- •Основы регуляции метаболизма у микроорганизмов (специальность "Микробиология")
- •Занятие 1
- •1. Подготовка бактериальных клеток к анализу
- •1.1 Интактные клетки
- •1.1.1 Растущие клетки
- •1.1.2 Покоящиеся клетки
- •1.1.3 Голодающие покоящиеся клетки
- •1.2 Проницаемость клеток
- •1.2.1 Обработка растворителями
- •1.2.2 Обработка хелатообразующими агентами
- •1.3 Препараты дезинтегрированных клеток
- •1.3.1 Разрушение клеток под действием осмотических сил
- •1.3.2 Дезинтеграция
- •2. Методы изучения метаболической активности микроорганизмов
- •2.1 Экспериментальные условия
- •2.1.1 Изменяющиеся условия эксперимента
- •2.1.2 Подавление активности
- •2.1.3 Конкурентные побочные реакции и сопряженный анализ
- •2.1.4 Общие замечания
- •2.2. Общие меры по стандартизации
- •2.3 Общие методики
- •3. Решение расчётных задач
- •1. Методы изучения регуляции метаболизма микроорганизмов. Регуляция активности ферментов
- •1.1 Методы изучения аллостерической регуляции метаболизма микроорганизмов.
- •1.1.1 Простое ингибирование конечным продуктом
- •1.2 Методы изучения регуляции метаболизма микроорганизмов с помощью ковалентной модификации ферментов
- •1.2.1 Аденилирование
- •2. Методы изучения регуляции метаболизма микроорганизмов. Регуляция синтеза ферментов
- •2.1 Индукция синтеза бактериальных ферментов
- •2.2 Репрессия бактериальных ферментов конечным продуктом реакции (орнитин - карбамоилтрансфераза)
- •2.4 Индукция плюс репрессия (lac-оперон)
- •3. Решение расчётных задач
- •1 Анализ путей метаболизма
- •1.1 Общие методы
- •1.1.1 Идентификация промежуточных продуктов
- •1.1.2 Использование ингибиторов метаболизма
- •1.1.3 Использование аналогов субстрата
- •1.1.4 Одновременная адаптация
- •1.1.5 Использование клеточных экстрактов
- •1.1.6 Использование радиоизотопов
- •1.1.7 Использование индуцированных ауксотрофов
- •1.2 Баланс изотопного углерода
- •1.2.1 Общие замечания
- •1.2.2 Определение неиспользованного субстрата
- •1.2.3 Определение ассимилированного 14с
- •1.2.4 Определение негазообразных конечных продуктов
- •1.2.5 Расчет и определение баланса
- •1.3 Наличие ключевых ферментов
- •2.1 Проницаемость бактерий
- •2.1.1 Методика измерения
- •2.1.1.1 Отмывание клеток
- •2.1.1.2 Центрифугирование клеток
- •2.1.1.3 Измерение веса и объема осадка
- •2.1.1.4 Смешивание клеток с раствором и инкубирование
- •2.1.1.5 Повторное центрифугирование
- •2.1.1.6 Определение концентраций растворенного вещества
- •2.1.2 Определение межклеточного пространства
- •2.2. Транспорт веществ в клетки бактерий
- •2.2.1 Методика анализа
- •2.2.1.1 Подготовка клеток
- •2.2.1.2 Смешивание клеток с раствором и инкубирование
- •2.2.1.3 Отбор проб и разделение
- •2.2.1.4 Отмывка клеток
- •2.2.1.5. Удаление клеток и их анализ на содержание исследуемого вещества
- •2.2.2. Общие замечания
- •2.3. Специальные методы изучения регуляции метаболизма
- •2.3.1. Определение протонодвижущей силы
- •2,3Rt/f[log(с1ввешн)/(с1внутр)],
- •2.3.2 Осмотически чувствительные клетки
- •2.3.3 Применение неметаболизируемых аналогов субстратов для раздельного изучения транспорта и метаболизма у бактерий
- •2.3.5 Мембранные везикулы
- •3. Решение расчётных задач
- •2,3Rt/f[log(с1ввешн)/(с1внутр)],
- •Библиографический список
2.2.1.5. Удаление клеток и их анализ на содержание исследуемого вещества
Клетки можно элюировать с фильтра, ресуспендировать до известного объема и определять содержание в них изучаемого вещества химическим или радиометрическим способом.
При использовании радиоактивных растворенных веществ чаще всего фильтры высушивают и помещают прямо в сцинтилляционную жидкость для счета импульсов. Можно также определить количество растворенного вещества, включенного в основные биополимеры, обработав клетки на фильтре охлажденным раствором ТХУК и промыв затем водой перед высушиванием. Удобно пользоваться фильтрами, растворяющимися в сцинтилляционной жидкости или в растворителе, смешивающемся с этой жидкостью. Подробно об этом можно прочитать в проспектах фирм или статьях по сцинтилляционному счету.
2.2.2. Общие замечания
Главное преимущество использования разбавленных клеточных суспензий — легкость получения данных по кинетике. Кроме того, в таких суспензиях легче контролировать рО2, рН, ионную силу и т. п., а также поддерживать почти постоянную концентрацию растворенного вещества в суспендирующей среде. Однако этот подход не лишен недостатков. К ним относятся трудности, связанные с выходом растворенного вещества из клеток во время первичного суспендирования или промывания; необходимость определить поглощение или потери растворенного вещества путем измерения его внутриклеточной, а не внеклеточной концентрации; и наконец, то, что в разбавленных суспензиях клетки могут быть весьма чувствительны к изменениям условий среды.
2.3. Специальные методы изучения регуляции метаболизма
2.3.1. Определение протонодвижущей силы
Протонодвижущую силу считают одним из основных средств преобразования и переноса энергии в биологических системах. Ее определяют по формуле:
где р - протонодвижущая сила, - мембранный потенциал, R - газовая постоянная, Т - температура по Кельвину, F- число Фарадея и рН - разность рН внутри и вне клетки. При температуре около 25°С величина 2,3 RT/F (часто обозначаемая z) составляет ~59 мВ. Таким образом, для определения р необходимо независимо определить и рН.
Методы определения обычно включают в себя оценку распределения какого-либо иона, который свободно проходит через клеточную мембрану. Например, можно использовать для вычисления распределение хлорид-иона. Величина в этом случае равна:
2,3Rt/f[log(с1ввешн)/(с1внутр)],
где (С1внешн) и (С1внутр) - концентрации хлорид-иона вне и внутри клетки.
В последние годы разработаны методики определения внутриклеточного рН у бактерий с помощью ядерного магнитного резонанса. Можно также определять рНi, используя флуоресцентные красители, такие, как пирамин. Зная рНi, легко определить рН0 с помощью стеклянного электрода и затем вычислить ∆рН.
2.3.2 Осмотически чувствительные клетки
Поглощение клеткой растворенного вещества приводит к снижению активности воды внутри клетки и по следующему притоку воды извне, в результате чего клетка набухает. Биологические мембраны хорошо пропускают воду, и набухание происходит чрезвычайно быстро. Например, методом остановленной струи установлено, что осмотический выход воды из клеток Е. coli, помещенных в 0,4 М раствор MgCl2, завершается при 37°С за 50 мс.