3.2.3. Обработка полученных результатов

Полученные результаты могут быть просмотрены и отредактированы. Например, если в ходе генерации реакционной сети все же образовались какие-либо нежелательные интермедиаты или продукты, то пользователь может удалить их. При этом происходит анализ реакционной сети на связность. Те ветви реакционной сети, которые "растут" от удаляемого вещества, будут удалены.

3.2.4. Факторы, замедляющие работу программы

Качество получаемых результатов зависит от умения и знаний пользователя, поскольку пользователь – основной источник знаний, используемых в программе. Кроме того пользователь должен иметь представление о "комбинаторных последствиях" каждого своего действия. В частности надо понимать, что следующие факторы (большая часть из которых очевидна) замедляют работу программы или затрудняют получение приемлемого решения:

1. отсутствие достаточно жестких ограничений на максимальное число атомов в образующихся молекулах;

2. использование слишком общих трансформаций;

3. использование "заместителей" при формулировке трансформаций – часто число получаемых стадий возрастает непропорционально числу заместителей;

4. запрещение сложных подструктур или их большого числа (в этом случае программа будет тратить слишком много времени на проверку наличия этих подструктур в каждом новом веществе);

5. использование большого числа трансформаций.

Самое главное понимать, что в основе множества операций, совершаемых программой, лежит перебор вариантов, время на который возрастает непропорционально размерности решаемой задачи.

В большинстве случаев работа с программой осложняется поиском компромисса между желанием охватить возможно большее число стадий (что повышает шансы нахождения новых механизмов) и желанием получить эти стадии за разумное время. С другой стороны, использование излишне подробных трансформаций вряд ли даст сколько-нибудь интересный новый результат. Противоречие между "новизной" и "комбинаторикой" не слишком огорчительно: в конце концов, возможности любого метода ограничены.

3.2.5. Библиотека трансформаций

Трансформации и ограничения, применяемые пользователем, отражают его знания об изучаемой реакции, которые можно "перевести на язык структурных превращений", используемых в ChemNet. Эти знания могут быть получены на основе предварительных экспериментов, теоретических соображений, из литературных источников. Если угодно, пользователь может опираться на свою интуицию, что часто и делается с использованием программ и без них. Ведь механизмы, которые часто публикуют в научных статьях, описываются подробнее, чем наши достоверные знания о них.

Одним из последних усовершенствований, введенных нами в ChemNet, является справочная библиотека трансформаций, созданная на основе анализа литературы (в основном, монографий и обзоров по металлокомплексному катализу и металлоорганической химии). Справочная библиотека трансформаций ChemNet снабжена минимальными возможностями для поиска необходимых трансформаций. Для этого необходимо воспользоваться фильтрами, которые позволят сузить предлагаемый для выбора набор стадий из библиотеки трансформаций. В фильтрах можно указать признаки, по которым осуществляется поиск: разрыв или/и образование интересующих связей, выбрать стадии с участием металлического центра, радикалов, ионов. Выбранные трансформации можно затем отредактировать. Список трансформаций приведен в приложении 1.