- •Биофизика (бф), как самостоятельная научная дисциплина. Предмет и задачи.
- •Биологические и физические процессы и закономерности в живых системах. Редукционизм и антиредукцианизм. Принцип качественной несводимости.
- •Основные направления развития современной биофизики. Уровни биофизических исследований.
- •Классификация тд систем; особенности живых организмов, как тд систем.
- •6. Характеристика тд функций, применяемых для анализа биолог процессов.
- •7. Внутренняя энергия, теплота и работа, как тд функции.
- •Первый закон тд в биологии; доказательства его применимости к живым системам. Своеобразие проявления первого закона тд в биосистемах.
- •Характеристика энтальпии системы как функция состояния. Тепловой эффект процесса.
- •Закон Гесса, его применимость к биопроцессам. Следствие закона Гесса, его практическое значение.
- •Формулировка второго закона тд. Своеобразие его проявления в биосистемах.
- •Энтропия как функция состояния системы. Связь энтропии с тд вероятностью состояния системы.
- •Уравнение второго закона тд. Понятие свободной и связанной энергии.
- •Доказательства применимости второго закона тд к биосистемам.
- •Теория Онзагера. Гетерогенность энтропии в биосистемах. Уравнение второго закона тд для открытых систем.
- •Теорема Пригожина и направленность эволюции биосистем. Энтропия и биологический прогресс.
- •Организм и клетка как химическая машина. Химический потенциал живой системы.
- •Критерии спонтанности, самопроизвольности протекания процессов в тд системах.
- •Применение тд в биологии: методы расчёта стандартной и реальной свободной энергии биохимических процессов. Свободная энергия Гиббса и Гельмгольца.
- •Потенциал переноса атомных группировок в различных трансферазных реакциях.
- •Понятие макроэргической связи. Характеристика атф как универсального аккумулятора энергии в биосистемах.
- •Причины высоких значений потенциала переноса при гидролизе ди- и полифосфатов. Разнообразие макроэргических соединений в биосистемах.
- •Типы энергетического обмена в биосистемах
- •Типы аккумуляции и пути расходования энергии в биосистемах. Тд сопряжение экзэргонической и эндэргонической стадии биопроцессов; примеры.
- •Тд характеристика анаэробного распада глюкозы. Расчёт кпд.
- •Тд характеристика окисления пировиноградной кислоты в цикле Кребса. Расчёт кпд.
- •Этапы уницикации энергетических субстратов в процессах катаболизма.
- •Современное представление о строении и переносе электронов в дыхательной цепи митохондрий.
- •Современные представления о механизме сопряжения окисления и фосфорилирования в биосистемах.
- •Разнообразие механизмов образование атф и их вклад в энергетику клетки.
- •Различные типы электрон-транспортных путей в живых организмах. Их роль в биоэнергетике клетки.
- •Биофизика фотосинтеза: физическая и физико-химическая стадии, квантовый выход. Расчёт кпд.
- •36. Элементарные кинетические уравнения. Скорость реакции. Константа равновесия обратимой реакции.
- •37. Факторы, определяющие скорость реакций биологических процессов.
- •38. Зависимость скорости реакции от концентраций реагирующих веществ. Молекулярность реакций. Порядок реакций.
- •39. Различия скоростей превращения вещества в реакциях различного порядка.
- •40 Особенности кинетики биологических процессов. Кинет последовательно- и параллельно-протекающих реакций в многостадийном процессе.
- •41.Принцип обратной связи и лимитирующего звена (определяющей реакции) и их роль в регуляции скоростей протекания биологических процессов.
- •42 Зависимость скорости процесса от температуры. Анализ ур-ия Аррениуса.
- •43.Энергия активации реакции (процесса). Экспериментальной определение величины энергии активации.(см №42 тоже)
- •44 Особенности кинетики ферментативных реакций. Понятие об активности ферментов. Единицы измерения активности и количества ферментов.
- •45/ Основные положения теории ферментативной кинетики и общей теории механизма действия ферментов.
- •46/ Вывод и анализ уравнения Михаэлиса-Ментен для односубстратной ферментативной реакции.
- •47 Графическии анализ результатов кинетического исследования ферментативной реакции (v0 число "оборотов", Vmах,Кm).
- •48.Физический смысл основных кинетических характеристик ферментативной реакции (Vmax, Кm).
- •49/ Использование уравнения Лайнуивера-Берка для определения кинетических характеристик ферментативной реакции.
- •50/Кинетика ингибирования ферментативных реакций. Обратимое и необратимое ингибирование. Типы обратимого ингибирования.
- •51. Графический анализ конкурентного ингибирования по уравнению Лайнуивера-Берка
- •52. Графический анализ неконкурентного ингибирования по уравнению Лайнуивера-Берка
- •54 Предмет, задачи молекул.Биофизики. Методы исследования
- •55 Биополимеры как основа организации биоструктур, особенности строения, функции
- •56Типы взаимодействия в биополимерах
- •57Факторы стабильности пространственной структуры биологических макромолекул
- •58 Биофизика белков: строение полипептидной цепи, разнообразие типов пространственной структуры молекул
- •59 Физические свойства белков , денатурация, ренатурация. Биороль
- •60 Биофизика нуклеиновых кислот (нк):строение полипептидной цепи, особенности пространственной сьруктуры
- •61 Физические модели нуклеиновых кислот(нк), методы изучения днк и рнк
- •62 Физич. Свойства нк. Денатурация, ренатурация: механизм, качеств. И количеств характеристика, биологич. Роль. Метод молеклярной гибридизации.
- •63 Осмотическое давление биол. Жидкостей, его измерение; влияние поверхностной активности веществ на величину поверхностного натяжения, биологическая роль.
- •64. Поверхностное натяжение воды и биологических жидкостей, его измерение; влияние поверхностно активных веществ на величину поверхностного натяжения; биологическая роль.
- •65. Развитие представлений о строении биомембран; типы моделей мембран, их научное значение.
- •66.Биофизическая характеристика молекулярных компонентов мембран: белков, липидов, углеводов и их комплексов.
- •67.Вода как составной компонент биомембран: структура, свойства, биологическая роль.
- •68.Типы межмолек улярных взаимодействий в мембранах, их природа и роль в стабилизации мембранных структур.
- •69.Физические свойства биомембран. Подвижность компонентов мембраны (вращательное движение, латеральная и вертикальная диффузия).
- •70. Фазовые переходы в мембранах; факторы, инициирующие фазовые переходы мембран. Жидкие кристаллы в структуре мембран, их свойства.
- •71. Биофизическая характеристика мембранных липидов: строение, свойства, классификация
- •72.Искусственные мембраны, их строение, классификация, теоретическое и практическое значение. Отличие от природных мембран.
- •73. Монослой на границе раздела фаз. Липосомы и протеолипосомы. Бислойные липидные мембраны.
- •74. Проблема проницаемости и транспорта веществ через биомембраны. Методы исследования проницаемости.
- •75. Классификация и краткая характеристика типов транспорта веществ через биомембраны.
- •76. Диффузия как тип транспорта веществ через биомембраны; скорость и движущие силы диффузии. Закон Фика.
- •77. Проницаемость клеток для воды, электролитов и неэлектролитов. Физиологическая роль и практическое значение диффузии.
- •78. Облегченная диффузия и транслокация радикалов как типы транспорта веществ через биомембраны; движущие силы, механизмы, биологическая роль.
- •79.Активный транспорт молекул и ионов через биомембраны, его характеристика, свойства и функции.
- •80. Сходcтва и отличия активного транспорта и облегченной диффузии веществ через биомембраны. Доказательства наличия активного транспора в условиях in vitro.
- •81. Транспортные атф-азы, их классификация и роль в активном транспорте ионов. Представление о бионасосах.
- •82. Транспорт ионов кальция через биомембраны, его механизмы, регуляция и биологическая роль
- •83. Биоэлектрические явления: общая характеристика, классификация
- •84. Механизм возникновения электродных и ионных биопотенциалов, их измерение. Формула Нернста.
- •85. Мембранный потенциал и факторы, определяющие его величину.Передача нервного импульса по миелиновым и немиелиновым нервным волокнам.
- •86. Электрокинетический потенциал: возникновение, измерение и факторы, определяющие его величину. Примеры электрокинетических явлений, их характеристика и научно-практическое значение.
- •87. Общая характеристика механохимических процессов. Основные типы сократительных и подвижных систем.
- •88.Биофизическая характеристика мышечных и немышечных сократительных белков.
- •89.Основные характеристики поперечно-полосатой мышцы как механического преобразователя энергии; структура саркомеров, ее изменение при мышечном сокращении.
- •90.Молекулярные механизмы мышечного сокращения, его регуляция.
- •Биофизика (бф), как самостоятельная научная дисциплина. Предмет и задачи.
- •Биологические и физические процессы и закономерности в живых системах. Редукционизм и антиредукцианизм. Принцип качественной несводимости.
Теория Онзагера. Гетерогенность энтропии в биосистемах. Уравнение второго закона тд для открытых систем.
В ТД необр. пр-сов Ларс Онзагер сформулировал положение: при небольших отклонениях от равновесия ТД поток можно представить в виде линейной комбинации ТД движущих сил.
Энтропия и другие функции состояния м. б. определены в любой момент изменения неравновесного состояния, или энтропия и др. функции состояния являются непрерывными и однозначными функциями т/д параметров и времени.
В открытой системе
dS=Q'/T+Q/T
Энтропия в системе изм-ся за счет процессов производства энтропии в самой системе и за счет обмена энтропии между системой и окружающей средой.
Q'/T – тепло в самой сиcтеме
Q/T – тепло, которым система может обмениваться со средой
diS=Q'/T – внутренний источник энтропии
deS=Q/T – внешний источник энтропии
dS=diS+deS
diS>0 – необратимые процессы
dS/dt=diS/dt+deS/dt
Скорость продукции энтропии в системе всегда > 0, так как ТД процессы в ней необратимы.
Второй закон ТД для открытых систем
1) dS/dt>0 кол-во энтропии в системе возрастает
а) dS/dt>0; diS/dt>0;
б) deS/dt=0 нет обмена со средой, система изолированная;
в) deS/dt<0, deS/dt< diS/dt
В системе обр-ся некоторое кол-во энтропии, но часть энтропии оттекает в окр. среду, но скорость оттока не велика и энтропия накапливается в системе.
2) dS/dt=0, стационарное состояние, кол-во энтропии постоянно
deS/dt<0, deS/dt=diS/dt
Вся энтропия, которая обр-ся оттекает в окр. среду. Это состояние наиболее характерно для зрелых био систем.
3) dS/dt<0 общее кол-во энтропии в системе убывает
deS/dt<0, deS/dt>diS/dt
Энтропия в этой системе, но оттекает из системы >, чем образуется, следовательно общее кол-во энтропии в системе ↓. В реальных био системах это встречается на стадии роста, развития и становления ситемы.
Стационарное состояние живых ТД систем, его отличие от ТД равновесия; баланс энтропии и свободной энергии. Условия перехода живых систем на новый стационарный уровень. (+ см вопрос 17)
Стационарное сотояние: Зависит от 3-х параметров: -S (энтропия), -U (своб. E), -t (время).
Стац. сост. – сост., когда параметры системы (U, S) с теч. времени остаются неизменными, но происходит обмен в-вом и Е, т.е. сост. сист. при кот. не происх. изм. ТД параметров.
Изолированные сист.: ∆S=0 или >0.
Для равновесного сост. S стремится к мах, U=0. Стац. сост. отличается тем, что S ≠ мах, а является постоянной величиной, S=const, U не равняется 0, U=const. Ежесекундный прирост энтропии стремится к min. Любая живая система может находиться только в стац. сост. Если достигнуто состояние ТД равновесия - это уже не живая система. Качество стационарного состояния может быть различным.
В открытых системах: S состоит из двух показателей.
Si – внутри самой сист., S - самой системы, Se – внешняя среда.
dS=dSi+dSe (d – это ∆ - это изменение)
Когда dSe > dSi и dSe < 0, тогда dSe < 0 – «нек» энтропия, негативная, в эволюц. плане деградирует система, напр. паразиты.
В случае изомерной живой системы - она не обменивается Е и в-вом, т.е. только dS=dSe
Прирост S - необратимость протекания процесса. dSe<0: возможно 3 ситуации: 1.Приток внешней энтропии отрицателен и по модулю превышает изменения внутренней Si dS<0 нервный импульс. 2. dSe<0, по мoдyлю=dSi dS=O Характерно для стационарного состояния системы dS=dSi+dSe=O 3. dSe<0 и по мoдyлю <dSi. dS>0.
Состоянию ТД равновесия - характерно мах значение S (S=max), U=0, т.е. Е, которая расходуется на совершение А.
Сходство: стац. и равновесное состояния не зависят от времени.
Отличия стац. сост. от равновесия (из конспекта):
1) своб. Е (∆G) в стац. сост. есть величина постоянная во времени и не равна 0. В ТД равн. ∆G=const, но ∆G =0 => открытые сист., если вывести из стац. сост. могут совершать работу; при ТД равновесии не способны совершать работу.
2) энтропия. В стац. сост. =const, но она не max. (∆G) ∆S ≠ max = const.
3) !!! в стац. сост. проявляется кинетический параметр (фактор) (изменение энтропии во времени) dS/dt = dSi/dt + dSe/dt.
Стационарное состояние: * постоянный обмен энергией с окружающей средой * постоянно тратится свободная энергия на поддержание состояния * т/д потенциалы постоянны, G и F не равны 0 * энтропия постоянна, но не максимальна * градиенты присутствуют
Термодинамическое равновесие: * отсутствует поток вещества и энергии в окружающую среду и обратно * на поддержание этого состояния не затрачивается свободная энергия * работа способности системы равна 0, т/д потенциалы равны 0 * энтропия максимальна * в системе отсутствуют градиенты
Переход на новый стац. уровень:2 пути: 1) «овершот» - по нему переходят живые организмы при изм внеш. усл. (приспособление). График.
Нижняя стрелочка – это старый стац. уровень.
Верхняя стрелочка – это новый стац. уровень.
2) «ложный старт» - усиление или уменьшение О2, выращивание лука с О2 и без. График. С О2 – аэробный распад углеродов. Без О2 – обмен в-в переходит на анаэробный путь. А если потом снова дать О2 – то получится график 2 (то что обведено кружочком – там осущ-ся уничтожение продуктов анаэробного пути). Пример для чела: пока не расщепится молочная к-та осуществлять работу дальше нельзя.