- •Содержание
- •Глава 1. Обзор литературы 11
- •Глава 2. Построение модели. 39
- •Глава 3. Результаты численного моделирования. Активность одиночного RyR-канала при стационарных условиях 79
- •Введение
- •Глава 1. Обзор литературы
- •1.1 Механизмы сокращения клеток сердечной мышцы
- •1.2 Рианодиновый рецептор – основной элемент управления кальциевой динамикой в клетке
- •1.3 Эксперименты по изучению изолированных RyR-каналов
- •1.4 Модели функционированияRyR-каналов
- •Стохастическая динамика и электронно-конформационные взаимодействия в белках
- •1.7 Модели «общего пула»
- •1.8. Теория локального контроля
- •1.9 Моделирование активности клеток водителей сердечного ритма
- •1.9.1 Современные представления об авторитмической активности пейсмейкеров
- •1.9.3 Модель Мальцева-Лакатты
- •Глава 2. Построение модели.
- •2.1 Электронно-конформационная модель RyR-канала
- •2.1.1 Гамильтониан канала
- •2.1.2. Конформационный потенциал
- •2.1.3 Влияние уровняtrans[Ca] на форму конформационного потенциала RyR-канала
- •2.1.4. Структурные изменения канала в электронно-конформационной модели
- •2.1.5 Динамика конформационной координаты
- •2.1.6 Динамика электронной степени свободы
- •2.1.7 Инактивационое состояние RyR-канала
- •2.1.9 Эффекты туннелирования
- •2.1.10 Проницаемость RyR-канала
- •2.2.1 Электронно-конформационная модель решетки RyR-каналов
- •2.2.1.1 Гамильтониан решетки RyR-каналов
- •2.2.2 Схема динамики RyR-каналов в решетке высвобождающей единицы
- •2.2.3 Сопряжение динамики RyR-каналов с динамикой кальция в отделах высвобождающей единицы
- •2.3 Методы численной реализации модели
- •2.3.1 Метод Эйлера-Марайамы
- •2.3.2 Реализация электронных и туннельных переходов. Метод Монте-Карло
- •2.3.3 Численная схема для эк-модели RyR-канала
- •2.4 Описание программного комплекса
- •2.5 Заключение
- •Глава 3. Результаты численного моделирования. Активность одиночного RyR-канала при стационарных условиях
- •3.1 Анализ временных зависимостей конформационной координатыQ
- •3.2 Медленная конформационная динамика RyR-канала
- •3.2.1 Параметр эффективного трения г. Конформационная динамика RyR-канала
- •3.2.2 Влияние коэффициента упругости каналаK на форму конформационного потенциала
- •3.2.3 Зависимость конформационного потенциала от параметра электронно-конформационного взаимодействияа
- •3.3 Стохастическая динамика RyR-канала. Быстрые переходы
- •3.3.1 Кинетические характеристики динамики RyR-канала
- •3.3.2 Зависимость вероятности электронных переходов отcis[Ca]
- •3.4 Активация одиночного канала
- •3.5 Исследование процесса закрытия RyR-канала
- •3.6 Процесс адаптации RyR-каналов к продолжительной стимуляции
- •3.7 Динамика одиночного RyR-канала при установившемся уровне cis[Ca]
- •3.7.1 Зависимость активности RyR-канала от времени
- •3.7.2 Зависимость активности RyR-канала от уровня cis[Ca]
- •3.8 Заключение
- •4.1 Анализ модели высвобождающей единицы
- •4.1.1 Процессы открытия и закрытия каналов в высвобождающих единицах.
- •4.1.2 Анализ кооперативной динамики RyR-каналов в кластере
- •4.2.1 Высвобождающая единица как самоподдерживающийся кальциевый осциллятор
- •4.2.3 Влияние взаимодействия междуRyR-каналами на стабильность осцилляций системы
- •4.2.3 Эффект случайной остановки автоколебаний
- •4.2.3.1 Форма и устойчивость кластеров открытых каналов
- •4.2.3.2 Характерное время перехода в стационарное состояние
- •4.3 Заключение
- •Заключение
- •Список литературы
- •Основные публикации по теме диссертации
1.7 Модели «общего пула»
Одной из самых распространенных теорий для описания процесса КВВК на протяжении долгого времени являлась так называемая «теория общего пула» [55-57]. Она основана на усреднении концентрации Са2+ в сарколемме и в субклеточных пространствах. В рамках этой модели огромное количество Са2+-высвобождающих единиц описывались одной обобщенной модельной высвобождающей единицей. При этом поток Са2+ через L-каналы объединен в общий стимулирующий поток, а поток высвобождающегося Са2+ – в общий поток высвобождения. Оба этих потока направлены в один обобщенный отдел клетки, называемый субпространством (объединенное диадное пространство), причём процесс высвобождения зависит от концентрации Са2+ в субпространстве. Следовательно, однажды запущенное высвобождение Са2+ из СР должно повышать концентрацию Са2+ в субпространстве по принципу "всё или ничего". Согласно этой модели количество высвободившегося Са2+ не зависит от величины стимулирующего мембранного тока, что противоречит экспериментальным данным [58].
С помощью этого обобщения в целом ряде других математических моделей, использующих теорию общего пула, исследователи пытались описать изменение концентрации Са2+ внутри клетки в течение сократительного цикла – кальциевый переход. Эти модели опирались на кинетические характеристики процессов накопления Са2+ во внутриклеточных структурах и взаимодействие с буферами [59, 60].
Объединение модели общего пула с интегративными моделями кардиомиоцитов позволило с хорошей степенью точности предсказать динамические процессы активности клетки [61].
Однако модель общего пула имеет ряд недостатков. В частности, она не способна описать следующие экспериментальные факты [29-33 ]:
явление нелинейного усиления отклика высвобождающих структур СР на увеличивающийся приток Са2+ извне – явление градуальности.
эффект быстрого завершения активного высвобождения после исчезновения стимула – termination.
эффект адаптации высвобождения к повторной стимуляции.
Как уже отмечалось, запуск процесса КВВК в сердечной клетке стимулируется незначительным повышением концентрации Са2+ в цитозоле вследствие поступления внеклеточного Са2+ через L-каналы [1].
Явление градуальности отклика обнаружено экспериментально и заключается в том, что при увеличении количества Са2+, поступающего извне, происходит возрастание количества высвободившегося Са2+. Кроме того, отклик высвобождающей системы сильно зависит от скорости повышения стимулирующего Са2+ тока [1]. Этот феномен невозможно описать в рамках модели общего пула.
Весте с тем, целый ряд экспериментов указывает на то, что в процессе высвобождения СР после его завершения концентрация Са2+ в СР не падает до нулевого уровня [52]. В модели же общего пула высвобождение Са2+ завершается при полном опустошении СР по принципу «все или ничего».
Опираясь на данные расхождения, можно сделать вывод о неспособности модели общего пула с хорошей точностью описать динамические процессы ионов Са2+ в кардиомиоците.
1.8. Теория локального контроля
В связи с недостатками модели общего пула, описанными ранее, возникла необходимость разработки более обоснованных моделей электромеханического сопряжения. Изучение механизмов стимуляции высвобождения Са2+ посредством токов через L-каналы стало возможным с развитием экспериментальной техники, позволившей детально изучить одновременно потоки ионов Са2+ внутри клетки и ионные токи через L-каналы, что нашло свое применение в модели локального контроля электромеханического сопряжения [60].
В рамках этой модели утверждается, что открытие отдельного L-канала на мембране Т-тубулы стимулирует высвобождение Са2+ через кластер RyR-каналов малого размера, расположенный вблизи данного L-канала. Таким образом, согласно этой гипотезе происходят локальные высвобождения Са2+ по принципу "все или ничего", при этом кластеры RyR-каналов пространственно удалены и функционируют практически независимо друг от друга [61].
С помощью данной теории в полной мере описывается феномен градуальности высвобождения, который достигается статистическим объединением локальных событий высвобождения Са2+ в независимых диадных пространствах. Другими словами, в теории локального контроля основным утверждением является то, что взаимное близкое расположение L-каналов и отдельных кластеров RyR-каналов лежит в основе градуального высвобождения Са2+ и развития силы сокращения клетки в целом [62].
Существование локального контроля было подтверждено при проведении экспериментов с использованием конфокальной микроскопии по наблюдению локальных событий высвобождений из СР – Са2+-спарков [49-51].
Исследования количественных соотношений между L-каналами и RyR-каналами [4] также подтвердило предположения данной теории. Было выявлено, что соотношение числа RyR-каналов к числу L-каналов равно 1 : 2 для клеток скелетной мышцы и 1 : 6 для кардиомиоцитов.
До настоящего времени в литературе ведутся дискуссии по вопросу процесса закрытия RyR-каналов и последующего завершения процесса высвобождения Са2+ из СР. Как уже было отмечено ранее, эксперименты указывают на тот факт, что завершение локальных процессов высвобождения могут происходить при сохранении достаточно высокой концентрации Са2+ в люмене.
Существует несколько предположений касательно закрытия групп RyR-каналов в ВЕ. Одна из теорий основана на экспериментальных данных по изучению динамики изолированных RyR-каналов в липидных бислоях [34] и связана с предположением существования инактивационного состояния RyR-канала – состояние, при котором ионы Са2+ связываются с так называемым инактивационным центром, что приводит к переходу канала в непроводящее состояние. Переход в инактивационное состояние, как и выход из него, характеризуется достаточно малой вероятностью. Данная гипотеза была обобщена и для кластера взаимодействующих каналов в клетке в целом. В численных моделях, представленных в работах [17, 18, 25], RyR-каналы переходят в инактивационное состояние с течением времени, что и обеспечивает завершение локальных высвобождений.
Вторая гипотеза носит название стохастического истощения (stochastic attrition) канала и основана на идеях случайности переходов канала из одного состояния в другое. Предполагается, что существует вероятность перехода всего кластера в закрытое состояние. Было показано [60], что эта модель может работать с относительно небольшим количеством RyR-каналов в кластере (<10), так как с увеличением числа каналов резко падает вероятность одновременного перехода в закрытое состояние и растет время ожидания этого события. Экспериментальные данные, приведенные в [63-66], говорят о достаточно резком завершении локальных высвобождений.
Следующая теория связана с истощением люмена (luminal Ca2+ depletion effect) в процессе высвобождения и основана на большом количестве экспериментальных данных, подтверждающих зависимость вероятности открытия RyR-каналов от концентрации Са2+ в люмене [20, 21]. Как уже было сказано в разделе 1.3, вероятность пребывания канала в открытом состоянии зависит от уровня trans[Ca] в липидных бислоях, однако в живых клетках при физиологических условиях зависимость от концентрации Са2+ люмене не столь существенна для того, чтобы считать истощение люмена единственной причиной завершения процесса высвобождения.
На основе анализа приведенных выше гипотез можно заключить следующее: ни один из механизмов этих моделей не был признан как единственный и первоочередной. Тем не менее, при моделировании кластера RyR-каналов необходимо учитывать такие особенности, как стохастическое поведение каналов и кооперативную динамику кластера каналов. Также следует учитывать влияние ионов Са2+ в trans и cis-частях.