Семейство: Coronaviridae.

Таксономическая структура семейства.

Порядок: Nidovirales

Семейство: Coronaviridae

Род:Coronavirus, Torovirus

.

Род:Coronavirus.Типовой:Infectious bronchitis virus(IBV)(вирус инфекци-ного бронхита).

Характеристика вириона. Морфология.Вирион оболочечный, сферической формы, диаметр 120-160 нм; содержит внутренний, вероятно, икосаэдральный коровый чехол (диаметр 65 нм) и сприальный нуклеокапсид. Коронавирусы имеют большие поверхностные выступы, образованные гликопротеинами (пепломеры) с глобулярной и стволовой частями. Пепломеры (тримеры спайк-протеинов) примерно 20 нм в длину. У некоторых коронавирусов, таких как Bovine coronavirus (BoCV) и Murine hepatitis virus (MHV) обнаруживается второй слой пепломеров сформированный гемагглютинин-эстеразным протеином. При криоэлектронной микроскопии обнаруживается пространство между оболочкой и внутренним кором. Кор может быть освобожден после обработки детергентами. Разрушение кора приводит к высвобождению спирального нуклеокапсида, имеющего в своем составе протеин N.

Mr (вирион) 400 x 10⁶; плавучая плотность в сахарозе 1,15-1,20 г/см³, в CsCl 1,23-1,24 г/см³, S_20w 300-500S. Вирионы чувствительны к нагреванию, воздействию жирорастворителей, неионных детергентов, формальдегида, окислителей и УФ облучению. После инкубирования при 37 ^оС в течение 24 часов наблюдалось десятикратное снижение инфекционности некоторых штаммов. Ионы магния (1М) снижают степень термоинактивации у MHV. Некоторые вирусы обоих семейств стабильны при рН 3,0.

Геном. РНК: одна молекула, односпиральная, линейная, позитивная, инфекционная; размер 27,6-31,0 kb (у коронавирусов). РНК коронавирусов имеет 5’-концевой кэп, предшествующий лидерному сиквенсу из 65-98 нуклеотидов и нетранслируемому участку (200-400 нуклеотидов). По 3’-концу нетранслируемый участок (200-500 нуклеотидов) предшествует поли(А). Вирионная РНК функционирует как мРНК и является инфекционной. Содержит 7-10 функциональных генов, 4-5 из которызх кодируют структурные протеины. Гены организованы в следующем порядке: 5’-полимераза-(HE)-S-E-M-N-3’ с различным количеством других генов, кодирующих неструктурные протеины (NS), несущественные для репликации в культуре. Сиквенс полных геномов определен для некоторых коронавирусов (MHV, TGEV, HCoV-229E).

Протеины.Вирионы имеют в своем составе крупный поверхностный гликопротеин (спайк-протеин, S, Mr 180-220 x 10³), интегративный мембранный протеин (М, Mr 23-35 x 10³), который интегрирует в оболочку вируса 3-4 сегмента, малый мембранный протеин (Е, Mr 9-12 x 10³) и нуклеокапсидный протеин (N, Mr 50-60 x 10³). Соотношение протеинов S/E/M/N для TGEV соответсвует 20:1:300:100. Протеин S крупный (1160-1452 аминокислоты), у некоторых вирусов разрезается до S1 и S2. Данный протеин участвует в прикреплении к клетке, гемагглютинации, слиянии мембран и образовании вируснейтрализующих антител. Иммунизация одним протеином S способствует развитию протективного иммунитета против некоторых вирусов (TGEV, MHV). Карбоксиконцевая часть протеина имеет суперскрученную структуру. Протеин М образован 225-260 аминокислотами и индуцирует образование a-интерферона. Коронавирусы содержат гемагглютинин-эстеразный протеин (НЕ, Mr 65x10³), который формирует короткие поверхностные выступы. Этот, по-видимому, не играющий важной роли, протеин имеет рецептор-связывающий домен для 9-О-ацетилированной нейраминовой кислоты, обладает гемагглютинирующей и рецептор-разрушающей (нейраминат-О-ацетилэстераза) активностью. Протеин НЕ проявляет некоторую идентичность по аминокислотному сиквенсу с гемагглютини-эстеразным протеином вируса гриппа С. Протеин Е (80-109 аминокислот), вместе с протеином М, играет важную роль в процессе сборки вириона. Протеин N (377-455 аминокислот) фосфопротеин, участвующий в регуляции синтеза РНК, связывается с вирусной РНК и образует спиральный нуклеокапсид.

Неструктурные протеины обычно несущественны для вирусной репликации в культуре клеток или in vivo. Один необходимый неструкутрный протеин – репликаза, кодируемая геном 1, охватывающим 2/3 генома (18-22 kb). Предполагается, что репликазный ген кодирует протеин с Mr 740-800 х 10³, который подвергается котрансляционному процессингу. Ген pol кодирует две ORFs 1a и 1b, которые перекрываются на несколько нуклеотидов. Для некоторых доменов внутри pol на основе гомологии по сиквенсу предполагают определнные функции: 2 папаиноподобных цистеиновых протеазы; химотрипсиновая пикорнавирусоподобная 3С протеаза; цистеин-богатый протеин, связанный с ростовым фактором; РНК-зависимая РНК-полимераза; домен связывния с нуклеозидтрифосфатами (NTP)/хеликазный; домен связывния с нуклеиновыми кислотами “цинковый палец” (zinc-finger).

Другие неструктурные протеины различаются у коронавирусов по названию и локализации. Локализация генов, кодирующих эти неструктурные протеины определена. Ген N обычно расположен по 3’-концу генома коронавирусов, за исключением TGEV, FCoV, CСoV, у которых этот ген предшествует 1-2 другим генам.

Другие компоненты вириона. Липидсодержащая оболочка вириона имеет клеточное происхождение. Протеин S (MHV, BCoV) и Е (MHV) также ацилирован. Протеины S и НЕ содержат N-связанные гликаны, протеин S сильно гликозилирован. Протеин М содержит небольшое число N- или О-связанных гликанов, в зависимости от штамма.

Организация генома и репликация. Примерно 2/3 геномной РНК составляет полимеразный ген. Место перекрываения между участками ORF1а и 1b является специфическим “скользящим” сиквенсом (7 нуклеотидов), имеющим псевдоузловую структуру (рибосомный сигнал перескакивания рамки) и необходимым для трансляции ORF1b. 3’-часть генома заключает гены, кодирующие структурные и неструктурные протеины. Организация генов неструктурных протеинов, которые расположены между генами структурных белков, различаются у разных коронавирусов. Предполагается псевдоузловая структура и для 3’-конца вирусной РНК.

Синтез вирусной РНК проходит через процесс РНК-зависимого синтеза РНК, в котором мРНК транскрибируется с негативных цепей. Непосредственно перед большинством генов располагается консенсусная последовательность UCUAAAC (для MHV) или близкая ей у других коронавирусов. Этот сиквенс является сигналом для транскрипции субгеномных РНК. В зависимости от вида вируса и вида хозяина коронавирусные мРНК могут быть 6-8 видов, различающихся по размеру. Наиболее крупная мРНК является геномной РНК, которая также служит в качестве мРНК для ORF1a и 1b; остальные – субгеномные. Начиная с наибольшей, все мРНК обозночаются номерами с 1 по 7. мРНК имеют блок нестед-структуру (nested-set structure), напоминающие геномную структуру. За исключением самых мелких мРНК, все мРНК полицистронные. Обычно, транслируется только 5’-ORF каждой мРНК. Однако есть исключения: некоторые мРНК, например, мРНК-5 MHV, мРНК-3 IBV и нуклеокапсидная мРНК BcoV транслируются с внутренней инициации с образованием 2-3 продуктов.

Коронавирусные мРНК имеют и другие уникальные структурные особенности: их 5’-конец имеет лидерный сиквенс (примерно 65-98 нуклеотидов), который образуется из 5’-конца геномной РНК. У вирусной геномной РНК по месту начала мРНК располагается короткий участок, который очень гомологичен 3’-концу лидерной РНК. Этот сиквенс составляет часть сигнала для транскрипции субгеномной РНК.

Синтез коронавирусной РНК происходит в цитоплазме с образованием промежуточных форм (негативных цепей). Обнаруживаются как полноразмерные, так и субгеномные негативные РНК, вид и число которых соответствует вирусспецифическим мРНК. 5’-конец негативной РНК содержит короткий учаток олиго(U). Субгеномные негативные РНК являются зеркальным отражением позитивных субгеномных РНК. Предложено много моделей транскрипции, но наибольшее понимание нашли пока две: транскрипция с лидерным праймированием и транскрипция через синтез негативных цепей. Модель “транскрипции с лидерным праймированием” предполагает, что вирусная геномная РНК сначала транскрибируется по всей длине в негативную РНК, которая, в свою очередь, становится матрицей для последующего синтеза субгеномных РНК. Лидер транскрибируется с 3’-конца негативной РНК и диссоциируется от матрицы с последующей ассоциацией с матричной РНК по различным сайтам начала мРНК, играя роль праймера для транскрипции вирусных субгеномных РНК. Предполагается, что этап перемежающейся (прерывистой) транскрипции происходит во время синтеза позитивных РНК. В противоположность этой модели, модель “перемежающейся (прерывистой) транскрипции во время синтеза негативных РНК” предполагает, что этап перемежающейся транскрипции происходит во время синтеза негативных РНК, приводя к образованию субгеномных негативных РНК, которые, затем, служат матрицами для синтеза субгеномных РНК. В этой модели межгенные сиквенсы геномной РНК в местах (сайтах) начала мРНК служат в качестве сигналов, терминирующих или определяющих паузу, при синтезе негативных РНК, и затем, вновь образованные субгеномные негативные РНК перескакивают на лидерный РНК-сиквенс 5’­-конца геномной РНК, который действует как праймер для трансляции.

Сигнал упаковки для РНК MHV локализован рядом с 3’-концом гена 1. Данный сигнал формирует шпилевидную структуру, определяющую упаковку дефектных или гетерологичных РНК внутрь вириона.

Коронавирусы претепевают рекомбинации с высокой частотой во время репликации позитивных и негативных РНК. Это особенно верно в отношении MHV. Более низкая частота рекомбинации описана для IBV и TGEV.

Сборка вирусных частиц вероятно начинается с образования рибонуклеопротеина (RNP), взаимодействующего с компонентами корового чехла. Созревание вирионов происходит в циитоплазме путем почкования через эндоплазматический ретикулум и других пре-Гольджи мембран. Взаимодействие между протеинами М и Е является ключевым событием в сборке вирусных частиц. Протеины S и НЕ не являются существенными для формирования вирусных частиц.

Антигенные свойства. Иммунный ответ определен в отношении 4-х структурных протеинов (S, M, N и HE, если имеется). Доминирующими антигенами, участвующими в нейтрализации вируса, являются протеины S и НЕ. Снижение инфекционности антителами, специфичными протеину М, происходит, обычно, в присутствии комплемента. Защита от коронавирусных инфекций (MHV, TGEV) обеспечивается аффинно очищенным или рекомбинантным (экспрессируемым аденовирусом) протеином S. Антитела, специфичные протеинам M и N также обеспечивают некоторую защиту in vivo. Наиболее эффектиная индукция образования вируснейтрализующих антител достигалась при использовании комбинации протеинов S и N. Глобулярная часть протеина S содержит много доминантных антигенных сайтов, участвующих в механизмах гуморального и Т-клеточного (цитотоксического) иммунного ответа. Другие важные эпитопы обнаруживаются также на стволовой части (например, у MHV). Сильный иммунный ответ индуцируют как амино-, так и карбоксиконцевые участки протеина М. Если нейтрализующие антитела, имеющиеся до заражения, предотвращают развитие болезни, то ответ со стороны цитотоксических Т-клеток важен для элиминации вируса. Гипервариабельные домены части S1 протеина S облегчают селекцию вирусных эскейп-мутантов, которые уклоняются как от гуморального, так и от клеточного иммунного ответа. Протеин N участвует в развитии протективного клеточного иммунного ответа.

Иммунная система играет важную роль в патогенезе коронавирусных инфекций, участвуя в процессах демиелинизации (показано в экспериментальных условиях) и антитело-зависимого повышения инфекционности FCoV.

Биологические особенности. Короновирусы инфицируют птиц и млекопитающих, включая человека. Наиболее часто мишенями для коронавирусов являются респираторный и желудочно-кишечный тракт и ткани нервной системы, однако, могут поражаться и такие органы как печень, почки, сердце, глаза. Епителиальные клетки являются основными мишенями коронавирусов. Широкораспространенные клетки, такие как макрофаги, так же поражаются коронавирусами. Вирусы имеют относительно узкий круг восприимчивых хозяев, инфицируя только своих естественных хозяев и некоторые близкородственные им виды. Иногда может происходить межвидовая передача инфекции, как например инфекция у собак, вызванная TGEV. Биологические векторы не известны. Распространение происходит респираторно, алиментарно или механически.

Хотя коронавирусы могут связываться с клетками через убиквитарные ацетилированные формы гликопротеинов и липидов, для развития вирусной инфекции необходимо более специфическое связывание между вирусом и клеточными рецепторами. Коронавирусы подразделяются на 3 группы. Коронавирусы 2 группы, включая MHV, используют в качестве рецепторов членов подсемейства билиарных гликопротеинов (bgp), относящихся к семейству карциноэмбриональных антигенов.

Представители 1 группы коронавирусов (включая TGEV и HCoV-229E) используют в качестве рецептора для проникновения в клетку аминопептидазу N (APN или CD13). Поверхностными клеточными молекулами, необходимыми для инициации инфекции ВСoV и HCoV-ОС43, вероятно, являются гликопротеины, содержащие сиаловую кислоту (N-ацетил-9-О-ацетилнейраминовую кислоту). Тем не менее, связывание с bgp или APN не является достаточным для вирусной инфекции и не объясняет различий в тропизме коронавирусов. Помимо связывания с вышеупомянутыми рецепторами, тропизм коронавирусов определяется протеином S (вероятно имеющим сайт связывания со вторым рецептором).

Коронавирусные инфекции человека и животных регистрируются повсеместно (везде, где были проведены соответствующие вирусологические и серологические исследования).

Критерии подразделения на виды внутри рода. Подразделение на виды представителей рода Coronavirus проводится по следующим критериям: организация и сиквенс генов неструктурных протеинов; антигенные свойства; процессинг протеина S до S1 и S2; спектр восприимчивых животных. Количество и локализация несущественных генов (часто кодирующих неструктурные протеины) значительно различаются. Такие гены расположены либо между генами Pol и S, S и M, M и N или после гена N. Например коронавирусы 2 группы MHV и ВCoV имеют ORF2 и 3-1, кодирующие протеин в 260 аминокислот и НЕ, соответственно, которые отсутствуют у коронавирусов 1 и 3 групп. Наличие ORFs между генами M и N является уникальным в отношении вида IBV, и только коронавирусы кошек и собак имеют две ORFs после гена N. В противоположность этому, ген N является последним у MHV, BCoV, HCoV-229E, PEDV и IBV. Серологический анализ коронавирусов 1 группы показал существование 3-х антигенных кластеров, один из которых представлен TGEV, CCoV и FCoV, тогда как два других – HCoV-229E и PEDV, соответственно. Процессинг протеина S до S1 и S2 у коронавирусов 1 группы (TGEV, CСoV, FCoV, НСoV-229Е и PEDV) не происходит, тогда как у вирусов 2 группы (MHV, BCoV, HCoV-ОС43) и 3 группы (IBV) протеин S разрезается.. Виды (12 видов):

Название вида вируса	Название на русском языке			№ генома	Аббревиатура
Виды 1-й группы
Canine coronavirus	Коронавирус собак	DL3096			CCoV
Feline coronavirus Feline infectious peritonitis virus	Коронавирус кошек Вирус инфекционного перитонита кошек	-- --			FCoV FIPV
Human coronavirus 229Е	Коронавирус человека 229Е	Х69721			НСoV-229Е
Porcine epidemic diarrhea virus	Вирус эпидем. диареи свиней	Z35758			PEDV
Transmissible gastroenteritis virus Porcine respiratory coronavirus	Вирус трансмиссивного гастроэнтерита свиней Респираторный вирус свиней	Z24675, Z34093, D00118, X06371			TGEV PRCoV
Виды 2-й группы
Bovine coronavirus	Бычий коронавирус (коронавирус КРС)	--			ВcoV
Human coronavirus OC43	Коронавирус человека ОС43	--			НСoV-ОС43
Murine hepatitis virus	Вирус гепатита мышей	AF029248			MHV
Porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus	Bирус гемагглютинирующего энцефаломиелита свиней	--			HEV
Rat coronavirus Sialodacryoadenitis virus	Коронавирус крыс Вирус сиалодакриаденита	-- --			RTCoV SDAV
Виды 3-й группы
Infectious bronchitis virus	Вирус инфекционного бронхита		М95169		IBV
Turkey coronavirus	Коронавирус индеек		--		TCoV

Предполагаемые виды: Rabbit coronavirus (RbCoV).

Род: Torovirus. Типовой вид: Equine torovirus (EqTV) (Торовирус лошадей). Характерные особенности. Нуклеокапсид имеет вид трубки. Вирионы могут быть дисковидной, почкообразной или палочковидной (rod) формы (см. приложение, рис. 48, 50). Наиболее изученными является торовирус лошедей (EqTV) штамм Berne, торовирус КРС (BоTV) штамм Breda. Идентифицировано 4 структурных протеина: N, M, S и HE. Протеин НЕ ответственен за репликацию in vitro; у EqTV (штамм Berne), ген НЕ почти весь делетирован, и имеется только 3’-концевая часть (426 нуклеотидов). Протеин НЕ торовирусов проявляет 30% гомологии посиквенсу с таковым коронавирусов и имеет сходную степень родства по сиквенсу с субъединицей 1 вируса гриппа С. В торовирусных мРНК лидерных сиквенсов не обнаружено.

Характеристика вириона. Морфология. Вирионы оболочечные, плеоморфные; различают частицы сферической, овальной и почкообразной формы. К двум наиболее характерным признакам торовирусов являются наличие на оболочке спайков (выступов), напоминающих пепломеры коронавирусов, и тубулярный (трубкообразный) нуклеокапсид спиральной симметрии, определяющий форму вириона. В отличие от коронавирусов изометрический коровый чехол не идентифицирован. Плавучая плотность в сахарозе 1,16, 1,18 и 1,14 г/см³, соответственно для EqTV, BoTV (серотип 2) и HuTV.

Геном. РНК: одна молекула, односпиральная, линейная, позитивная, инфекционная; полиаденилированная; размер 20-25 kb (у EqTV). РНК, вероятно, имеет 6 ORFs. 3’-нетранслируемая область охватывает 200 нуклеотидов, включая поли(А)-участок. Процент гомологии по аминокислотам полимеразного и хеликазного доменов торо- и коронавирусов составляет 40-45% (внутри рода Coronavirus – 70-90%).

Протеины.У торовируса лошадей идентифицировано 4 структурных протеина: спайковый протеин S (спайк-протеин, Mr 180х10³), состоящий из 1581 аминокислоты (который посттрансляционно разрезается до S1 и S2); интегративный мембранный протеин (М, Mr 27х10³), 233 аминокислоты; гемагглютини-эстераза (НЕ, Mr 65х10³); и нуклеокапсидный протеин (N, Mr 19х10³), состоящий из 160 аминокислот. Протеин S имеет N-концевую сигнальную последовательность, предполагаемый С-концевой трансмембранный якорь, два предполагаемых домена с шестичленными повторами, и возможный сайт разрезания для трипсиноподобных протеаз. Протеин М не гликозилирован, составляет примерно 13% массы вирусных протеинов и не содержит N-концевой сигнальной последовательности. Протеин НЕ относится к первому классу мембранных протеинов и проявляет 30% идентичности по сиквенсу с гемагглютинин-эстеразой коронавирусов и вируса гриппа С. Протеин N составляет примерно 80% массы протеинов вириона (EqTV), фосфорилирован и обладает способностью связывать РНК.

Другие компоненты вириона. Вирион содержит липидную двухслойную оболочку.

Потеин S (EqTV) имеет 18 потенциальных сайтов N-гликозилирования. Протеин М не гликозилирован. Протеин НЕ (BoTV) имеет 7 потенциальных сайтов гликозилирования.

Организация генома и репликация. Первые ORFs 1a и 1b, транслирующиеся с 5’-области геномной РНК, кодируют вирусную репликазу. Инициирующий кодон ORF1a локализован по геному в нуклеотидной позиции 825-827. Четыре остальных ORFs 2, 3, 4 и 5 кодируют структурные протеины и экспрессируются путем образования 3’-котерминального блока (нестед-сет, 3-coterminal nested set of 4 vRNAs).

Несмотря на то, что геном торовирусов содержит консервативные AU-богатые межгенные сиквенсы (5’-uaUcUUUACa-3’), данных о слиянии по этим позициям общего лидера с основой мРНК нет. Это, по-видимому, является одним из существенных отличительных признаков торо- и коронавирусов. Однако в отношении транскрипции данное различие может быть ограничено: прямое связывание полимеразы с различными “коровыми промоторами” (у EqTV) матричных негативных цепей может, просто, заменить механизм лидерного праймирования. Есть свидетельства о двух событиях негомологичной рекомбинации в эволюции торовирусов. Первая предположительная рекомбинация связана с ORF4, геном НЕ. Вторым сайтом предполагаемой рекомбинации является С-концевая область ORF1a (EqTV), которая содержит 31-36% гомологии по аминокислотам при сравнении с N-концевыми 190 аминокислотами неструктурного коронавирусного протеина с Mr 30-32 х 10³.

Кроме продуктов ORF 2, 3, 4 и 5, которые, как считается, синтезируются при моноцистронной трансляции нестед-сета структурно полицистронных мРНК, 3’-часть генома EqTV может кодировать еще один протеин в ORF5, которая перекрывается на 264 нуклеотида с геном N, и, потенциально кодирует гидрофобный протеин (MR 10х10³). Хотя такой протеин не идентифицирован в вирионах EqTV или в инфицированных им клетках, интересно отметить, что сходная ситуация (мелкий гидрофобный протеин, экспрессируемый с ORF, перекрывающейся с геном протеина N) описана в отношении бычьего коронавируса (BCoV). Композиция дефектных (интерферирующих) геномов размером 1 kb в составе способных к репликации вирусов, дает основания полагать, что минимальные сиквенсы, необходимые для репликации РНК EqTV (и также, вероятно, для упаковки), локализованы в двух мелких доменах, находящихся в конце геномной РНК.

Значительное N-гликозилирование и протеолитическое разрезание предшественника являются частью посттрансляционного процессинга торовирусного протеина S. Протеин М EqTV аккумулируется во внутриклеточных мембранах и, как считается, играет роль в почковании через внутриклеточные мембраны.

Антигенные свойства. Протеин S распознается нейтрализующими и ингибирующими гемагглютинацию моноклональными антителами.

Биологические особенности. BoTV идентифицирован как патоген, вызывающий гастроэнтериты у телят и, возможно, пневмонии у взрослого КРС. BoTV-инфекция обычно ограничена кишечником, хотя иногда может вовлекаться и респираторная система. EqTV с болезнью не ассоциируется. Серологические данные свидетельствуют, что данный вирус способен инфицировать копытных (лошадей, КРС, овец, коз, свиней), крыс, кроликов и некоторые виды полевых (feral) мышей. Методом электронной микроскопии торовирусы идентифицированы у человека, собак и кошек. Обнаруженные у человека торовирусоподобные частцы антигенно родственны BoTV и имеют сходство по сиквенсу. В сыворотке крови кошек антител к торовирусам не обнаружено. Инфекция, обусловленная BoTV обычно широко распространена среди молочного поголовья КРС. Наличие у телят материнских антител не предотвращаяет развитие инфекции, но может влиять на исход болезни. Инфекция, вызываемая BoTV встречается повсеместно (где проводились соответствующие исследования): Западная Европа, Северная Америка, Индия, Южная Африка и Новая Зеландия.

Торовирусы инфицируют эпителиальные клетки тонкого и толстого кишечника, особенно в области тощей, подвздошной и ободочной кишек. В тонком кишечнике инфицируются эпителиальные клетки, расположенные в верхней трети крипт и над Пейеровыми бляшками, включая М-клетки. Торовирусные инфекции могут протекать хронически.

Критерии подразделения на виды внутри рода. EqTV, BoTV, PoTV и HuTV близкородственны как антигенно, так и генетически, но могут различаться по сиквенсу, спектру восприимчивых хозяев и патогенезу. У EqTV и BoTV гомология по сиквенсу в области 3-конца (3 kb) составляет 84%. PoTV более отдален, что было показано по анализу сиквенса нуклеокапсидного протеина, который только на 68% идентичен таковым EqTV и BoTV. РoTV может быть также дифференцирован от EqTV и BoTV на основе наличия у двух последних небольшой ORF, расположенной полностью внутри гена N. Эта ORF, кодирующая полипептид с приблизительной Mr 10х10³, нарушается у РoTV терминирующим кодоном. Сиквенс ПЦР-продуктов С-концевой области гена N и 3’-нетранслируемой области показал более чем 93% идентичности между HuTV, BoTV и EqTV. Тем не менее, незначительные, но четкие различия по сиквенсу были обнаружены между пятью изолятами HuTV и EqTV. BoTV, PoTV и HuTV вызывают гатсроэнтериты, а BoTV, в редких случаях, вызывает инфекцию респираторного тракта. Об ассоцияции EqTV с какой-либо болезнью пока не известно.

Виды (4 вида):

Название вида вируса	Название на русском языке	№ генома	Аббревиатура
Bovine torovirus Breda virus	Бычий торовирус Вирус Бреда	Y10866	BoTV BRV
Equine torovirus Berne virus	Торовирус лошадей Вирус Берн	--	EqTV BEV
Human torovirus	Торовирус человека	--	HuTV
Porcine torovirus	Торовирус свиней	--	PoTV

Отличительные признаки между корона- и торовирусами. Коронавирусные мРНК содержат 5’-лидерный сиквенс, который не обнаружен у торовирусов. Коронавирусы имеют спиральный нуклеокапсид, окруженный коровым чехлом, тогда как торовирусы имеют трубчатый (тубулярный) нуклеокапсид. Вирусы обоих родов имеют хорошо различимые спайки (выступы), образованные крупными гликопротеинами, но протеины НЕ встречаются только у некоторых вирусов. Протеин N значительно крупнее у коронавирусов, чем у торовирусов; протеин М гликозилирован только у коронавирусов. Сиквенсы протеинов торо- и коронавирусов имеют незначительное сходство.

Филогенетическое родство внутри семейтсва.Сравнительный анализ сиквенсов протеинов S, N и М коррелирует с антигенными различиями. Вирусы, относящиеся к 1 группе, составляют один генетический кластер. Однако эти вирусы менее родственны между собой, чем вирусы 2 группы; и, особенно хорошо эволюционная дивергенция просматривается между HCoV-229E и PEDV. Близкое родство между вирусами 2 группы (MHV, HCoV-OC43, BСoV, TCoV), формирующими генетический кластер, показано в отношении всех трех протеинов. На данный момент информации по сиквенсам недостаточно для оценки филогенеза торовирусов, но, тем не менее, показано, что торовирусы генетически и серологически близкородственны. Ограниченное, но, в то же время, убедительное сходство сиквенсов некоторых продуктов генов между торо- и коронавирусами подкрепляют заключение, что оба рода относятся к одному семейству. Иммунологические данные свидетельствуют, что торовирусы лошадей и КРС антигенно родственны друг другу и торовирусоподобным частицам, обнаруженным в пробах, полученных от человека, но не другим вирусам животных, включая коронавирусов.