- •Лекции по курсу биохимия и молекулярная биология для студентов направления биология
- •Оглавление
- •Введение
- •Модуль 1. Статическая биохимия
- •Лекция 1
- •Строение, свойства, биологическая роль
- •Моно – и олигосахаридов
- •Классификация углеводов
- •Моносахариды
- •Стереоизомерия моносахаридов
- •Представители моносахаридов
- •Олигосахариды
- •Отдельные представители дисахаридов
- •Лекция 2 строение, свойства, биологическая роль
- •Отдельные представители полисахаридов
- •Лекция 3 строение, свойства, биологическая роль простых липидов
- •Классификация
- •Стероиды
- •Желчные кислоты
- •Лекция 4 строение, свойства, биологическая роль сложных липидов
- •Лекция 5 аминокислотный состав белков Белки и их функции
- •Функции белков
- •Элементарный состав белков
- •Методы выделения и очистки белков
- •Аминокислотный состав белков
- •Химические свойства аминокислот
- •Классификация аминокислот, заменимые и незаменимые аминокислоты
- •Лекция 6 уровни структурной организации белков Структурная организация белков
- •Первичная структура белка: методы исследования. Структурные особенности пептидной связи
- •Номенклатура пептидов и полипептидов. Природные пептиды: глутатион, карнозин, ансерин, грамицидин s, окситоцин, энкефалины
- •Отдельные представители пептидов
- •Вторичная структура белков: -спираль, ее основные характеристики, -структура, -изгиб. Роль водородных связей в формировании вторичной структуры. Сверхвторичные (надвторичные) структуры белка
- •Третичная структура белков. Типы нековалентных связей, стабилизирующих третичную структуру. Роль s-s-мостиков в формировании третичной структуры некоторых белков
- •Заимодействия между субъединицами, стабилизирующие четвертичную структуру. Функциональное значение четвертичной структуры белков
- •Лекция 7
- •Физико-химические свойства белков
- •Ионизация, гидратация, растворимость,
- •Осмотические и онкотические свойства, оптические свойства
- •Молекулярная масса и размеры белков. Методы определения молекулярной массы белков. Необходимость применения комплекса методов для точной оценки молекулярной массы белков
- •Денатурация белков
- •Лекция 8 классификация белков. Простые и сложные белки Принципы классификации белков
- •Фибриллярные белки
- •Глобулярные белки
- •Сложные белки
- •Липопротеины
- •Гликопротеины
- •Протеогликаны
- •Фосфопротеины
- •Металлопротеины
- •Нуклеопротеины
- •Хромопротеины
- •Гемоглобин
- •Миоглобин
- •Цитохромы электронтранспортной цепи
- •Хлорофиллы
- •Флавопротеины
- •Лекция 9 сложные белки Гликопротеины
- •Фосфопротеины
- •Липопротеины
- •Металлопротеины
- •Лекция 10 строение, свойства, биологическая роль нуклеотидов
- •Циклические нуклеотиды
- •Лекция 11 строение, свойства, биологическая роль нуклеиновых кислот
- •Рибосомальные рнк
- •Лекция 12 витамины – биологическая роль, классификация. Водорастворимые витамины
- •Витамин в1 (тиамин)
- •Витамин в2 (рибофлавин)
- •Витамин в3 (рр, никотиновая кислота, никотинамид)
- •Витамин в5 (пантотеновая кислота)
- •Витамин в6 (пиридоксин, пиридоксаль, пиридоксамин)
- •Витамин в9 (фолиевая кислота)
- •Витамин в12 (кобалами)
- •Витамин н (биотин)
- •Витамин с (аскорбиновая кислота)
- •Витамин р (рутин)
- •Лекция 13 жирорастворимые витамины Витамин а (ретинол)
- •Витамин d (кальциферол)
- •Витамин е (токоферол)
- •Витамин к (нафтохинон)
- •Лекция 14
- •Ферменты – строение: свойства, механизм действия
- •Понятие о ферментах.
- •Сущность явлений ферментативного катализа
- •Структурная организация ферментов
- •3. Роль металлов в регуляции aктивности ферментов
- •Изоферменты: биологическая роль
- •Механизм действия ферментов
- •Специфичность действия ферментов
- •Стационарная кинетика ферментативных реакций
- •Концентрация субстрата
- •Концентрация фермента
- •Температура
- •Уравнение Михаэлиса-Ментен
- •Единицы ферментов
- •Лекция 15
- •Ингибиторы ферментов
- •Регуляция каталитичекой активности ферментов
- •Изостерическая регуляция
- •Аллостерический контроль активности ферментов
- •Регуляция ферментов ковалентной модификацией
- •Регуляция ферментов ограниченным протеолизом (активация зимогенов)
- •Регуляция активности мультиэнзимных комплексов
- •Классификация и номенклатура ферментов
- •Характеристика отдельных классов ферментов
- •Ферменты в клинической диагностике. Энзимопатии
- •Модуль II. Динамическая биохимия
- •Катаболические, анаболические, амфиболические пути
- •Метаболизм углеводов
- •Расщепление углеводов в пищеварительном тракте
- •Переваривание углеводов в ротовой полости
- •Переваривание углеводов в кишечнике
- •Амилолитические ферменты: характеристика Панкреатическая -амилаза
- •Сахаразо-изомальтазный комплекс
- •Гликоамилазный комплекс
- •Трегалаза
- •Всасывание моносахаридов в тонком кишечнике и их дальнейший транспорт. Глюкозные транспортеры
- •Всасывание моносахаридов в кишечнике
- •Транспорт глюкозы из крови в клетки
- •Лекция 17
- •Анаэробный катаболизм углеводов
- •Анаэробное окисление глюкозы. Гликолиз. Внутриклеточная
- •Локализация процесса
- •Отдельные реакции гликолиза, их термодинамические характеристики. Образование 2,3-дифосфоглицерата в шунте Рапопорта-Люберинга
- •Расщепление гликогена (гликогенолиз). Строение, механизм действия и регуляция гликогенфосфорилазы
- •Спиртовое и молочнокислое брожение
- •Лекция 18
- •Аэробный катаболизм углеводов (часть 1)
- •Аэробный метаболизм пирувата. Митохондрии: структура
- •И энергетические функции
- •Окислительное декарбоксилирование пирувата. Строение
- •Цикл лимонной кислоты. Отдельные реакции цикла, их термодинамическая характеристики. Суммарное уравнение окисления ацетил-CоА в цикле Кребса
- •Лекция 19
- •Аэробный катаболизм углеводов (часть 2)
- •Регуляция цикла Кребса на уровне цитратсинтазы,
- •Изоцитратдегидрогеназы и -кетоглутаратдегидрогеназного комплекса
- •Амфиболическое значение цикла Кребса. Необходимость анаплеротических путей, пополняющих запас компонентов, участвующих в цикле
- •Зависимое от атp и биотина карбоксилирование пирувата: анаплеротический путь синтеза оксалоацетата
- •Пентозофосфатный путь (гексозомонофосфатный шунт)
- •Отдельные реакции пфп, их термодинамические характеристики.
- •Суммарное уравнение пентозофосфатного пути.
- •Регуляция пентозофосфатного пути на уровне
- •Глюкозо-6-фосфатдегидрогеназы
- •Участки перекреста пфп с гликолизом
- •Циклический характер пфп
- •Лекция 20 биосинтез углеводов
- •Глюконеогенез
- •В последующей реакции, катализируемой ферментом фосфоенолпируваткарбоксикиназой, из оксалоацетата образуется фосфоенолпируват. Реакция Mg2-зависимая и донором фосфата служит gtp.
- •Лекция 21 расщепление пищевых и тканевых липидов
- •Катаболизм липидов
- •Всасывание продуктов расщепления липидов
- •Транспорт липидов
- •Метаболизм глицерола
- •Лекция 22 катаболизм жирных кислот
- •Активация жирной кислоты
- •Транспорт ацил-СоА в митохондрии
- •Катаболизм ненасыщенных жирных кислот
- •Катаболизм жирных кислот с нечетным числом атомов углерода
- •Образование кетоновых тел (кетогенез)
- •Кетоновые тела как источники энергии
- •Глиоксилатный цикл
- •Лекция 23 биосинтез жирных кислот и триацилглицеролов
- •Строение синтазы жирных кислот
- •Механизм синтеза жирных кислот
- •Транспорт ацетил-СоА из митохондрий в цитозоль
- •Образование малонил-СоА
- •Наращивание (элонгация) углеродной цепи жирной кислоты
- •Синтез других предельных и непредельных жк
- •Биосинтез триацилглицеролов
- •Лекция 24 биосинтез холестерола и желчных кислот
- •Биосинтез холестерола
- •Регуляция биосинтеза хс
- •Биосинтез желчных кислот
- •Лекция 25
- •Биологическое окисление. Ферменты, участвующие в биологическом окислении
- •Свободное окисление и его биологическая роль. Цитохром р-450
- •Микросомальная система окисления
- •Механизм гидроксилирования
- •Лекция 26
- •Цепь переноса электронов и протонов внутренней мембраны
- •Митохондрий (дыхательная цепь, редокс-цепь). Компоненты
- •Дыхательной цепи: флавопротеины, железосерные белки, коэнзим q, цитохромы в, с1, с, аа3. Топография дыхательных переносчиков
- •В редокс-цепи
- •Убихинон окисленный CoQ
- •Энергетическое значение ступенчатого транспорта электронов от окисляемых субстратов к молекулярному кислороду. Окислительное фосфорилирование в дыхательной цепи
- •Организация компонентов дыхательной цепи в виде четырех
- •Локализация пунктов сопряжения окисления и фосфорилирования в дыхательной цепи на основании редокс-потенциалов, действия специфических ингибиторов (ротенон, амитал, антимицин а, цианид, со, NaN3)
- •Полные и редуцированные дыхательные цепи
- •Лекция 27
- •Строение атp-синтазного комплекса. Механизм образования атp. Обратимость реакции, катализируемой атp-синтазой. Разобщение транспорта электронов и синтеза атp; действие 2,4-динитрофенола
- •Механизм образования атp
- •Окисление цитоплазматического nadh в дыхательной цепи. Глицеролфосфатный и малат-аспартатный челночные механизм
- •Лекция 28 интеграция клеточного метаболизма
- •Основные аспекты регуляции метаболизма
- •Регуляция на уровне транскрипции
- •Аллостерическая регуляция активности ферментов
- •Ковалентная модификация ферментов
- •Гормональная регуляция
- •Посттранскрипционная и посттрансляционная модификация макромолекул
- •Изменение концентрации метаболитов
- •Мембранная регуляция
- •Модуль III. Молекулярная биология лекция 29 репликация днк
- •Точность репликации
- •Репликация днк у эукариот
- •Репаративный синтез днк
- •Лекция 30 транскрипция (биосинтез рнк)
- •Транскрипция у прокариот
- •Инициация транскрипции
- •Элонгация транскрипции
- •Терминация транскрипции
- •Транскрипция у эукариот
- •Механизм индукции на примере Lac-оперона
- •Катаболитная репрессия
- •Лекция 31 тРансляция (биосинтез белка)
- •Роль тРнк в трансляции
- •Аминоацил-тРнк-синтетазы
- •Белоксинтезирующая система клетки
- •Эффективность трансляции
- •Точность белкового синтеза
- •Энергетические затраты на трансляцию
- •Посттрансляционные модификации полипептидной цепи
- •Библиографический список Основная литература
- •Дополнительная литература
Наращивание (элонгация) углеродной цепи жирной кислоты
Все стадии синтеза ЖК представляют собой циклический процесс, протекающий на поверхности синтазы ЖК. В синтазе жирных кислот есть две существенные для катализа SH-группы, одна из которых принадлежит 4-фосфопантетеину АПБ, другая − специфическому остатку цистеина в молекуле β-кетоацил-АПБ-синтазы. Для того чтобы начался синтез ЖК, необходимо, чтобы они были нагружены соответствующими ацильными группами. Их загрузка происходит в результате двух последовательных реакций (реакции 1 и 2, см. рис.23.7), катализируемых ацетил − и малонилтрансферазой соответственно. После завершения этих реакций с синтазой оказываются ковалентно связанными две ацильные группы: ацетильная, присоединенная к SH-группе цистеина, и малонильная, связанная с SH-группой 4-фосфопантетеина ацилпереносящего белка.
Присоединение каждого двууглеродного фрагмента в процессе наращивания цепи происходит в четыре этапа:
1 этап − конденсация. Ацетильная и малонильная группа конденсируются с образованием ацетоацетильной группы, которая связана с SH-группой АПБ. Одновременно с этим происходит выделение молекулы СО2. Катализирует этот процесс β-кетоацил-АПБ-синтаза (реакция 3).
Ацетильная группа становится концевым двууглеродным звеном вновь образованной ацетоацетильной группы. Выделившийся СО2 − та самая молекула диоксида углерода, которая исходно включилась в молекулу малонил-СоА в ацетил-СоА-карбоксилазной реакции. Таким образом, в ходе биосинтеза ЖК СО2 не используется для построения ковалентного остова молекулы ЖК, а играет роль катализатора. При отщеплении СО2 от малонильной группы резко возрастает реакционная способность оставшегося двууглеродного фрагмента и благодаря этому он может быстро взаимодействовать с ацетильной группой.
2 этап − восстановление. Ацетоацетил-АПБ подвергается восстановлению по карбонильной группе с образованием D-β-гидроксибутирил-S-АПБ. Эта реакция катализируется β-кетоцил-АПБ-редуктазой, использующей в качестве восстановителя NADPH (реакция 4).
3 этап − дегидратация. D-β-гидроксибутирил-АПБ дегидратируется под действием β-гидроксиацил-АПБ-дегидратазы с образованием кротонил-S-АПБ (реакция 5).
Рис. 23.7. Биосинтез пальмитиновой кислоты (1 − SH-группа β-кетоацил-АПБ-синтазы, 2 − SH-группа 4-фосфопантетеина АПБ)
4 этап − восстановление (насыщение). Этот этап завершает один цикл элонгации, осуществляемой комплексом синтазы ЖК. Двойная связь восстанавливается под действием еноил-АПБ-редуктазы (реакция 6). Для этого процесса требуется еще одна молекула восстановленного NADP.
Далее происходит перенос бутирильной группы с HS-АПБ на HS-Cys.
Вновь образованная удлиненная ацильная группа (бутирильная) занимает положение при той SH-группе, с которой изначально была связана ацетильная группа. Далее бутирильная группа покидает SH-группу Cys и замещает СООН в малонильной группе на HS-АПБ. В результате образуется 6-углеродная ацильная группа, связанная с SH-группой АПБ. В ходе трех следующих циклов элонгации β-кетогруппа образовавшейся ацильной группы восстанавливается и образуется 6-углеродная насыщенная ацильная группа. Далее С6-углеродный фрагмент переносится с SH-группы АПБ на SH-группу цистеина.
Для образования конечного продукта − пальмитата − необходимо семь таких циклов. Процесс наращивания цепи заканчивается на шестнадцатом углеродном атоме. Растущий жирнокислотный остаток поочередно связывается с HS-группой АПБ и SH-группой Cys в β-кетоацил-АПБ-синтазе, ни разу не покидая комплекс до тех пор, пока не завершится образование пальмитата. И удлинение цепи, и восстановление кетогруппы происходит тогда, когда субстраты связаны с АПБ. Конечный продукт синтезы ЖК − пальмитоил-АПБ с шестнадцатью углеродными атомами − гидролизуется с освобождением жирной кислоты, которая сразу же взаимодействует с СоА с образованием пальмитоил-СоА.
В конечном счете, все углеродные атомы ЖК образуются из ацетил-СоА, т.к. малонил-СоА, в свою очередь, образуется из ацетил-СоА.
СН3-СН2-(СН2)13-СООН
16 15 1
Ацетил-СоА 7 малонил-СоА
Пальмитат − основной продукт действия синтазы ЖК, однако в небольших количествах образуются и другие ЖК с более короткой или более длинной углеводородной цепочкой.
NADPH, необходимый для биосинтеза ЖК в разных органах поступает из двух источников. В печени он образуется главным образом в пентозофосфатном пути, жировых клетках (адипоцитах) − в цитозоле (преимущественно в двух ферментативных реакциях − NADP-зависимой малатдегидрогеназной (малик-фермент) и NADP-зависимой изоцитратдегидрогеназной).