- •Биокинетика
- •Глава 1. Введение в биокинетику
- •Предмет изучения биокинетики
- •Химическая кинетика как основа биокинетики
- •1.2.1. Современные представления о механизме химической реакции
- •1.2.2. Скорость химической реакции
- •1.2.3. Константа равновесия
- •1.2.4. Выражения для константы скорости элементарной химической реакции
- •1.2.5. Влияние pH на скорость химической реакции
- •1.2.6. Кинетический эксперимент
- •Глава 2. Ферментативный катализ
- •2.1. Кинетические схемы и механизм ферментативной реакции
- •2.1.1. Схема Михаэлиса-Ментен
- •2.1.2. Определение параметров Wm и Km из экспериментальных данных
- •2.1.3. Метод графов при анализе кинетических схем
- •2.1.4. Определение концентрации активных центров
- •2.2. Типичные зависимости начальной стационарной скорости реакции от концентрации субстрата
- •2.2.1. Ингибирование и активация избытком субстрата
- •2.2.2. Аллостерические эффекты
- •2.3. Многосубстратные реакции
- •2.4.2. Релаксационная кинетика
- •2.5. Влияние температуры и pH на скорость ферментативных реакций
- •2.6. Ингибирование ферментативных реакций
- •2.7. Инактивация ферментов
- •2.8. Полиферментные системы. Сопряженные ферментные реакции
- •2.9. Кинетика действия ферментов в открытых системах
- •3.1.1. Химическое строение рецепторов и лигандов
- •3.1.2. Агонисты и антагонисты
- •3.2.3. Строение и функционирование g-белок сопряженных рецепторов
- •3.2.4. Механизмы внутриклеточного проведения и усиления рецепторного сигнала
- •3.2.5. Инактивация рецепторного сигнала
- •3.3.1. Диффузия рецепторов
- •3.3.2. Связываение нескольких молекул лиганда с одним рецептором
- •1) Координаты Хилла.
- •2) Координаты Бьеррума.
- •3.4. Взаимодействие нескольких лигандов с одним рецептором
- •3.5. Учет функции распределения клеток по количеству рецепторов на мембране
- •3.6. Феномен колебаний рецепторного связывания
- •Глава 4. Клеточный рост
- •4.1. Клеточный цикл
- •4.2. Экспоненциальная фаза роста
- •4.2.1. Многосубстратные процессы
- •4.2.2. Ингибирование и активация клеточного роста
- •4.2.3. Влияние pH
- •4.4.1. Выражение для удельной скорости клеточного роста в экспоненциальной фазе
- •4.4.2. Многостадийность клеточного цикла
- •5.1. Пассивный транспорт
- •5.2. Активный ионный транспорт
- •Глава 6. Эндоцитоз
3.2.5. Инактивация рецепторного сигнала
Инактивация клеточного ответа на рецепторный сигнал обеспечивает его высокую специфичность и позволяет адаптировать клетку к изменяющимся внешним воздействиям.
Классификация кинетических механизмов инактивации клеточного ответа:
I.Механизмы, приводящие к уменьшению концентрации лиганд-рецепторных комплексов.
а) Диссоциация лиганд-рецепторных комплексов (например за счет уменьшения концентрации лигандов в растворе вследствии разрушения лиганда ферментами).
б) Повышение константы скорости диссоциации лиганд-рецепторного комплекса (активация рецептора).
в) Изменение концентрации свободных или связанных рецепторов на мембране (эндоцитоз и экзоцитоз).
II.Механизмы инактивации сопряжения лиган-рецепторного комплеска с ферментами.
а) Самоинактивация -субъединицыG-белка (ГТФ-азная активность-субъединицы).
б) Десенситизация ферментной системы (процессы фосфорилирования-дефосфорилирования, метилирования-деметилирования рецептора, G-белков, ферментов и т.д.).
III. Инактивация фермента, синтезирующего ключевые регуляторы клеточного ответа.
Например, инактивация вторичным мессенджером – арахидоновой кислотой – ферментов синтеза эйкозаноидов (простагландинов, тромбоксанов, липоксинов и т.д.)
IV. Взаимодействие лиганда с различными типами рецепторов:
стимулирование клеточного ответа,
ингибирование клеточного ответа,
не влияет на клеточный ответ.
3.3. Дискриминация моделей и определение параметров рецепторного связывания
1) Использование ингибиторов рецепторов (конкурентные антагонисты).
2) Ингибирование мембранного транспорта (разрушение клеток).
3) Уменьшение мембранного транспорта пептидных фрагментов.
4) Уменьшение эндоцитоза (мембранные стабилизаторы).
5) Увеличение проницаемости мембран (пермиолизаторы).
6) Использование димеров лигандов (димеры труднее диффундируют).
7) Использование ингибиторов макроэргов (уменьшение скорости энергозависимых процессов транспорта и деградации ферментов).
8) Ингибирование ферментов (уменьшение скорости деградации лигандов).
9) Добавление ионов металлов (меняют аффинность рецепторов).
10) Изменение pH, ионной силы, температуры (влияет на транспорт, деградацию, связывание и пр.).
3.3.1. Диффузия рецепторов
Внутриклеточные рецепторы – трехмерная диффузия.
Поверхностные рецепторы – двухмерная диффузия (по поверхности мембраны).
3.3.2. Связываение нескольких молекул лиганда с одним рецептором
Если сродство меняется – кооперативное связывание:
(3.8)
Если сродство возрастает - положительная кооперативность, если убывает - отрицательная кооперативность.
При сильно выраженной положительной кооперативности лиганд рецепторное взаимодействие описывается схемой
(3.9)
При условии избытка концентрации лиганда схему (3.9) описывает следующее дифференциальное уравнение:
(3.10)
Решение данного уравнения:
(3.11)
Анализ кинетических кривых проводят в соответствующих координатах:
1) Координаты Хилла.
(3.12)
Тангенс угла наклона () связан со степенью коопретивности:
> 1 положительная кооперативность,
< 1 отрицательная коперативность,
= 1 отсутствие кооперативности.