- •Биокинетика
- •Глава 1. Введение в биокинетику
- •Предмет изучения биокинетики
- •Химическая кинетика как основа биокинетики
- •1.2.1. Современные представления о механизме химической реакции
- •1.2.2. Скорость химической реакции
- •1.2.3. Константа равновесия
- •1.2.4. Выражения для константы скорости элементарной химической реакции
- •1.2.5. Влияние pH на скорость химической реакции
- •1.2.6. Кинетический эксперимент
- •Глава 2. Ферментативный катализ
- •2.1. Кинетические схемы и механизм ферментативной реакции
- •2.1.1. Схема Михаэлиса-Ментен
- •2.1.2. Определение параметров Wm и Km из экспериментальных данных
- •2.1.3. Метод графов при анализе кинетических схем
- •2.1.4. Определение концентрации активных центров
- •2.2. Типичные зависимости начальной стационарной скорости реакции от концентрации субстрата
- •2.2.1. Ингибирование и активация избытком субстрата
- •2.2.2. Аллостерические эффекты
- •2.3. Многосубстратные реакции
- •2.4.2. Релаксационная кинетика
- •2.5. Влияние температуры и pH на скорость ферментативных реакций
- •2.6. Ингибирование ферментативных реакций
- •2.7. Инактивация ферментов
- •2.8. Полиферментные системы. Сопряженные ферментные реакции
- •2.9. Кинетика действия ферментов в открытых системах
- •3.1.1. Химическое строение рецепторов и лигандов
- •3.1.2. Агонисты и антагонисты
- •3.2.3. Строение и функционирование g-белок сопряженных рецепторов
- •3.2.4. Механизмы внутриклеточного проведения и усиления рецепторного сигнала
- •3.2.5. Инактивация рецепторного сигнала
- •3.3.1. Диффузия рецепторов
- •3.3.2. Связываение нескольких молекул лиганда с одним рецептором
- •1) Координаты Хилла.
- •2) Координаты Бьеррума.
- •3.4. Взаимодействие нескольких лигандов с одним рецептором
- •3.5. Учет функции распределения клеток по количеству рецепторов на мембране
- •3.6. Феномен колебаний рецепторного связывания
- •Глава 4. Клеточный рост
- •4.1. Клеточный цикл
- •4.2. Экспоненциальная фаза роста
- •4.2.1. Многосубстратные процессы
- •4.2.2. Ингибирование и активация клеточного роста
- •4.2.3. Влияние pH
- •4.4.1. Выражение для удельной скорости клеточного роста в экспоненциальной фазе
- •4.4.2. Многостадийность клеточного цикла
- •5.1. Пассивный транспорт
- •5.2. Активный ионный транспорт
- •Глава 6. Эндоцитоз
2) Координаты Бьеррума.
(3.13)
где y– степень насыщения:
(3.14)
Число перегибов равно числу типов мест связывания. Абцисса точки перегиба равна логарифму константы диссоциации.
3.4. Взаимодействие нескольких лигандов с одним рецептором
(3.15)
Различают следующие виды взаимодействия:
1) Конкуренция за места связывания.
а) неконкурентное (разные места связывания);
б) конкурентное (одно место связывания);
в) бесконкурентное (лиганд L2связывается сL1Rкомплексом).
2) Изменение аффинности рецепторов.
а) без изменения аффинности (L1RиRимеют одинаковую аффинность кL2);
б) с изменением аффинности.
3) Наличие взаимодействия между лигандами.
а) без взаимодействия L1иL2;
б) с взаимодействием.
3.5. Учет функции распределения клеток по количеству рецепторов на мембране
Эксперименты по исследованию лиганд-рецепторных взаимодействий обычно проводят на большом количестве клеток (на ансамбле). При этом даже для однородной популяции клеток существует распределение их параметров по ансамблю. Например, разные клетки имеют разное количество рецепторов и т.д. Распределение клеток по количеству рецепторов проявляется в динамике изменения со временем функции распределения клеток по количеству образовавшихся лиганд-рецепторных комплексов (которые и регистрируются в эксперименте). Кинетику данного процесса при некоторых предположениях можно описать следующим образом. Если A– молекула лиганда, аC(x,y) – клетка, имеющаяxсвободных рецепторов (свободных посадочных мест) иyлиганд-рецепторных комплексов (занятых посадочных мест), причемN– полное количество рецепторов на клетке (N =x +y), то реакционная схема для данной клетки включаетNпоследовательных стадий:
(3.16)
Система дифференциальных уравнений, описывающая изменение концентрации клеток C(x,y,t) со временем в соответствии со схемой (3.16) выглядит так:
(3.17)
Здесь предполагается, что нет процессов поглощения и обновления рецепторов на поверхности клетки (полное число рецепторов на клетке остается неизменным). Число уравнений в (3.17) равно числу рецепторов на клетке, и это число может быть достаточно большим (103 - 106). Поэтому удобно воспользоваться приближением – считать, что функция распределения клеток по количеству рецепторов C(x,y,t) – непрерывная функция от своих непрерывных переменных x и y, и написать дифференциальное уравнение для этой функции, заменив конечные разности в (3.17) дифференцированием, а суммы – интегрированием. Тогда система многих уравнений (3.17) перейдет в систему только двух уравнений:
(3.18)
(3.19)
Предположим, что константа скорости прямой реакции пропорциональна количеству свободных рецепторов
(3.20)
а константа обратной реакции пропорциональна количеству лиганд-рецепторных комплексов на клетке:
(3.21)
Тогда решение системы уравнений (3.18) и (3.19):
(3.22)
(3.23)
где
(3.24)
(3.25)
(3.26)
A1 и A2 – корни уравнения (A1>A2):
(3.27)
A0 – начальная концентрация молекул лиганда, I0 – полное количество свободных рецепторов на всех клетках в единице объема в начале реакции (при t = 0):
(3.28)
В эксперименте обычно измеряется функция распределения клеток по занятым рецепторам (лиганд-рецепторным комплексам) :
(3.29)
Если в начальный момент времени все рецепторы на клетках были свободны:
(3.30)
то
(3.31)
где
(3.32)
(3.33)
Выражение (3.31) описывает динамику изменения функции распределения клеток по лиганд-рецепторным комплексам. Интересно отметить, что эта функция хотя и изменяется со временем, но остается самоподобной.