- •Биокинетика
- •Глава 1. Введение в биокинетику
- •Предмет изучения биокинетики
- •Химическая кинетика как основа биокинетики
- •1.2.1. Современные представления о механизме химической реакции
- •1.2.2. Скорость химической реакции
- •1.2.3. Константа равновесия
- •1.2.4. Выражения для константы скорости элементарной химической реакции
- •1.2.5. Влияние pH на скорость химической реакции
- •1.2.6. Кинетический эксперимент
- •Глава 2. Ферментативный катализ
- •2.1. Кинетические схемы и механизм ферментативной реакции
- •2.1.1. Схема Михаэлиса-Ментен
- •2.1.2. Определение параметров Wm и Km из экспериментальных данных
- •2.1.3. Метод графов при анализе кинетических схем
- •2.1.4. Определение концентрации активных центров
- •2.2. Типичные зависимости начальной стационарной скорости реакции от концентрации субстрата
- •2.2.1. Ингибирование и активация избытком субстрата
- •2.2.2. Аллостерические эффекты
- •2.3. Многосубстратные реакции
- •2.4.2. Релаксационная кинетика
- •2.5. Влияние температуры и pH на скорость ферментативных реакций
- •2.6. Ингибирование ферментативных реакций
- •2.7. Инактивация ферментов
- •2.8. Полиферментные системы. Сопряженные ферментные реакции
- •2.9. Кинетика действия ферментов в открытых системах
- •3.1.1. Химическое строение рецепторов и лигандов
- •3.1.2. Агонисты и антагонисты
- •3.2.3. Строение и функционирование g-белок сопряженных рецепторов
- •3.2.4. Механизмы внутриклеточного проведения и усиления рецепторного сигнала
- •3.2.5. Инактивация рецепторного сигнала
- •3.3.1. Диффузия рецепторов
- •3.3.2. Связываение нескольких молекул лиганда с одним рецептором
- •1) Координаты Хилла.
- •2) Координаты Бьеррума.
- •3.4. Взаимодействие нескольких лигандов с одним рецептором
- •3.5. Учет функции распределения клеток по количеству рецепторов на мембране
- •3.6. Феномен колебаний рецепторного связывания
- •Глава 4. Клеточный рост
- •4.1. Клеточный цикл
- •4.2. Экспоненциальная фаза роста
- •4.2.1. Многосубстратные процессы
- •4.2.2. Ингибирование и активация клеточного роста
- •4.2.3. Влияние pH
- •4.4.1. Выражение для удельной скорости клеточного роста в экспоненциальной фазе
- •4.4.2. Многостадийность клеточного цикла
- •5.1. Пассивный транспорт
- •5.2. Активный ионный транспорт
- •Глава 6. Эндоцитоз
4.2.3. Влияние pH
Многие клеточные культуры растут в достаточно узком диапазоне pH.
Влияние pH:
на субстрат (напр, аминокислоты);
на ферменты клетки.
Кинетика переноса ионов водорода через мембрану клетки:
(4.17)
В условиях равновесия:
(4.18)
4.3. Замедление скорости роста
4.3.1. Лимитирование по субстрату
(линейная связь) (4.19)
(4.20)
Тогда
(4.21)
Решение:
(4.22)
Уравнение (4.22) называют интегральным уравнением Моно. Предел роста:
(4.23)
4.3.2. Ингибирование избытком субстрата
(4.24)
(4.25)
(4.26)
(4.27)
4.3.3. Ингибирование субстратом в условиях истощения по субстрату
(4.27)
Решение:
4.3.4. Ингибирование продуктами
(4.28)
(4.29)
(4.30)
(4.31)
(4.32)
Уравнение (4.32) преобразуется к виду
(4.33)
Решение:
(4.34)
4.3.5. Период индукции
1) Трансформация предсубстрата в субстрат.
(4.35)
(4.36)
(4.37)
Решение:
(4.38)
где
(4.39)
(4.40)
Период индукции:
(4.41)
2) Адаптация.
(4.42)
(4.43)
(4.44)
(4.45)
(4.46)
Период индукции:
(4.47)
Расход ингибитора роста.
(4.48)
(4.49)
(4.50)
Дифференциальное уравнение для скорости роста культуры:
(4.51)
Период индукции:
(4.52)
4.4. Старение клеток и апоптоз
Апоптоз – совокупность процессов “программируемого” старения и гибели клеток. Некроз – гибель клеток за счет случайных событий или под действием внешних токсинов.
1961 г., Л. Хейфлик: предел клеточного деления для фибробластов человека (50 делений).
Бактериальные клетки и клетки одноклеточных организмов могут делиться бесконечно; клетки многоклеточных организмов имеют предел деления (существует максимальное количество делений).
Концепция “программируемого” старения: ДНК полимераза не способна реплицировать “хвосты” 3’ конца матрицы ДНК (несколько нуклеотидов на 3’ конце). Для предотвращения укорачивания ДНК фермент теломераза синтезирует на концах ядерной ДНК многократно повторяемый гексануклеотид TTAGGG (теломера). Таким образом, для преодоления укорачивания генома и старения клетка должна активировать теромеразный ген и экспрессировать большое количество теломеразы.
4.4.1. Выражение для удельной скорости клеточного роста в экспоненциальной фазе
(4.53)
Предположения:
- скорость синтеза ДНК пропорциональна концентрации S’ и характеризуется константой скорости R;
- скорость биосинтеза лимитирующего фермента и белков репликационного комплекса намного выше скорости синтеза ДНК, так что можно считать E=const.
Тогда:
(4.54)
В квазистационаре:
(4.55)
следовательно
(4.56)
Квазистационарная концентрация синтезируемой ДНК:
(4.57)
Репликационный процесс заканчивается, когда количество синтезируемой ДНК равно базовому количеству ДНК:
(4.58)
Отсюда находим время репликации:
(4.59)
И удельная скорость роста клеточной культуры в экспоненциальной фазе:
(4.60)