при комнатной температуре (23°C) не более трёх часов до измерений. С помощью СПЦ мы последовательно измерили 3000 индикатрис эритроцитов, каждая из которых сравнивалась с каждой из вычисленных индикатрис
(см. подраздел 3.2.4) взвешенным χ2 методом:
|
2 |
|
1 |
n |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
2 |
|
2 |
|
|
|
|
χ |
|
= |
|
∑i=1 |
[I |
exp |
(θ |
i |
) − I |
th |
(θ |
i |
)] |
|
w |
|
(θ |
i |
) , |
(177) |
|
|
n |
|
|
||||||||||||||||||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|||||||
где Iexp(θi) это экспериментальная индикатриса, |
измеренная для n углов θi |
(θ1 = 10°, |
θn = 50°), Ith(θi) – теоретическая индикатриса, вычисленная для тех же углов, а w(θi) – следующая весовая функция:
|
2 |
|
|
θ |
i |
−θ |
|
|
|
w(θi ) = sin |
|
π |
θ |
1 |
|
, |
(178) |
||
|
|
|
−θ |
|
|||||
|
|
|
|
|
n |
1 |
|
|
|
что соответствует стандартному окну Хенинга, которое сильно уменьшает влияние разрывов в начале и конце измерительного диапазона СПЦ [38]. Более того, эта функция напоминает аппаратную функцию СПЦ [22] и упрощает визуальное восприятие индикатрис, так как логарифмический масштаб можно заменить линейным. Мы считаем, что анализируемый эритроцит имеет те же характеристики, что и ближайшая модель (по χ2 расстоянию), если значение χ2 меньше заданного уровня. Последний был эмпирически выбран равным 40.
3.2.3. Эффект формы и ориентации
Используя МДД, мы исследовали влияние ориентации двояковогнутого диска на его индикатрису. Для этого мы варьировали угол Эйлера β – угол между осью
145
Интенсивность I(θ )
104
103
102
β= 90°
β= 70°
β= 50°
β= 30°
β= 0°
(а)
|
101 |
|
|
|
|
|
|
|
|
1 200 |
|
|
|
|
|
|
(б) |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
1 000 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
(θ ) |
800 |
|
|
|
|
|
|
|
|
)I |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
. w(θ |
600 |
|
|
|
|
|
|
|
|
.интен |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
400 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Модиф |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
200 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
0 |
15 |
20 |
25 |
30 |
35 |
40 |
45 |
50 |
|
10 |
||||||||
|
|
|
|
Угол рассеяния θ, градусы |
|
|
|
Рис. 36. (а) Исходная в логарифмическом масштабе и (б) модифицированная индикатрисы, вычисленные с помощью МДД для пяти ориентаций двояковогнутого диска относительно падающего света.
симметрии частицы и направлением распространения падающего света (рис. 34).
Использовалась форма, определённая формулой (176) с D = 8.28 мкм и η = 0.323, что приводит к V = 110 мкм3. Индикатрисы для пяти ориентаций показаны на рис. 36(а), а
после умножения на весовую функцию w(θ ) – на рис. 36(б). Видно, что ориентация существенно влияет на индикатрису. В частности, средняя интенсивность в диапазоне от 15° до 50° мала для симметричной ориентации (β = 0°), а при увеличении β исчезает колебательная структура. Следовательно средняя интенсивность и структура индикатрисы являются индикаторами ориентации эритроцита в СПЦ.
На практике интересно знать чувствительность индикатрисы к объёму и диаметру двояковогнутого диска, когда его ось перпендикулярна падающему лучу (т.е. при
β = 90°). Последнее условие вызвано ориентирующим эффектом гидрофокусирующей головки в СПЦ, в которой несферические частицы ориентируются длинной осью вдоль линий тока [225]. Мы вычислили индикатрисы эритроцитов с V = 100 мкм3 и различными диаметрами – результаты приведены на рис. 37(а). Также мы варьировали
146
|
1400 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
1200 |
|
|
|
|
D = 8.28 мкм, η = 0.294 |
|
||
|
|
|
|
|
D = 7.60 мкм, η = 0.380 |
|
|||
|
|
|
|
|
|
|
|||
|
1000 |
|
|
|
|
D = 6.75 мкм, η = 0.542 |
|
||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
) |
|
|
|
|
|
|
V = 100 мкм3 |
|
|
)I(θ |
800 |
|
|
|
|
|
β = 90° |
|
|
. w(θ |
|
|
|
|
|
|
|
||
600 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
интен |
|
|
|
|
|
|
(а) |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Модиф. |
400 |
|
|
|
|
|
|
|
|
200 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
0 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
1200 |
|
|
|
|
V = 110 мкм3, η = 0.595 |
|
||
|
|
|
|
|
V = 100 мкм3, η = 0.541 |
|
|||
|
|
|
|
|
|
|
|||
|
1000 |
|
|
|
|
V = 92 мкм3, |
η = 0.498 |
|
|
) |
|
|
|
|
|
|
D = 6.75 мкм |
|
|
)I(θ |
800 |
|
|
|
|
|
|
||
|
|
|
|
|
β = 90° |
|
|||
. w(θ |
|
|
|
|
|
|
|
||
600 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
.интен |
|
|
|
|
|
|
(б) |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
||
400 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Модиф |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
200 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
0 |
15 |
20 |
25 |
30 |
35 |
40 |
45 |
50 |
|
10 |
||||||||
|
|
|
|
Угол рассеяния θ, градусы |
|
|
|
Рис. 37. Модифицированные индикатрисы двояковогнутых дисков (а) с разными диаметрами при постоянном объёме и (б) с разными объёмами при постоянном диаметре.
толщину эритроцита, что эквивалентно изменению объёма при постоянном диаметре
D = 6.75 мкм – результаты для трёх объёмов показаны на рис. 37(б). Изменения как диаметра, так и объёма не сильно изменяют интенсивность, в то время как контраст колебательной структуры, который характеризует относительную разницу между максимумами и минимумами [22], увеличивается с отношением размеров η.
Приведённые результаты позволяют сделать вывод, что перпендикулярная ориентация относительно падающего луча приводит к низкой чувствительности индикатрисы к характеристикам эритроцита. Напротив, ориентация осью вдоль луча
(т.е. β = 0°) более предпочтительна при решении обратной задаче светорассеяния, так как колебательная структура индикатрисы более чувствительна к изменениям характеристик (данные не приведены). К сожалению, как обсуждается в подразделе
3.2.4, ориентация эритроцитов в СПЦ близка к β = 90°.
147